[English] 日本語

- PDB-3hdq: Crystal structure of UDP-galactopyranose mutase (oxidized form) i... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hdq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of UDP-galactopyranose mutase (oxidized form) in complex with substrate | ||||||
![]() | UDP-galactopyranose mutase | ||||||
![]() | ISOMERASE / UDP-galactopyranose mutase / Substrate and inhibitor | ||||||
Function / homology | ![]() UDP-galactopyranose mutase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Partha, S.K. / van Straaten, K.E. / Sanders, D.A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural basis of substrate binding to UDP-galactopyranose mutase: crystal structures in the reduced and oxidized state complexed with UDP-galactopyranose and UDP. Authors: Partha, S.K. / van Straaten, K.E. / Sanders, D.A. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 776.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 643.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 6.4 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 6.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 151.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 193.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3hdyC ![]() 3he3C ![]() 1v0jS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
4 | ![]()
| ||||||||
5 | ![]()
| ||||||||
6 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 45741.824 Da / Num. of mol.: 10 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: R1 / Gene: DR_A0367, DR_AO367 / Plasmid: pEHISTEV / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-GDU / #3: Chemical | ChemComp-FAD / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.81 % |
---|---|
Crystal grow | pH: 6.5 Details: 0.1 M HEPES pH 6.5, 0.2 M LiCl, 28% PEG 6000, Microbatch |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Sep 6, 2008 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9797 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.36→19.88 Å / Num. all: 204925 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 13.07 |
-
Processing
Software | Name: PHENIX / Version: (phenix.refine) / Classification: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1V0J Resolution: 2.36→19.88 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.99 / Phase error: 21.97 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.307 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 37.046 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.36→19.88 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
|