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- PDB-3v77: Crystal structure of a putative fumarylacetoacetate isomerase/hyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3v77
タイトルCrystal structure of a putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase from Oleispira antarctica
要素Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
キーワードHYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / OCEAN METAGENOMICS
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylpyruvate hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / D(-)-TARTARIC ACID / Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Oleispira antarctica (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Kagan, O. / Di Leo, R. / Bochkarev, A. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Genome sequence and functional genomic analysis of the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica.
著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, ...著者: Kube, M. / Chernikova, T.N. / Al-Ramahi, Y. / Beloqui, A. / Lopez-Cortez, N. / Guazzaroni, M.E. / Heipieper, H.J. / Klages, S. / Kotsyurbenko, O.R. / Langer, I. / Nechitaylo, T.Y. / Lunsdorf, H. / Fernandez, M. / Juarez, S. / Ciordia, S. / Singer, A. / Kagan, O. / Egorova, O. / Alain Petit, P. / Stogios, P. / Kim, Y. / Tchigvintsev, A. / Flick, R. / Denaro, R. / Genovese, M. / Albar, J.P. / Reva, O.N. / Martinez-Gomariz, M. / Tran, H. / Ferrer, M. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. / Yakimov, M.M. / Golyshina, O.V. / Reinhardt, R. / Golyshin, P.N.
履歴
登録2011年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2012年1月18日ID: 3L53
改定 1.02012年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月24日Group: Database references
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
B: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
C: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
D: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
E: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
F: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,01528
ポリマ－144,8526
非ポリマー2,16322
水21,1681175
1
A: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
D: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,19911
ポリマ－48,2842
非ポリマー9159
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
2
B: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子

E: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8338
ポリマ－48,2842
非ポリマー5496
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
3
C: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
F: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9839
ポリマ－48,2842
非ポリマー6997
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
4
A: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6326
ポリマ－24,1421
非ポリマー4905
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
B: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4174
ポリマ－24,1421
非ポリマー2753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
C: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5675
ポリマ－24,1421
非ポリマー4254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
D: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5675
ポリマ－24,1421
非ポリマー4254
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
E: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4174
ポリマ－24,1421
非ポリマー2753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
9
F: Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4174
ポリマ－24,1421
非ポリマー2753
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.265, 161.386, 114.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質
Putative fumarylacetoacetate isomerase/hydrolase


分子量: 24142.076 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oleispira antarctica (バクテリア)
プラスミド: P15TV-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D2YW46
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.2 M DI-AMMONIUM TARTRATE, 0.1 M SODIUM ACETATE TRIHYDRATE PH 4.6, 10 MM ZINC SULFATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 99078 / Num. obs: 97790 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 20.88
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 83.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GTT

1gtt


解像度: 2.1→27.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 11.806 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25592 4262 5 %RANDOM
Rwork0.19867 ---
obs0.20156 81063 99.64 %-
all-81356 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.105 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→27.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10128 0 121 1175 11424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02210459
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3971.99314226
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.17251346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.39925.673416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.561151734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7381536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0227908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6391.56732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.182210836
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.66833727
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7874.53386
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 308 -
Rwork0.237 5782 -
obs--97.71 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: -0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
132.4652-43.6252-5.9998
229.7295-43.2816-6.321
333.2793-38.2175-10.1471
442.659-15.94621.7256
541.2931-15.319219.4757
643.421-21.593818.6099
7-7.3648-20.8508-6.9745
8-5.4197-20.9881-4.926
9-3.5556-18.7276-11.5381
1015.3935-60.11145.5873
1117.3235-58.90736.3871
1213.1011-63.2059.9511
1333.6162-8.1158-22.8762
1435.8297-7.6541-21.5827
1534.1098-14.6493-22.0348
16-12.9562-28.303417.6901
17-12.1991-30.148315.4973
18-13.5827-33.282121.6012
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 150
3X-RAY DIFFRACTION3A151 - 224
4X-RAY DIFFRACTION4B1 - 37
5X-RAY DIFFRACTION5B38 - 150
6X-RAY DIFFRACTION6B151 - 224
7X-RAY DIFFRACTION7C1 - 37
8X-RAY DIFFRACTION8C38 - 150
9X-RAY DIFFRACTION9C151 - 224
10X-RAY DIFFRACTION10D1 - 37
11X-RAY DIFFRACTION11D38 - 150
12X-RAY DIFFRACTION12D151 - 224
13X-RAY DIFFRACTION13E1 - 37
14X-RAY DIFFRACTION14E38 - 150
15X-RAY DIFFRACTION15E151 - 224
16X-RAY DIFFRACTION16F1 - 37
17X-RAY DIFFRACTION17F38 - 150
18X-RAY DIFFRACTION18F151 - 224

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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