PDB-3gi6: Crystal structure of protease inhibitor, AD78 in complex with wil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gi6

タイトル

Crystal structure of protease inhibitor, AD78 in complex with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Drug design / protease inhibitors / HIV-1 protease / Aspartyl protease / Hydrolase / Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 1.84 Å

データ登録者

Nalam, M.N.L. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Evaluating the substrate-envelope hypothesis: structural analysis of novel HIV-1 protease inhibitors designed to be robust against drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Altman, M.D. / Reddy, G.S. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Ozen, A. / Cao, H. / Gilson, M.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2009年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gi6.cif.gz	58 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gi6.ent.gz	43.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gi6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/3gi6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/3gi6	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gi4C 3gi5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3o9a-d 1sgu-d 4f73-d 1kzk-d 4rvx-1 3ttp-d 6w6t-d 6pu8-d 1c6x-d 1bdr-d 4cpq-d 2bpy-d 1hiv-d 1aaq-d 1ebk-2 6dgy-d 4jec-d 6pjl-d 4a4q-d 3b80-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.803, 58.021, 61.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-D78 / (5S)-N-[(1S,2R)-2-Hydroxy-3-[[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino]-1-(phenylmethyl)propyl]-2-oxo-3-[3-(trif luoromethyl)phenyl]-5-oxazolidinecarboxamide / (5S)-N-[(1S,2R)-1-benzyl-2-hydroxy-3-{[(4-methoxyphenyl)sulfonyl](2-methylpropyl)amino}propyl]-2-oxo-3-[3-(trifluoromet hyl)phenyl]-1,3-oxazolidine-5-carboxamide 分子量: 663.704 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₆F₃N₃O₇S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.45 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM sodium phosphate pH 6.2, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 15595 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Χ²: 1.086

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.84-1.92	6.4	0.358	1414	1.16	1	89.1
1.92-1.99	7.1	0.283	1520	1.335	1	94
1.99-2.08	7.2	0.217	1498	1.349	1	94.2
2.08-2.19	7.2	0.162	1517	1.064	1	95.3
2.19-2.33	7.2	0.116	1545	0.999	1	95.4
2.33-2.51	7.2	0.09	1553	0.943	1	96.4
2.51-2.76	7.2	0.069	1588	0.972	1	96.9
2.76-3.16	7.1	0.049	1590	1.106	1	98
3.16-3.99	7.1	0.033	1629	1.05	1	98.2
3.99-50	6.6	0.025	1741	0.918	1	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 1.84→24 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 5.171 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.196	789	5.1 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.166	15562	95.48 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 53.84 Å² / B_iso mean: 24.683 Å² / B_iso min: 12.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.89 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.84→24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1482	0	61	163	1706

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.283	2.022	2227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.694	3	3578
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.722	5	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.012	24.643	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.575	15	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.149	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1782
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	296
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.183	0.2	235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	763
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.124	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.169	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.158	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.48	1.5	1078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.1	1.5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.681	2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.96	3	664
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.484	4.5	582

LS精密化シェル

解像度: 1.84→1.891 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	44	-
R_work	0.207	965	-
all	-	1009	-
obs	-	-	84.72 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5966	-1.4235	-0.2192	6.9568	0.7989	2.7933	-0.2527	-0.3458	0.0159	0.3821	0.1871	0.1181	-0.0108	0.0178	0.0657	-0.0413	0.0535	0.0154	-0.0496	0.0037	-0.1664	20.9807	25.6821	29.2344
2	3.9666	-2.9262	0.9911	3.0346	0.0675	3.8143	-0.1701	0.0042	-0.4856	0.2718	0.244	0.3609	0.1793	0.0445	-0.0739	-0.0692	0.0046	0.0417	-0.1285	0.0389	-0.0543	19.6437	17.5604	23.0033
3	3.2542	0.5294	1.3367	2.486	-0.4402	1.4244	-0.0317	-0.075	0.016	0.006	-0.0977	-0.021	-0.1068	-0.081	0.1294	-0.0635	0.0021	-0.0004	-0.071	-0.0032	-0.0944	27.5483	28.295	18.9628
4	5.8918	-0.4535	1.2363	2.1511	0.2252	1.935	0.0516	-0.0992	-0.1295	0.0466	0.0151	0.1594	-0.0001	-0.0517	-0.0667	-0.0752	0.0146	0.0177	-0.1053	0.0096	-0.0717	13.2014	26.8278	18.8159
5	9.5611	1.7353	0.8158	10.7443	0.86	4.2371	0.0651	-0.257	-0.2807	0.1502	-0.2052	-1.1359	-0.1873	0.4496	0.1401	-0.0835	-0.0153	-0.0846	-0.1176	0.0668	0.0097	38.9053	30.4329	23.9981
6	36.0752	-11.582	0.5176	5.4296	0.2244	7.6942	-0.127	-0.0996	-0.8052	0.0953	0.097	0.7364	-0.1374	-0.6758	0.03	-0.1053	-0.0236	0.0272	-0.0625	0.0129	0.102	1.5113	21.5157	17.8876
7	6.7255	-0.3809	-0.1406	5.8961	5.0441	6.9275	0.1238	0.0229	-0.0189	-0.1107	0.1263	-0.3437	-0.37	0.5574	-0.2501	-0.0777	-0.022	-0.015	-0.0781	0.0485	-0.0615	39.5047	31.2759	10.5476
8	8.5098	-1.0003	-1.4962	5.7944	3.1358	4.2674	0.1873	0.1626	-0.0612	0.0244	-0.1208	0.4579	0.1304	-0.4747	-0.0665	-0.0902	-0.0045	0.009	-0.0149	0.0878	-0.0663	0.413	34.1511	13.5982
9	14.9009	-2.1123	-3.7921	1.4014	0.3479	2.4036	0.0552	0.0975	0.009	-0.1686	-0.1093	-0.0477	-0.1136	-0.0324	0.0542	-0.0554	0.0165	-0.0105	-0.0945	-0.0138	-0.0955	27.2795	31.1105	4.5482
10	13.0806	-3.4099	-1.18	2.2775	-1.3976	2.2004	0.254	0.0935	-0.1116	-0.0432	-0.0144	0.2714	-0.064	0.0368	-0.2396	-0.0519	0.0014	0.0086	-0.0715	0.0078	-0.041	12.97	39.0262	11.6583
11	1.6565	0.571	-0.8537	3.1046	0.7872	4.7597	0.067	0.0546	0.1083	0.1275	-0.1398	0.2363	-0.3639	-0.0156	0.0728	-0.0618	0.0041	-0.0247	-0.0812	0.002	-0.0807	29.1711	32.8656	14.7097
12	6.4178	-7.116	7.1359	12.8333	-9.0478	8.1953	0.3402	0.2508	-0.1892	-0.3584	0.0039	0.2642	0.2672	0.2425	-0.3441	-0.0706	0.017	-0.0127	-0.0527	0.0119	-0.057	10.3345	29.1923	12.6094
13	3.4989	-0.0277	0.5309	2.9542	-0.5112	0.8286	-0.0906	0.048	-0.0979	0.0375	-0.0564	-0.1324	-0.0711	0.0592	0.147	-0.0541	0.0124	0.0055	-0.0617	-0.0093	-0.0435	28.8673	19.6782	19.5083
14	5.3791	-1.2771	-1.5384	2.8656	0.2452	3.3062	-0.3477	-0.5425	-0.028	0.0133	0.3569	0.2987	-0.1088	-0.1419	-0.0092	-0.0624	0.0534	0.0354	-0.0304	0.0287	-0.0757	11.557	28.3973	26.9355
15	1.0278	-3.5203	1.9792	15.1671	-14.4549	22.7595	0.0522	0.3693	-0.5805	-0.4895	-0.7252	-0.5775	0.4412	0.9876	0.673	-0.1642	0.0365	0.0793	-0.021	0.0764	-0.0094	39.0402	23.4756	10.4967
16	5.404	6.5885	-7.0332	13.2163	-14.0539	23.3441	0.4574	-0.1672	0.264	0.7018	0.192	0.4644	-0.6565	-0.1695	-0.6494	-0.1168	0.0858	0.0371	-0.0959	0.0467	0.0278	1.3391	36.2426	21.057
17	12.6711	-0.7078	-6.2063	8.8447	0.2049	18.3682	-0.0439	0.1353	0.6168	0.5158	0.064	-0.3355	-0.0191	0.0421	-0.0201	-0.1168	-0.0367	-0.0984	-0.1409	0.0473	-0.003	37.0028	24.4142	23.8663
18	31.0429	-23.672	7.0819	25.6657	1.2718	9.4636	-0.2234	1.2434	-0.0159	0.3214	-0.4454	-0.3581	0.6651	0.4617	0.6689	-0.0891	0.0267	0.0804	-0.0407	0.1296	-0.0062	3.4214	23.274	23.9588
19	0.8969	0.2258	-0.9281	1.9569	1.6931	3.6752	-0.0272	-0.0662	-0.1316	0.0362	-0.0722	-0.2354	0.1889	0.3604	0.0994	-0.0922	-0.0007	0.0117	-0.0675	0.0228	-0.0136	36.2983	21.773	18.1848
20	3.3776	2.8758	-5.1262	8.7989	-8.4784	11.3468	-0.1576	-0.1634	-0.1075	-0.3249	0.0688	0.1892	0.2726	0.038	0.0888	-0.1069	0.0289	0.0109	-0.0725	0.0366	-0.0327	4.172	29.3651	24.7313
21	8.5577	-4.2102	-3.9537	7.2222	1.1136	6.5639	0.0094	0.0637	0.1824	-0.2745	0.1643	-0.0073	-0.211	0.0662	-0.1737	-0.0601	0.0111	-0.0162	-0.0692	-0.0001	-0.1129	19.1293	29.8266	13.1625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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