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万見
- PDB-3ile: Crystal structure of ORF157-E86A of Acidianus filamentous virus 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ile
タイトルCrystal structure of ORF157-E86A of Acidianus filamentous virus 1
要素Putative uncharacterized protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / virus / archaea / nuclease
機能・相同性Protein of unknown function DUF3258 / Protein of unknown function DUF3258 / Immunoglobulin-like - #2930 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / NICKEL (II) ION / Uncharacterized protein ORF157
機能・相同性情報
生物種Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Goulet, A. / Lichiere, J. / Prangishvili, D. / van Tilbeurgh, H. / Cambillau, C. / Campanacci, V.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: ORF157 from the archaeal virus Acidianus filamentous virus 1 defines a new class of nuclease
著者: Goulet, A. / Pina, M. / Redder, P. / Prangishvili, D. / Vera, L. / Lichiere, J. / Leulliot, N. / van Tilbeurgh, H. / Ortiz-Lombardia, M. / Campanacci, V. / Cambillau, C.
履歴
登録2009年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8622
ポリマ－18,8041
非ポリマー591
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.876, 63.876, 85.352
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-158-

NI

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein / ORF157


分子量: 18803.574 Da / 分子数: 1 / 変異: E86A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: TEV cleavage site inserted between attB1 and the gene of interest
由来: (組換発現) Acidianus filamentous virus 1 (ウイルス)
遺伝子: AFV1 orf157 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q70LE6
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1M LiCl2, 0.01M NiCl2, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→45 Å / Num. obs: 3286 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 21.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 466 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
REFMAC5.5.0088精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3II2

3ii2


解像度: 3.3→32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.854 / SU B: 107.618 / SU ML: 0.728 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31281 180 5.5 %RANDOM
Rwork0.25463 ---
obs0.2582 3088 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-25.44 Å2-0 Å2-0 Å2
2--25.44 Å20 Å2
3----50.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1275 0 1 0 1276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0221324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4271.9331790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9655150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67123.38268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.21215244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.548158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4511.5747
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86221218
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1523577
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.074.5571
LS精密化 シェル解像度: 3.298→3.383 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 14 -
Rwork0.274 221 -
obs--98.33 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -37.499 Å / Origin y: 15.1692 Å / Origin z: 5.4412 Å
111213212223313233
T0.2686 Å20.2587 Å20.0982 Å2-0.4354 Å20.2556 Å2--0.2537 Å2
L10.3725 °2-1.6938 °2-3.7017 °2-8.8064 °22.3576 °2--9.077 °2
S-1.0762 Å °-1.589 Å °-1.3592 Å °0.1783 Å °0.677 Å °0.5727 Å °0.3054 Å °0.9964 Å °0.3992 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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