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- PDB-3iqj: Crystal Structure of human 14-3-3 sigma in Complex with Raf1 pept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iqj
タイトルCrystal Structure of human 14-3-3 sigma in Complex with Raf1 peptide (10mer)
要素
  • 10-mer peptide from RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
  • 14-3-3 protein sigma
キーワードPROTEIN BINDING / SIGNALING PROTEIN / SIGNAL TRANSDUCTION / Nucleus / Phosphoprotein / Secreted / ATP-binding / Disease mutation / Kinase / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phorbol-ester binding / Proto-oncogene / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...death-inducing signaling complex assembly / intermediate filament cytoskeleton organization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / IFNG signaling activates MAPKs / GP1b-IX-V activation signalling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell differentiation / face development / pseudopodium / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / phosphoserine residue binding / MAP kinase kinase kinase activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Schwann cell development / type II interferon-mediated signaling pathway / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / negative regulation of stem cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RHO GTPases activate PKNs / protein kinase A signaling / protein sequestering activity / activation of adenylate cyclase activity / response to muscle stretch / negative regulation of innate immune response / myelination / protein export from nucleus / CD209 (DC-SIGN) signaling / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / release of cytochrome c from mitochondria / thymus development / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / RAF activation / negative regulation of protein kinase activity / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / wound healing / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Stimuli-sensing channels / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / positive regulation of cell growth / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / Ras protein signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / protein kinase activity / cadherin binding / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. ...14-3-3 domain / Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / 14-3-3 protein sigma / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Ottmann, C. / Weyand, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2010
タイトル: Impaired binding of 14-3-3 to C-RAF in Noonan syndrome suggests new approaches in diseases with increased Ras signaling.
著者: Molzan, M. / Schumacher, B. / Ottmann, C. / Baljuls, A. / Polzien, L. / Weyand, M. / Thiel, P. / Rose, R. / Rose, M. / Kuhenne, P. / Kaiser, M. / Rapp, U.R. / Kuhlmann, J. / Ottmann, C.
履歴
登録2009年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年11月27日Group: Database references
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: 10-mer peptide from RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,8756
ポリマ－27,7672
非ポリマー1084
水7,728429
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: 10-mer peptide from RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: 10-mer peptide from RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,75112
ポリマ－55,5344
非ポリマー2178
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area4860 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area23600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.610, 112.560, 62.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-265-

MG

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Stratifin / Epithelial cell marker protein 1


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-231 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド 10-mer peptide from RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / C-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 1208.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human)
参照: UniProt: P04049
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes/NaOH ph 7.5, 0.2M CaCl2, 28% PEG 400, 5% glycerol, 2mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.87314 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87314 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→34.49 Å / Num. all: 103535 / Num. obs: 102954 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 15.78 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.15→1.2 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. measured all: 12284 / Num. unique all: 12259 / Rsym value: 0.469

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YWT

1ywt


解像度: 1.15→34.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 0.711 / SU ML: 0.015 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.027 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15267 5105 5 %RANDOM
Rwork0.12725 ---
obs0.12856 97849 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.535 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→34.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1895 0 4 429 2328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222149
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021486
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.141.9832953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11633682
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.4755.127315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.69424.902102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.34815.036419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5281515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02423
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3891.51323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1441.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.49222158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.083826
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.0614.5757
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.55633635
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free15.8533433
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.35233570
LS精密化 シェル解像度: 1.15→1.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.177 368 -
Rwork0.152 7187 -
obs--99.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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