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- PDB-3h1i: Stigmatellin and antimycin bound cytochrome bc1 complex from chicken -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3h1i
タイトルStigmatellin and antimycin bound cytochrome bc1 complex from chicken
要素
  • (Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ...) x 2
  • (UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ...) x 4
  • (UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN ...) x 2
  • CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
  • Cytochrome b
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYTOCHROME BC1 / MEMBRANE PROTEIN / HEME PROTEIN / RIESKE IRON SULFUR PROTEIN / CYTOCHROME B / CYTOCHROME C1 / COMPLEX III / MITOCHONDRIAL PROCESSING PROTEASE / UBIQUINONE / REDOX ENZYME / RESPIRATORY CHAIN / STIGMATELLIN / ANTIMYCIN / Electron transport / Heme / Iron / Membrane / Metal-binding / Mitochondrion / Mitochondrion inner membrane / Transmembrane / Transport / Disulfide bond / Iron-sulfur / Transit peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Respiratory electron transport / Complex III assembly / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / electron transfer activity ...Respiratory electron transport / Complex III assembly / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / electron transfer activity / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / mitochondrion / metal ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain I / Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / 3-layer Sandwich / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Ribbon / Helix Hairpins / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ANY / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / STIGMATELLIN A / Unknown ligand / Cytochrome c ...Chem-ANY / CARDIOLIPIN / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / HEME C / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / STIGMATELLIN A / Unknown ligand / Cytochrome c / Complex III subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.I. / Kim, K.K. / Hung, L.W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.H.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: Electron Transfer by Domain Movement in Cytochrome Bc1
著者: Zhang, Z. / Huang, L. / Shulmeister, V.M. / Chi, Y.I. / Kim, K.K. / Hung, L.W. / Crofts, A.R. / Berry, E.A. / Kim, S.H.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Binding of the Respiratory Chain Inhibitor Antimycin to the Mitochondrial Bc(1) Complex: A New Crystal Structure Reveals an Altered Intramolecular Hydrogen-Bonding Pattern.
著者: Huang, L.S. / Cobessi, D. / Tung, E.Y. / Berry, E.A.
#2: ジャーナル: J.BIOENERG.BIOMEMBR. / 年: 1999
タイトル: The Structure of the Avian Mitochondrial Cytochrome bc1 Complex.
著者: Berry, E.A. / Huang, L.S. / Zhang, Z. / Kim, S.H.
履歴
登録2009年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02023年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I, MITOCHONDRIAL
B: UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2, MITOCHONDRIAL
C: Cytochrome b
D: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
E: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
F: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KDA PROTEIN
G: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
H: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 11 KDA PROTEIN
I: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
J: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.2 KDA PROTEIN
N: UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I, MITOCHONDRIAL
O: UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2, MITOCHONDRIAL
P: Cytochrome b
Q: CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL
R: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
S: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KDA PROTEIN
T: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
U: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 11 KDA PROTEIN
V: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
W: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.2 KDA PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)480,02456
ポリマ－462,06520
非ポリマー17,95936
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area109030 Å2
ΔGint-716 kcal/mol
Surface area152830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)174.693, 181.666, 240.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN ... , 2種, 4分子 ANBO

#1: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME BC1 COMPLEX / COMPLEX III


分子量: 49503.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX31*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME-C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2, MITOCHONDRIAL / COMPLEX III SUBUNIT II


分子量: 46683.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX29*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

-
タンパク質 , 2種, 4分子 CPDQ

#3: タンパク質 Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / ...Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex cytochrome b subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 3 / Complex III subunit 3 / Complex III subunit III


分子量: 42622.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P18946, quinol-cytochrome-c reductase
#4: タンパク質 CYTOCHROME C1, HEME PROTEIN, MITOCHONDRIAL / CYTOCHROME C-1


分子量: 26973.744 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX26*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

-
Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, ... , 2種, 4分子 ERIV

#5: タンパク質 Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex ...Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex III subunit 5


分子量: 21506.188 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 77-272 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質・ペプチド Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex ...Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Rieske iron-sulfur protein / RISP / Complex III subunit 5


分子量: 4785.649 Da / 分子数: 2 / Fragment: sequence database residues 1-76 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: Q5ZLR5, quinol-cytochrome-c reductase

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UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ... , 4種, 8分子 FSGTHUJW

#6: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KDA PROTEIN / COMPLEX III SUBUNIT VI


分子量: 13394.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX30*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C / UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 9.5 KDA PROTEIN / COMPLEX III SUBUNIT VII


分子量: 9498.735 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 11 KDA PROTEIN / MITOCHONDRIAL HINGE PROTEIN / CYTOCHROME C1 / NONHEME 11 KDA PROTEIN / COMPLEX III SUBUNIT VIII


分子量: 9057.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: quinol-cytochrome-c reductase
#10: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.2 KDA PROTEIN / CYTOCHROME C1 / NONHEME 7 KDA PROTEIN / COMPLEX III SUBUNIT X


分子量: 7005.963 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: D0VX27*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

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非ポリマー , 10種, 36分子

#11: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM
#12: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 10 / 由来タイプ: 合成
#13: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#14: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#15: 化合物 ChemComp-ANY / 2-METHYL-BUTYRIC ACID 3-(3-FORMYLAMINO-2-HYDROXY-BENZOYLAMINO)-8-HEPTYL-2,6-DIMETHYL-4,9-DIOXO-[1,5]DIOXONAN-7-YL ESTER / ANTIMYCIN


分子量: 562.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H42N2O9
#16: 化合物
ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#17: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#18: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#19: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#20: 化合物 ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM

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詳細

配列の詳細IN THE COORDINATES THE FIRST 15 RESIDUES IN CHAINS I AND V ARE MODELED AS UNK BECAUSE THE SEQUENCE ...IN THE COORDINATES THE FIRST 15 RESIDUES IN CHAINS I AND V ARE MODELED AS UNK BECAUSE THE SEQUENCE ALIGNMENT IS UNKNOWN FOR THE FIRST 42 RESIDUES IN CHAINS I AND V.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 20MM KMES PH 6.7, 75MM NACL, 10% GLYCEROL, AND 6% PEG4000, INHIBITORS WERE ADDED FROM ETHANOLIC SOLUTION, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5412 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月29日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54121
21.54181
反射解像度: 3.5→87.039 Å / Num. all: 90316 / Num. obs: 90316 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 73.1 Å2 / Rsym value: 0.229 / Net I/σ(I): 7.01
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.34 / Rsym value: 0.997 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ALMNモデル構築
TFFC(CCP4 PACKAGE)モデル構築
RAVEモデル構築
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
ALMN位相決定
TFFC(CCP4 PACKAGE)位相決定
RAVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1BCC

1bcc


解像度: 3.53→19.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 6933881.31 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 2551 3 %RANDOM
Rwork0.263 ---
all0.264 85111 --
obs0.264 85111 90.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 14.3956 Å2 / ksol: 0.230235 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-34.71 Å20 Å20 Å2
2---20.96 Å20 Å2
3----13.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.62 Å0.53 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a1.1 Å1 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.53→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31797 0 904 0 32701
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
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X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.05
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.31.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.362
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.422
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.452.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.53→3.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 351 3.2 %
Rwork0.381 10734 -
obs--83.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2hetero10.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3fnmfmx.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4water.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5prosthw.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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