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- PDB-3h5a: Crystal structure of E. coli MccB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h5a
タイトルCrystal structure of E. coli MccB
要素MccB protein
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitin-activating enzymes / microcin / protein structure / MccC7 / peptide antibiotics / N-P bond formation
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / nucleotidyltransferase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Outer Surface Protein A; domain 3 - #70 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Outer Surface Protein A; domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Regni, C.A. / Roush, R.F. / Miller, D. / Nourse, A. / Walsh, C.T. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: How the MccB bacterial ancestor of ubiquitin E1 initiates biosynthesis of the microcin C7 antibiotic.
著者: Regni, C.A. / Roush, R.F. / Miller, D.J. / Nourse, A. / Walsh, C.T. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MccB protein
B: MccB protein
C: MccB protein
D: MccB protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,0568
ポリマ－160,7954
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17400 Å2
ΔGint-89.6 kcal/mol
Surface area61490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.649, 145.035, 158.688
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
MccB protein


分子量: 40198.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM7006 / 遺伝子: mccB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47506
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.24 %
結晶化温度: 277.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 2.1 M NaCl, 100 mM Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.2K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.28290, 1.28330, 1.25000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月9日
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28291
21.28331
31.251
Reflection冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 27.22 / 数: 574278 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 2.02 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 81993 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.035099.810.062.5026.9
4.796.0310010.082.8916.9
4.184.7910010.093.2447
3.84.1810010.1022.917.1
3.533.810010.1172.4487.1
3.323.5310010.1451.9447.1
3.153.3210010.1781.467.1
3.023.1510010.2291.1057.1
2.93.0210010.3080.8287.1
2.82.999.810.3780.7736.5
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 81993 / Num. obs: 81993 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 71.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Χ2: 2.024 / Net I/σ(I): 27.217
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.378 / Num. unique all: 8093 / Χ2: 0.773 / % possible all: 99.8

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing set
ID
1
2
3
Phasing MADD res high: 2.9 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.27 / 反射: 73255
Phasing MAD set
Clust-IDExpt-IDSet-ID波長 (Å)F double prime refinedF prime refined
3 wavelength111.28295.06-8.33
3 wavelength121.28332.02-9.99
3 wavelength131.253.69-2.95
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Zn600.3680.6090.1440.999
2Zn48.4590.510.8940.1150.627
3Zn45.7580.6410.8830.1060.669
4Zn600.3560.7410.1350.781
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
10.46-500.533613
6.6-10.460.536146
5.16-6.60.447816
4.37-5.160.369122
3.86-4.370.2810295
3.5-3.860.2111298
3.22-3.50.1412150
3-3.220.0912815
Phasing dmFOM : 0.65 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.67 / 反射: 80355 / Reflection acentric: 74216 / Reflection centric: 6139
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
8-49.6950.950.950.9237733003770
5-80.880.880.821112798911236
4-50.860.870.813818126701148
3.5-40.760.760.691377912845934
3-3.50.530.530.4824214228271387
2.8-30.260.260.261364412980664

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE2.1位相決定
RESOLVE2.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BOSデータ収集
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→49.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / WRfactor Rfree: 0.262 / WRfactor Rwork: 0.232 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.813 / SU B: 10.868 / SU ML: 0.211 / SU R Cruickshank DPI: 0.366 / SU Rfree: 0.275 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 4120 5 %RANDOM
Rwork0.223 77699 --
obs0.224 81819 98.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 97.13 Å2 / Biso mean: 53.742 Å2 / Biso min: 29.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.84 Å20 Å20 Å2
2---0.38 Å20 Å2
3---2.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11061 0 4 0 11065
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02211303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.94115351
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.45251414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.20624.733524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.186151840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0091547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.21710
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.24834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3190.27658
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9691.57156
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.487211359
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00734595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9734.53992
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.871 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 263 -
Rwork0.327 4789 -
all-5052 -
obs--83.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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