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Yorodumi- PDB-7k62: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase from Mycobacterium k... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7k62 | ||||||
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Title | Crystal Structure of Dihydrofolate reductase from Mycobacterium kansasii in complex with NADP and inhibitor P218 | ||||||
Components | Dihydrofolate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / SSGCID / tetrahydrofolate biosynthesis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information glycine biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium kansasii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal Structure of Dihydrofolate reductase from Mycobacterium kansasii in complex with NADP and inhibitor P218 Authors: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Santhakumar, V. / Walpole, C. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7k62.cif.gz | 185.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7k62.ent.gz | 122 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7k62.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7k62_validation.pdf.gz | 1.5 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7k62_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | Display | |
Data in XML | 7k62_validation.xml.gz | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7k62_validation.cif.gz | 21.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/7k62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/7k62 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 1df7S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18737.018 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: B / Source: (gene. exp.) Mycobacterium kansasii (bacteria) / Gene: folA, BZL29_1474, BZL30_0350 / Plasmid: MykaA.01062.a.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A1V3XYG5, dihydrofolate reductase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.3 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 Details: Microlytics Morpheus screen, condition E4: 12.5% (w/V) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, ...Details: Microlytics Morpheus screen, condition E4: 12.5% (w/V) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (V/V) MPD: 30mM of each diethyleneglycol, triethyleneglycol, tetraethyleneglycol, pentaethyleneglycol: 100mM MES/imidazole pH 6.5. MykaA.01062.a.B1.PS38569 at 5.22mg/ml + 2mM each NADP and P218: tray 309622 e4: cryo: direct: puck kdu7-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-300 / Detector: CCD / Date: Aug 6, 2020 / Details: Beryllium Lenses | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Diamond [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 22844 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.108 % / Biso Wilson estimate: 42.831 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.884 / Net I/σ(I): 14.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: pdb entry 1df7 as per Morda Resolution: 2.05→35.39 Å / SU ML: 0.3333 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 36.7307 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→35.39 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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