PDB-3kk8: CaMKII Substrate Complex A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kk8

タイトル

CaMKII Substrate Complex A

要素

Calcium/calmodulin dependent protein kinase II

キーワード

TRANSFERASE / Protein Kinase / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

medium-term memory / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / Ca2+ pathway / HSF1-dependent transactivation / serotonin biosynthetic process / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / axon cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72 Å

データ登録者

Kuriyan, J. / Chao, L.H. / Pellicena, P. / Deindl, S. / Barclay, L.A. / Schulman, H.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Intersubunit capture of regulatory segments is a component of cooperative CaMKII activation.
著者: Chao, L.H. / Pellicena, P. / Deindl, S. / Barclay, L.A. / Schulman, H. / Kuriyan, J.

履歴

登録	2009年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kk8.cif.gz	130.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kk8.ent.gz	106 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kk8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kk8_validation.pdf.gz	425.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kk8_full_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示
XML形式データ	3kk8_validation.xml.gz	14.8 KB	表示
CIF形式データ	3kk8_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kk8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kk8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kk9C 3kl8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1phh-1 2j0k-1 1k0i-2 2j0m-d 2j0j-d 3hdq-2 6dll-2 1k0l-2 4xeo-d 5xwb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II

ヘテロ分子

A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
64.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.361, 79.361, 175.420
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Calcium/calmodulin dependent protein kinase II 分子量: 32203.582 Da / 分子数: 1 / 断片: CaMKII kinase domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: unc-43, K11E8.1, K11E8.1d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Q0, UniProt: O62305*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 15% 2-methyl-2,4-pentanediol, .1M potassium cholride, 5 mM magnesium sulfate, 50mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月10日

放射

モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9537 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 8.8 % / 数: 311357 / R_merge(I) obs: 0.054 / Χ²: 1.04 / D res high: 1.72 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 35546 / % possible obs: 99.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.71	50	98.9	1	0.032	1.033	8
2.94	3.71	99.9	1	0.044	1.019	8.7
2.57	2.94	100	1	0.055	1.017	9.2
2.33	2.57	100	1	0.07	1.033	9.3
2.17	2.33	100	1	0.092	1.02	9.3
2.04	2.17	100	1	0.127	1.063	9.4
1.94	2.04	100	1	0.187	1.056	9.4
1.85	1.94	100	1	0.319	1.092	9.3
1.78	1.85	100	1	0.477	1.053	8.9
1.72	1.78	98.5	1	0.596	1.027	6.1

反射

解像度: 1.72→68.729 Å / Num. all: 35546 / Num. obs: 35411 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.8 % / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 33.7

反射シェル

解像度: 1.72→1.78 Å / % possible all: 99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	39.68 Å
Translation	2.5 Å	39.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHASER	1.3.3	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
HKL-2000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.72→39.681 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.867 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.216	1774	5.01 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.179	35408	99.63 %	-
all	-	35546	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.561 Å² / k_sol: 0.424 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 200.93 Å² / B_iso mean: 41.646 Å² / B_iso min: 16.23 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.207 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.207 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.414 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72→39.681 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2267	0	1	227	2495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	4570
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.096	8267
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.189	345
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	695
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.953	1136

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.72-1.766	0.298	133	0.232	2494	2627	98
1.766-1.819	0.243	140	0.206	2507	2647	100
1.819-1.877	0.209	152	0.193	2520	2672	100
1.877-1.944	0.223	130	0.183	2566	2696	100
1.944-2.022	0.237	123	0.169	2565	2688	100
2.022-2.114	0.174	156	0.167	2534	2690	100
2.114-2.226	0.226	125	0.166	2565	2690	100
2.226-2.365	0.232	134	0.166	2582	2716	100
2.365-2.548	0.222	139	0.169	2581	2720	100
2.548-2.804	0.197	123	0.168	2612	2735	100
2.804-3.21	0.206	145	0.17	2611	2756	100
3.21-4.043	0.189	137	0.166	2685	2822	100
4.043-39.691	0.22	137	0.184	2812	2949	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3036	-0.8382	0.5429	0.7078	-0.2901	-0.6324	0.1201	0.7273	-0.2731	-0.5129	-0.0716	-0.0587	0.584	0.399	-0.0604	0.3953	0.0352	0.0455	0.3904	0.0468	0.2095	7.2322	-51.5285	0.3438
2	1.1887	-0.6533	0.0198	0.3828	1.1703	2.2329	0.0821	0.3516	-0.1614	-0.1015	0.0722	-0.103	0.391	0.3196	-0.1315	0.2555	0.0292	0.0507	0.3365	0.0208	0.2401	10.8435	-48.593	0.8381
3	1.6907	0.6367	0.2302	0.0671	-0.0644	1.2096	-0.2665	0.1425	-0.5769	0.0685	0.1108	-0.0329	-0.0274	0.359	0.1319	0.1965	-0.0494	0.0621	0.2869	0.0263	0.285	17.4784	-37.9213	7.5171
4	2.6479	-0.9205	-1.6386	2.0879	0.6176	1.0527	0.0729	-0.6774	-0.1067	0.0674	-0.0111	-0.0333	0.2124	0.6859	0.0879	0.3107	0.1508	0.0417	0.4068	0.082	0.2453	13.8755	-49.3995	6.6431
5	0.5531	0.5345	-0.3191	0.7025	-0.2954	0.2325	-0.0109	0.1543	0.0958	-0.0168	0.0226	0.1342	-0.0106	-0.1351	-0.0382	0.1983	-0.0142	0.0333	0.2501	0.0302	0.1922	7.9913	-28.352	1.0801
6	0.7948	-0.1572	-0.407	0.4717	-0.5421	1.4207	-0.2162	0.0816	-0.1699	0.067	0.0682	-0.0094	-0.1784	-0.0433	0.1379	0.2603	0.0111	0.0189	0.2056	0.0275	0.2071	14.9775	-29.1488	5.2203
7	1.3762	0.621	-0.5994	0.5025	-0.3232	0.9523	0.1508	0.0511	0.2926	0.0496	0.0014	0.0649	-0.1644	-0.0413	-0.1452	0.2187	0.0159	0.0563	0.1705	0.0573	0.2207	17.1022	-14.7467	-3.0903
8	0.4716	-1.075	0.2924	-0.5024	1.8832	0.1205	-0.1007	-0.0917	-0.104	-0.5297	0.3712	0.3523	0.5474	0.0658	-0.1175	0.6747	0.0582	0.0922	1.3708	0.2344	0.5878	-3.5206	-12.9328	11.6504
9	1.5381	-0.4021	-0.6363	2.3793	0.8492	1.1905	0.025	0.3478	-0.2777	-0.4361	-0.0947	0.0756	-0.1675	-0.4137	0.0689	0.4309	-0.0112	-0.0051	0.4937	-0.0775	0.4089	-14.5466	-28.1471	17.5189

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 7:24)	A	7 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 25:53)	A	25 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 54:73)	A	54 - 73
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 74:83)	A	74 - 83
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 84:145)	A	84 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 146:167)	A	146 - 167
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 168:270)	A	168 - 270
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 271:275)	A	271 - 275
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 276:289)	A	276 - 289

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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