PDB-3hxt: Structure of human MTHFS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hxt

タイトル

Structure of human MTHFS

要素

5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase

キーワード

LIGASE / antifolate / cancer / one-carbon metabolic network / Acetylation / ATP-binding / Cytoplasm / Folate-binding / Magnesium / Nucleotide-binding / Polymorphism

機能・相同性

機能・相同性情報

folic acid catabolic process / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase activity / folic acid-containing compound biosynthetic process / formate metabolic process / glutamate metabolic process / Metabolism of folate and pterines / tetrahydrofolate metabolic process / folic acid binding / tetrahydrofolate interconversion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wu, D. / Li, Y. / Song, G. / Cheng, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Shaw, N. / Liu, Z.-J.

引用

ジャーナル: Cancer Res. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the inhibition of human 5,10-methenyltetrahydrofolate synthetase by N10-substituted folate analogues
著者: Wu, D. / Li, Y. / Song, G. / Cheng, C. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Shaw, N. / Liu, Z.-J.

履歴

登録	2009年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年7月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hxt.cif.gz	94.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hxt.ent.gz	72.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hxt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3hxt_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3hxt_full_validation.pdf.gz	423.4 KB	表示
XML形式データ	3hxt_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	3hxt_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/3hxt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/3hxt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hy3C 3hy4C 3hy6C 1u3gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3v77-7 4typ-2 4qjz-d 6v3t-5 5vah-2 2fzh-d 3hy6-d 3hy3-d 7jmb-1 5a5z-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase

ヘテロ分子

23.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.705, 145.122, 59.218
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-212- MG
2	1	A-243- HOH

#1: タンパク質	5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase / 5 / 10-methenyl-tetrahydrofolate synthetase / Methenyl-THF synthetase / MTHFS 分子量: 23289.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MTHFS / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P49914, 5-formyltetrahydrofolate cyclo-ligase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.25 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 詳細: 100mM HEPES, pH6.6, 20mM MgCl2.6H2O, 20mM NiCl2.6H2O, 20% (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 17011 / Num. obs: 17011 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.9→1.93 Å / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.4.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U3G

1u3g

解像度: 1.9→30.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 7.251 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.429 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25019	859	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21008	-	-	-
obs	0.212	16137	98.88 %	-
all	-	17011	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.98 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.33 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1557	0	11	156	1724

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.14	1.978	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.225	5	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.285	23.467	75
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.894	15	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.473	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.289	1.5	962
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.448	2	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.719	3	612
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.719	4.5	569
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.674	3	1570
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	6.95	3	1546

LS精密化シェル

解像度: 1.893→1.942 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	52	-
R_work	0.306	1050	-
obs	-	-	86.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.8962	5.682	2.3962	8.0259	2.7322	5.0135	-0.1193	0.2004	-0.3264	-0.1975	0.0993	-0.1902	0.1595	-0.0944	0.02	0.1193	0.0372	0.0036	0.124	0.0111	0.0985	33.8281	52.7053	-7.6406
2	17.0148	6.9855	1.8827	7.2974	6.0071	6.3933	0.1227	0.7433	-0.1645	-0.4856	-0.0714	-0.85	0.2208	0.9404	-0.0514	0.1532	0.0082	0.0148	0.1451	-0.002	0.1326	23.5741	42.5207	-8.2499
3	1.2217	-2.3426	-2.793	4.8921	6.7381	11.1609	-0.0122	0.1822	-0.1939	-0.0415	-0.0967	0.1211	0.2213	-0.2096	0.1089	0.0981	-0.0108	-0.0063	0.1075	0.0177	0.1278	10.3935	38.6192	0.7894
4	2.4227	-0.674	-0.7404	2.1255	-0.0466	2.407	-0.0237	0.0294	-0.1693	0.049	-0.0183	0.0628	0.1795	-0.138	0.042	0.0469	-0.0143	-0.0124	0.051	0.0045	0.0723	5.6887	51.7705	4.6657
5	9.3558	1.3654	-2.4228	5.9902	-0.4347	6.1152	-0.01	0.3954	0.1357	-0.3608	0.0423	-0.3507	-0.1071	0.2167	-0.0323	0.103	0.0188	-0.0415	0.0619	-0.0071	0.0775	11.0062	64.3358	-6.0247
6	6.6958	1.8439	-2.2919	2.9375	-1.5711	4.5144	-0.1172	-0.0937	-0.1511	0.0177	0.0556	0.0005	0.1096	0.0581	0.0617	0.1004	0.0013	-0.031	0.0536	-0.006	0.0785	2.5364	55.4557	-9.1949
7	3.0518	-1.1694	2.1158	2.6011	0.7083	3.1956	-0.1035	0.0528	0.1839	-0.0925	0.022	0.0917	-0.3837	-0.1535	0.0816	0.0637	-0.0315	0.0274	0.0872	0.0082	0.1155	5.5146	65.3663	-0.2092
8	4.868	0.554	-1.8272	2.7095	1.3578	1.6122	-0.0335	0.0676	0.09	-0.0016	0.0208	-0.2556	-0.0788	0.1459	0.0126	0.1138	-0.0077	0.001	0.0913	-0.0145	0.1135	22.4563	51.959	0.3384
9	2.0111	0.7898	1.152	3.1758	1.3944	6.4744	0.0064	-0.2973	0.1898	0.2097	0.1273	-0.2938	-0.1455	0.4787	-0.1336	0.0819	0.0001	-0.002	0.0937	0.0144	0.1216	16.91	65.8482	5.4388
10	1.1494	-0.1774	0.1751	1.5106	0.3813	0.8055	-0.0409	0.053	-0.1493	0.0592	0.0443	-0.1131	0.2091	0.1658	-0.0033	0.085	-0.0061	0.0017	0.0847	0.0135	0.0733	19.5827	46.7155	3.7658
11	4.1285	-0.6832	-1.1782	1.119	1.0847	3.8333	0.0567	0.0017	0.0413	-0.1139	-0.0371	-0.3114	-0.1147	0.2189	-0.0196	0.1155	0.0313	-0.0341	0.1275	0.0124	0.095	23.9229	49.1608	5.6306

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	17 - 21
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	24 - 41
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	42 - 80
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	81 - 95
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	96 - 112
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	113 - 132
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	133 - 151
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	152 - 167
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	168 - 181
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	182 - 199

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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