PDB-6dzr: Crystal structure of h38C2 K99R mutation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6dzr

タイトル

Crystal structure of h38C2 K99R mutation

要素

h38c2 heavy chain
h38c2 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / CITRATE ANION

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Park, H. / Rader, C.

引用

ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2019
タイトル: Site-Selective Antibody Functionalization via Orthogonally Reactive Arginine and Lysine Residues.
著者: Hwang, D. / Nilchan, N. / Nanna, A.R. / Li, X. / Cameron, M.D. / Roush, W.R. / Park, H. / Rader, C.

履歴

登録	2018年7月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6dzr.cif.gz	259.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6dzr.ent.gz	214.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6dzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dz/6dzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1axtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4m61-1 5vkk-2 5tdo-2 3g6j-3 1nd0-3 4h20-d 3l1o-d 5xhg-1 6qn8-6 3u36-3 6ks2-2 3cfb-2 2gsi-1 1kem-d 2r23-d 1q72-d 6p9i-1 6u85-d 4iml-1 5bzw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

H: h38c2 heavy chain

L: h38c2 light chain

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.699, 91.699, 109.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: 抗体	h38c2 heavy chain 分子量: 23886.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体	h38c2 light chain 分子量: 23876.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.6 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 20% PEG 3350, 200 mM Ammonium Acetate, 40 mM Ammonium Sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→35.1 Å / Num. obs: 20372 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 41
反射シェル	解像度: 2.4→2.48 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1AXT

1axt

解像度: 2.4→35.087 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.88

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2277	994	4.88 %
R_work	0.1816	-	-
obs	0.1838	20368	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→35.087 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3356	0	18	139	3513

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	3458
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.259	4705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.001	2051
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	521
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	600

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4003-2.5269	0.3342	150	0.2655	2759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5269-2.6851	0.2574	178	0.2434	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6851-2.8923	0.2686	140	0.2391	2756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8923-3.1832	0.2665	139	0.2154	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1832-3.6434	0.2405	154	0.1854	2760	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6434-4.5887	0.1819	121	0.1415	2802	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5887-35.0904	0.1798	112	0.1468	2823	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6197	4.6233	-1.7139	7.8755	-2.003	1.6768	-0.1458	-0.3464	-0.5608	0.1815	-0.0978	-0.8442	0.2307	0.3856	0.2041	0.3616	0.0246	-0.0818	0.2857	-0.0097	0.2825	83.5024	61.839	19.0649
2	3.0391	2.572	1.1516	6.073	0.8208	2.0153	0.106	-0.1683	0.2025	0.5457	-0.1701	0.1789	0.0107	-0.1286	0.0826	0.2749	-0.0049	0.0129	0.2538	0.0114	0.2007	76.0463	66.6481	20.6779
3	0.195	-0.5096	-0.2357	5.1304	-2.2331	2.4094	-0.0368	-0.2519	-0.2115	0.0181	-0.3363	-0.4324	0.1409	0.3039	0.4964	0.3002	-0.0333	0.0321	0.3177	0.048	0.2535	76.718	56.5334	15.7245
4	3.595	1.007	-0.0386	2.271	-1.4523	6.7014	-0.1621	0.4928	0.0034	-0.0972	0.0949	0.1066	0.7289	-0.0056	-0.8458	0.9202	0.0609	0.2973	0.3923	0.081	0.3271	70.262	24.4787	2.9098
5	1.6701	-1.2158	-2.3618	3.6878	2.5568	6.2836	-0.2561	-0.168	-0.2292	0.3424	-0.0314	0.1036	0.5382	0.3191	0.228	0.42	0.045	0.0514	0.3463	0.0293	0.3015	74.8331	34.2087	8.0529
6	4.3499	3.8217	2.3888	4.8364	2.898	1.7345	-0.4505	-0.9193	-0.5714	0.0599	-0.0273	-0.5163	0.6311	-0.21	-0.4188	0.859	0.1964	0.1432	0.4771	0.0767	0.4306	78.9021	25.8785	11.4064
7	3.8042	-0.4765	-0.9577	2.622	1.3654	2.7593	-0.1352	0.1757	0.2889	-0.4846	-0.6268	1.3648	-0.2568	-0.3098	0.2816	0.3835	0.062	-0.1016	0.4045	-0.0949	0.5577	62.0423	70.0339	-0.5988
8	2.5848	0.7362	-0.4644	4.4795	1.9021	5.1818	-0.0532	0.0836	0.0434	-0.5436	-0.0776	0.2463	-0.2207	-0.1016	0.0792	0.301	0.0323	-0.0463	0.2686	0.0167	0.29	72.301	67.3581	-1.0906
9	1.4991	2.1122	1.4005	5.8275	3.2195	4.4187	0.1066	0.3102	0.1726	-0.7741	-0.459	0.3949	-0.3944	-0.1246	0.113	0.2619	0.0237	-0.0253	0.3757	-0.1254	0.3808	64.089	48.1167	-9.2357
10	2.8983	1.0471	-0.8602	2.5984	-2.8383	5.9154	-0.1671	0.2332	-0.3714	0.5569	-0.2797	0.3376	0.4768	-0.4912	0.1301	0.5523	-0.1136	0.1558	0.3259	-0.1734	0.496	62.1341	30.2795	3.7228
11	2.9477	3.9558	-2.085	5.4838	-2.8172	5.3703	0.1617	0.0984	-0.0737	0.2381	-0.3095	0.3737	0.022	-0.3667	0.1096	0.289	0.0099	0.0531	0.3381	-0.1385	0.4307	61.0877	37.4595	1.5492
12	4.62	3.1376	-2.9634	2.7304	-3.1456	3.9921	0.1268	-0.5162	-0.3481	0.5676	-0.5721	0.2807	0.1667	-0.1902	0.0748	0.6194	-0.1679	0.2315	0.4305	-0.0685	0.4944	59.0557	27.8793	9.8673
13	3.9839	0.4961	-0.8716	4.024	-4.7731	6.6384	-0.3074	0.5424	-0.5083	0.2641	-0.1309	0.6261	0.8313	-0.3107	-0.022	0.6457	-0.2127	0.1639	0.4472	-0.1952	0.7971	56.5654	25.3133	-1.4974

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'H' and (resid 1 through 33 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 34 through 101 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 102 through 124 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'H' and (resid 125 through 139 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'H' and (resid 140 through 208 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'H' and (resid 209 through 220 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 1 through 33 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 34 through 106 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 107 through 118 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 119 through 155 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 156 through 177 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'L' and (resid 178 through 193 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'L' and (resid 194 through 218 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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