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- PDB-3h5n: Crystal structure of E. coli MccB + ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h5n
タイトルCrystal structure of E. coli MccB + ATP
要素MccB protein
キーワードTRANSFERASE / Ubiquitin-activating enzyme / microcin / protein structure / MccC7 / peptide antibiotics / N-P bond formation
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like modifier activating enzyme activity / thiosulfate-cyanide sulfurtransferase activity / nucleotidyltransferase activity / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Outer Surface Protein A; domain 3 - #70 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme / Outer Surface Protein A; domain 3 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / MccB protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Regni, C.A. / Roush, R.F. / Miller, D. / Nourse, A. / Walsh, C.T. / Schulman, B.A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: How the MccB bacterial ancestor of ubiquitin E1 initiates biosynthesis of the microcin C7 antibiotic.
著者: Regni, C.A. / Roush, R.F. / Miller, D.J. / Nourse, A. / Walsh, C.T. / Schulman, B.A.
履歴
登録2009年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MccB protein
B: MccB protein
C: MccB protein
D: MccB protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,12317
ポリマ－157,6394
非ポリマー2,48413
水13,169731
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16670 Å2
ΔGint-82.6 kcal/mol
Surface area52580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.847, 138.239, 80.224
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
MccB protein


分子量: 39409.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: thrombin cleavable His-tag / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: BM7006 / 遺伝子: mccB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q47506

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非ポリマー , 5種, 744分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.32 %
結晶化温度: 291.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24-26% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH, Hampton Research), 50 mM Na Hepes pH 7.5, 100 mM MgSO4, 25 mM ATP, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月2日 / 詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(220) sagital focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 96263 / Num. obs: 96263 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 24.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 1.026 / Net I/σ(I): 19.166
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.364 / Num. unique all: 9202 / Χ2: 1.036 / % possible all: 89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
X-GENデータスケーリング
HKL-2000データ削減
REFMAC5.2.0019位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3H5A

3h5a


解像度: 1.9→42.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.254 / WRfactor Rwork: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.787 / SU B: 4.708 / SU ML: 0.136 / SU R Cruickshank DPI: 0.217 / SU Rfree: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 4421 5 %RANDOM
Rwork0.204 84354 --
obs0.207 88775 93.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.74 Å2 / Biso mean: 22.839 Å2 / Biso min: 8.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.43 Å20 Å2
3---0.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→42.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10428 0 137 731 11296
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.02210781
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.96214670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1551336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.70724.938480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.052151742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1831542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2030.25257
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.27416
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2877
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0640.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2530.293
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9091.56850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.129210753
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02134523
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8524.53917
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 307 -
Rwork0.315 6058 -
all-6365 -
obs--90.12 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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