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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jb4 | ||||||
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タイトル | Structure of Ljungan virus: insight into picornavirus packaging | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / picornaviruses / assembly / pathogen | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / picornain 3C / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane ...host cell nucleolus / host cell Golgi membrane / picornain 3C / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Ljungan virus 87-012 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhu, L. / Wang, X.X. / Ren, J.S. / Porta, C. / Wenham, H. / Ekstrom, J.-O. / Panjwani, A. / Knowles, N.J. / Kotecha, A. / Siebert, A. ...Zhu, L. / Wang, X.X. / Ren, J.S. / Porta, C. / Wenham, H. / Ekstrom, J.-O. / Panjwani, A. / Knowles, N.J. / Kotecha, A. / Siebert, A. / Lindberg, M. / Fry, E.E. / Rao, Z.H. / Tuthill, T.J. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Structure of Ljungan virus provides insight into genome packaging of this picornavirus. 著者: Ling Zhu / Xiangxi Wang / Jingshan Ren / Claudine Porta / Hannah Wenham / Jens-Ola Ekström / Anusha Panjwani / Nick J Knowles / Abhay Kotecha / C Alistair Siebert / A Michael Lindberg / ...著者: Ling Zhu / Xiangxi Wang / Jingshan Ren / Claudine Porta / Hannah Wenham / Jens-Ola Ekström / Anusha Panjwani / Nick J Knowles / Abhay Kotecha / C Alistair Siebert / A Michael Lindberg / Elizabeth E Fry / Zihe Rao / Tobias J Tuthill / David I Stuart / 要旨: Picornaviruses are responsible for a range of human and animal diseases, but how their RNA genome is packaged remains poorly understood. A particularly poorly studied group within this family are ...Picornaviruses are responsible for a range of human and animal diseases, but how their RNA genome is packaged remains poorly understood. A particularly poorly studied group within this family are those that lack the internal coat protein, VP4. Here we report the atomic structure of one such virus, Ljungan virus, the type member of the genus Parechovirus B, which has been linked to diabetes and myocarditis in humans. The 3.78-Å resolution cryo-electron microscopy structure shows remarkable features, including an extended VP1 C terminus, forming a major protuberance on the outer surface of the virus, and a basic motif at the N terminus of VP3, binding to which orders some 12% of the viral genome. This apparently charge-driven RNA attachment suggests that this branch of the picornaviruses uses a different mechanism of genome encapsidation, perhaps explored early in the evolution of picornaviruses. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jb4.cif.gz | 142.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jb4.ent.gz | 113.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jb4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3jb4_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jb4_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3jb4_validation.xml.gz | 28 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jb4_validation.cif.gz | 39.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/3jb4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/3jb4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 5
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対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33091.980 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 504-800 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ljungan virus 87-012 (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): kidney (Vero) cell / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q8JV21 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28237.660 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-259 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ljungan virus 87-012 (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): kidney (Vero) cell / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q8JV21 |
#3: タンパク質 | 分子量: 27672.650 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 260-503 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ljungan virus 87-012 (ウイルス) / 細胞株 (発現宿主): kidney (Vero) cell / 発現宿主: Chlorocebus aethiops (ミドリザル) / 参照: UniProt: Q8JV21 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Ljungan virus (type: 87-012) / タイプ: VIRUS |
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分子量 | 値: 6 MDa / 実験値: YES |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Rodentia |
緩衝液 | 名称: PBS / pH: 7.4 / 詳細: PBS |
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Grids with adsorbed viruses were floated on 1% w/v uranyl acetate for 20 seconds. |
試料支持 | 詳細: 200 mesh gold grid with thin carbon support, glow-discharged in amylamine atmosphere |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % 詳細: Blot for 3 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK III). 手法: Blot for 3 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI POLARA 300 / 日付: 2015年2月2日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 160,000 times magnification. |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN HELIUM |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: FEI |
画像スキャン | デジタル画像の数: 288 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: RELION / カテゴリ: 3次元再構成 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 5558 / ピクセルサイズ(公称値): 1.35 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.35 Å / 詳細: (Single particle--Applied symmetry: I) / クラス平均像の数: 20 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.8→129.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 18.956 / SU ML: 0.282 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.426 / ESU R Free: 0.361 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: NONE | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 167.82 Å2 / Biso mean: 70.53 Å2 / Biso min: 9.93 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→129.6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.8→3.899 Å / Total num. of bins used: 20
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