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万見
- PDB-3h9q: Crystal structure of E. coli MccB + SeMet MccA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h9q
タイトルCrystal structure of E. coli MccB + SeMet MccA
要素
  • MccB protein
  • Microcin C7 ANALOG
キーワードTRANSFERASE/ANTIBIOTIC / Ubiquitin-activating enzyme / microcin / bacteriocin / Mcc7 / peptide antibiotic / N-P bond formation / Antibiotic / Antimicrobial / Formylation / Phosphoprotein / TRANSFERASE / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / nucleotidyltransferase activity / defense response to bacterium / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Outer Surface Protein A; domain 3 - #70 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Outer Surface Protein A; domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Selenomethionine derivative of Microcin C7 / Microcin C7 / MccB protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.63 Å
データ登録者Regni, C.A. / Roush, R.F. / Miller, D. / Nourse, A. / Walsh, C.T. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: How the MccB bacterial ancestor of ubiquitin E1 initiates biosynthesis of the microcin C7 antibiotic.
著者: Regni, C.A. / Roush, R.F. / Miller, D.J. / Nourse, A. / Walsh, C.T. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Non-polymer description / Structure summary
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42013年7月3日Group: Other
改定 1.52017年11月1日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.62023年9月6日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.82024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MccB protein
B: MccB protein
C: MccB protein
D: MccB protein
E: Microcin C7 ANALOG
F: Microcin C7 ANALOG
G: Microcin C7 ANALOG
H: Microcin C7 ANALOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,33614
ポリマ－160,8828
非ポリマー4546
水2,540141
1
A: MccB protein
B: MccB protein
E: Microcin C7 ANALOG
F: Microcin C7 ANALOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7648
ポリマ－80,4414
非ポリマー3234
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9480 Å2
ΔGint-46.9 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
2
C: MccB protein
D: MccB protein
G: Microcin C7 ANALOG
H: Microcin C7 ANALOG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5726
ポリマ－80,4414
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10330 Å2
ΔGint-53.1 kcal/mol
Surface area25770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.300, 138.597, 81.375
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.060, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
MccB protein


分子量: 39409.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: thrombin cleavable His-tag / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM7006 / 遺伝子: mccB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47506
#2: タンパク質・ペプチド
Microcin C7 ANALOG / MccC7 / Microcin C51 / MccC51 / Microcin C / McC


タイプ: Polypeptide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 810.739 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
詳細: MccA peptide was synthesized and reverse-phase HPLC purified by the Hartwell Center for Bioinformatics and Biotechnology at St. Jude Children's Research Hospital
由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q47505, Selenomethionine derivative of Microcin C7
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 %
結晶化温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 24-26% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH, Hampton Research), 50 mM Bis-Tris pH 6.5, 50 mM (NH4)2SO4, 10 mM SeMet-MccA, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日
詳細: Vertical and horizontal focusing mirrors in Kirkpatrick-Baez geometry.
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled single crystal Si(111) side bounce, optional Si(311)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→20 Å / Num. all: 37055 / Num. obs: 37055 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Χ2: 1.082 / Net I/σ(I): 23.312
反射 シェル解像度: 2.63→2.72 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Num. unique all: 3683 / Χ2: 0.546 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3H9J

3h9j


解像度: 2.63→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 1863 5 %RANDOM
Rwork0.207 ---
all0.207 36931 --
obs0.207 36931 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 27.884 Å2
原子変位パラメータBiso max: 123.34 Å2 / Biso mean: 51.983 Å2 / Biso min: 19.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.654 Å20 Å25.498 Å2
2---8.233 Å20 Å2
3---5.579 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.63→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10408 0 14 141 10563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.369
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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