PDB-3l1o: Crystal structure of monoclonal antibody MN423 Fab fragment with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l1o

タイトル

Crystal structure of monoclonal antibody MN423 Fab fragment with free combining site, crystallized in the presence of zinc

要素

(MONOCLONAL ANTIBODY FAB FRAGMENT MN423 ...) x 2

キーワード

IMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / IMIDAZOLE

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Skrabana, R. / Sevcik, J.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Monoclonal antibody MN423 as a stable mold facilitates structure determination of disordered tau protein
著者: Skrabana, R. / Dvorsky, R. / Sevcik, J. / Novak, M.

履歴

登録	2009年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l1o.cif.gz	109.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l1o.ent.gz	82.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l1o_validation.pdf.gz	449.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l1o_full_validation.pdf.gz	453.1 KB	表示
XML形式データ	3l1o_validation.xml.gz	22.7 KB	表示
CIF形式データ	3l1o_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/3l1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/3l1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2v17S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gpo-2 6dzr-d 4fnl-1 6x5e-2 4c83-2 5fhb-d 5vkk-2 6ks2-2 5bzw-d 2gsi-1 5mp5-4 3fo9-2 4mhj-5 1yed-1 1nd0-3 1h3p-d 4nrz-2 3e8u-d 5vzr-1 5ur8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

H: MONOCLONAL ANTIBODY FAB FRAGMENT MN423 H CHAIN

L: MONOCLONAL ANTIBODY FAB FRAGMENT MN423 L CHAIN

ヘテロ分子

47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.330, 75.426, 72.701
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体	MONOCLONAL ANTIBODY FAB FRAGMENT MN423 H CHAIN 分子量: 23951.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体	MONOCLONAL ANTIBODY FAB FRAGMENT MN423 L CHAIN 分子量: 23779.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 4種, 438分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10% PEG 3350, 0.1M IMIDAZOLE, 0.01M ZNSO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8166 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日
放射	モノクロメーター: Ge(111) triangular bent crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8166 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.9 Å / Num. all: 24684 / Num. obs: 24684 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 25.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.065
反射シェル	解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.415 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2203 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V17

2v17

解像度: 2→19.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 8.334 / SU ML: 0.127 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2486	1253	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15789	-	-	-
all	0.16237	24684	-	-
obs	0.16237	23431	81.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.39 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-1.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3330	0	8	434	3772

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.192	1.956	4694
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.109	3.004	5643
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.699	5	443
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.766	23.806	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.35	15	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.916	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.135	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	570
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.099	0.2	1868
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.178	0.2	327
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.142	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.22	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.276	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.182	1.5	2191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.387	1.5	886
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.929	2	3545
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.182	3	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.658	4.5	1145

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	112	-
R_work	0.168	2091	-
obs	-	-	99.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3387	-0.0082	-0.1258	1.1743	-0.087	0.8022	-0.0186	0.0191	0.1031	-0.0344	-0.0339	0.0379	-0.0417	0.0227	0.0525	-0.0255	-0.0035	-0.0148	0.0496	-0.0026	0.0954	-0.424	11.516	-4.012
2	3.0791	-2.0474	1.3821	3.3751	-1.5689	3.9315	-0.024	-0.0888	-0.4118	0.2817	0.1777	0.0624	-0.2225	-0.0192	-0.1537	-0.0022	0.0094	0.0099	0.0578	0.0044	0.0353	1.916	3.921	28.61
3	7.0433	-6.0223	0.376	5.154	-0.4892	6.0344	-0.1573	0.1777	0.2879	-0.301	0.1345	-0.4258	0.0615	0.4456	0.0227	0.0015	0.0213	0.0217	0.0765	0.0315	0.0555	7.985	1.542	23.314
4	1.0281	-0.0335	0.3577	2.5845	-0.3492	2.7722	-0.0398	-0.1953	-0.0398	0.4041	0.0642	-0.1268	-0.2202	0.1195	-0.0245	0.0216	0.0154	-0.0091	0.0363	-0.0092	0.0271	5.434	5.926	33.726
5	5.7947	-1.8067	3.02	1.3924	-0.978	2.8984	0.158	-0.0292	-0.0935	-0.0675	-0.041	0.0437	0.1275	-0.1985	-0.117	-0.0015	0.0214	-0.0032	0.0478	-0.0283	0.0937	12.108	-12.41	-2.336
6	2.2428	-0.46	0.4727	3.1697	0.8969	2.873	-0.0528	0.2369	0.1846	-0.0449	-0.102	-0.0893	0.0703	0.2821	0.1548	-0.0231	-0.0075	0.0009	0.08	0.0261	0.0742	12.064	-1.534	-8.22
7	0.8744	-0.2226	-0.3744	0.5477	-0.27	1.3955	0.0144	-0.0325	-0.0055	0.0086	-0.049	-0.0384	0.0687	0.1555	0.0346	-0.0246	-0.0176	-0.0097	0.032	-0.0103	0.1114	11.527	-6.328	8.451
8	3.3749	0.416	-3.1337	1.0004	-0.4445	4.9203	0.0395	0.0511	-0.004	0.1701	0.0041	0.0533	0.1137	-0.0744	-0.0436	0.02	-0.0293	-0.0267	0.0734	-0.0136	0.0435	2.872	-13.637	29.669

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	H	1 - 123
2	X-RAY DIFFRACTION	2	H	124 - 164
3	X-RAY DIFFRACTION	3	H	165 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	4	H	181 - 227
5	X-RAY DIFFRACTION	5	L	1 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	6	L	25 - 54
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	55 - 141
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	142 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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