[日本語] English
万見
- PDB-3hqm: Structures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular A... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3hqm
タイトルStructures of SPOP-Substrate Complexes: Insights into Molecular Architectures of BTB-Cul3 Ubiquitin Ligases: SPOPMATHx-CiSBC2
要素
  • Protein cubitus interruptus
  • Speckle-type POZ protein
キーワードPROTEIN BINDING / LIGASE / ubiquitin / E3 / SPOP / MATH / Ci / Nucleus / Ubl conjugation pathway / Developmental protein / DNA-binding / Metal-binding / Segmentation polarity protein / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


N-HH ligand not bound to PTC receptor complex / Hedgehog signaling complex / Assembly of the CI containing complexes / Activation of CI / Activation of SMO / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Hedgehog 'off' state / cuticle pattern formation / Phosphorylation of CI ...N-HH ligand not bound to PTC receptor complex / Hedgehog signaling complex / Assembly of the CI containing complexes / Activation of CI / Activation of SMO / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Hedgehog 'off' state / cuticle pattern formation / Phosphorylation of CI / Phosphorylation of SMO / Nuclear CI is degraded / Assembly of the 'signalling complexes' / Ubiquitination and proteolysis of phosphorylated CI / Degradation of GLI1 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Hedgehog 'on' state / heart formation / genital disc anterior/posterior pattern formation / compound eye morphogenesis / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / mucosal immune response / positive regulation of epithelial cell differentiation / segment polarity determination / cAMP response element binding protein binding / regulation of proteolysis / dendrite morphogenesis / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / smoothened signaling pathway / molecular function inhibitor activity / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / Hedgehog 'on' state / protein polyubiquitination / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / SPOP, C-terminal BACK domain / MATH domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like ...C2H2-type zinc-finger protein GLI-like / SPOP, C-terminal BACK domain / MATH domain / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / Apoptosis, Tumor Necrosis Factor Receptor Associated Protein 2; Chain A / MATH domain / MATH/TRAF domain / MATH/TRAF domain profile. / meprin and TRAF homology / TRAF-like / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Speckle-type POZ protein / Transcriptional activator cubitus interruptus
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Zhuang, M. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2009
タイトル: Structures of SPOP-substrate complexes: insights into molecular architectures of BTB-Cul3 ubiquitin ligases.
著者: Zhuang, M. / Calabrese, M.F. / Liu, J. / Waddell, M.B. / Nourse, A. / Hammel, M. / Miller, D.J. / Walden, H. / Duda, D.M. / Seyedin, S.N. / Hoggard, T. / Harper, J.W. / White, K.P. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Speckle-type POZ protein
B: Speckle-type POZ protein
C: Protein cubitus interruptus
D: Protein cubitus interruptus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9678
ポリマ－35,5834
非ポリマー3844
水6,918384
1
A: Speckle-type POZ protein
C: Protein cubitus interruptus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9834
ポリマ－17,7912
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area7530 Å2
手法PISA
2
B: Speckle-type POZ protein
D: Protein cubitus interruptus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9834
ポリマ－17,7912
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area7370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.281, 48.100, 49.860
Angle α, β, γ (deg.)63.00, 64.04, 62.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Speckle-type POZ protein / HIB homolog 1 / Roadkill homolog 1


分子量: 16485.932 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-166 / 変異: D140G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPOP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43791
#2: タンパク質・ペプチド Protein cubitus interruptus


分子量: 1305.371 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1356-1367 / 由来タイプ: 合成 / 参照: UniProt: P19538
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID
検出器日付: 2008年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 31963 / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.031 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 9.5 / Num. unique all: 2996 / Rsym value: 0.102

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HQH

3hqh


解像度: 1.74→25.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 4.13 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21777 1582 5.1 %RANDOM
Rwork0.17717 ---
obs0.17928 29424 96.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å2-0.14 Å20.12 Å2
2--0.12 Å20.29 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→25.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 20 384 2642
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0222378
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1921.9713210
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8215299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.11923.786103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.60115446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3891514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.21082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.21619
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1160.2308
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1740.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1210.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7761.51480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.22322305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.92231038
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0844.5892
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / Num. reflection Rwork: 2067 / Total num. of bins used: 20
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4818-0.15410.15990.80880.18241.1570.02190.0193-0.03330.0829-0.00140.0120.06960.0104-0.0205-0.0319-0.0061-0.0042-0.01990.0054-0.0229-3.4632-6.11461.2369
20.53390.1667-0.26910.71560.20911.160.0202-0.02540.0339-0.0717-0.00640.0108-0.071-0.009-0.0138-0.02710.00570.0057-0.02450.0064-0.0239-3.9611.397722.9596
327.9033-4.5551-5.15785.84292.09556.06720.03370.5268-0.09580.31820.00740.06060.8271-0.2573-0.04120.0523-0.0754-0.0385-0.10990.0036-0.0903-7.1354-16.24272.503
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 165
2X-RAY DIFFRACTION2B29 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3C1360 - 1366

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る