[日本語] English
万見
- PDB-3htm: Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3htm
タイトルStructures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPBTB/3-box
要素Speckle-type POZ protein
キーワードPROTEIN BINDING / ligase / BTB / SPOP / ubiquitin / Nucleus / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of proteolysis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding ...regulation of proteolysis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / molecular function inhibitor activity / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / nuclear speck / ubiquitin protein ligase binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3030 / SPOP, C-terminal BACK domain / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #3030 / SPOP, C-terminal BACK domain / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhuang, M. / Walden, H. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structures of SPOP-substrate complexes: insights into molecular architectures of BTB-Cul3 ubiquitin ligases.
著者: Zhuang, M. / Calabrese, M.F. / Liu, J. / Waddell, M.B. / Nourse, A. / Hammel, M. / Miller, D.J. / Walden, H. / Duda, D.M. / Seyedin, S.N. / Hoggard, T. / Harper, J.W. / White, K.P. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Speckle-type POZ protein
C: Speckle-type POZ protein
D: Speckle-type POZ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,1834
ポリマ－77,1834
非ポリマー00
水6,053336
1
A: Speckle-type POZ protein
B: Speckle-type POZ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5912
ポリマ－38,5912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3290 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area16390 Å2
手法PISA
2
C: Speckle-type POZ protein
D: Speckle-type POZ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5912
ポリマ－38,5912
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.800, 88.700, 88.700
Angle α, β, γ (deg.)90.80, 89.30, 89.90
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 19295.625 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 172-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.47 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25
検出器日付: 2005年4月20日
放射プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 37547 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.42→2.51 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.335

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→44.34 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 --
Rwork0.217 --
obs0.217 37547 96.9 %
all-38756 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→44.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4756 0 0 336 5092

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る