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- PDB-3qsz: Crystal Structure of the STAR-related lipid transfer protein (fra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qsz
タイトルCrystal Structure of the STAR-related lipid transfer protein (fragment 25-204) from Xanthomonas axonopodis at the resolution 2.4A, Northeast Structural Genomics Consortium Target XaR342
要素STAR-related lipid transfer protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Structural Genomics / PSI-biology / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / STAR domain
機能・相同性
機能・相同性情報


START domain-containing protein / in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / START domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.389 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Su, M. / Vorobiev, S.M. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A.P. / Su, M. / Vorobiev, S.M. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target XaR342
著者: Kuzin, A.P. / Su, M. / Vorobiev, S.M. / Sahdev, S. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Wang, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L.
履歴
登録2011年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: STAR-related lipid transfer protein
B: STAR-related lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1076
ポリマ－42,7952
非ポリマー3124
水1,27971
1
A: STAR-related lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6554
ポリマ－21,3981
非ポリマー2573
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: STAR-related lipid transfer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4532
ポリマ－21,3981
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.115, 53.885, 70.266
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.44, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-26-

ASP

詳細monomer,15.1 kD,94.0%

-
要素

#1: タンパク質 STAR-related lipid transfer protein


分子量: 21397.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
遺伝子: XAC0537 / プラスミド: pET 21-23C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8PPZ5
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: macrobatch under oik / pH: 6
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5) . Reservoir solution:0.1M MnSO4, 0.1M MES, 18% (w/v) PEG 4K, macrobatch under oik, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月16日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.389→30 Å / Num. obs: 35747 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.461 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.389→29.762 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.96 / SU ML: 0.38 / σ(F): 0 / 位相誤差: 32.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 3311 10.02 %
Rwork0.2012 --
obs0.2075 33054 91.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.694 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.4584 Å20 Å2-14.4443 Å2
2--5.9095 Å2-0 Å2
3---3.5489 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.389→29.762 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 14 71 2884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082882
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1263917
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6271053
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077421
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005511
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3891-2.42320.41661090.2965943X-RAY DIFFRACTION69
2.4232-2.45930.37481320.29431039X-RAY DIFFRACTION80
2.4593-2.49770.3208950.28061119X-RAY DIFFRACTION82
2.4977-2.53870.289980.27741158X-RAY DIFFRACTION85
2.5387-2.58240.36581710.2751127X-RAY DIFFRACTION85
2.5824-2.62930.32241260.27921186X-RAY DIFFRACTION87
2.6293-2.67990.35311330.27131194X-RAY DIFFRACTION88
2.6799-2.73450.35181430.26491167X-RAY DIFFRACTION89
2.7345-2.7940.36491080.23841281X-RAY DIFFRACTION89
2.794-2.85890.31291380.25841226X-RAY DIFFRACTION92
2.8589-2.93030.32391380.23221264X-RAY DIFFRACTION94
2.9303-3.00950.34211610.24391241X-RAY DIFFRACTION94
3.0095-3.0980.32371450.22941284X-RAY DIFFRACTION96
3.098-3.19790.25891280.21811340X-RAY DIFFRACTION96
3.1979-3.3120.33621530.21991284X-RAY DIFFRACTION97
3.312-3.44440.24871410.20911288X-RAY DIFFRACTION96
3.4444-3.60090.26911490.20711296X-RAY DIFFRACTION96
3.6009-3.79040.28861460.21841309X-RAY DIFFRACTION97
3.7904-4.02740.27111460.17441323X-RAY DIFFRACTION97
4.0274-4.33750.19691390.15511331X-RAY DIFFRACTION99
4.3375-4.77240.20781650.12451338X-RAY DIFFRACTION100
4.7724-5.45920.19931460.15081339X-RAY DIFFRACTION100
5.4592-6.86410.22151600.18761343X-RAY DIFFRACTION99
6.8641-29.76390.1971410.17381323X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.3163 Å / Origin y: 18.3165 Å / Origin z: 16.9244 Å
111213212223313233
T0.1281 Å20.0284 Å2-0.0399 Å2-0.1061 Å2-0.0171 Å2--0.1566 Å2
L1.0198 °20.1933 °20.7088 °2-0.7369 °20.0594 °2--0.6898 °2
S0.0508 Å °0.0575 Å °-0.0323 Å °-0.0899 Å °-0.0105 Å °0.0176 Å °0.0467 Å °0.0754 Å °-0.029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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