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万見
- PDB-1c6x: ALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1c6x
タイトルALTERNATE BINDING SITE FOR THE P1-P3 GROUP OF A CLASS OF POTENT HIV-1 PROTEASE INHIBITORS AS A RESULT OF CONCERTED STRUCTURAL CHANGE IN 80'S LOOP.
要素PROTEIN (PROTEASE)
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3IN / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Munshi, S.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: An alternate binding site for the P1-P3 group of a class of potent HIV-1 protease inhibitors as a result of concerted structural change in the 80s loop of the protease.
著者: Munshi, S. / Chen, Z. / Yan, Y. / Li, Y. / Olsen, D.B. / Schock, H.B. / Galvin, B.B. / Dorsey, B. / Kuo, L.C.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure at 1.9-A Resolution of Human Immunodeficiency Virus (HIV) II Protease Complexed with L-735,524, an Orally Bioavailable Inhibitor of the HIV Proteases
著者: Chen, Z. / Li, Y. / Chen, E. / Hall, D.L. / Darke, P.L. / Culberson, C. / Shafer, J.A. / Kuo, L.C.
履歴
登録1999年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PROTEASE)
B: PROTEIN (PROTEASE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3313
ポリマ－21,6032
非ポリマー7271
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.21, 88.21, 32.92
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PROTEASE)


分子量: 10801.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: NY5 ISOLATE
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 遺伝子: NY5 ISOLATE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O09893, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ
#2: 化合物 ChemComp-3IN / N-[2(S)-CYCLOPENTYL-1(R)-HYDROXY-3(R)METHYL]-5-[(2(S)-TERTIARY-BUTYLAMINO-CARBONYL)-4-(N1-(2)-(N-METHYLPIPERAZINYL)-3-CHLORO-PYRAZINYL-5-CARBONYL)-PIPERAZINO]-4(S)-HYDROXY-2(R)-PHENYLMETHYL-PENTANAMIDE


分子量: 727.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H55ClN8O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細9X MUTANT PROTEASE HAS NINE POINT MUTATIONS COMPARED TO WILD TYPE: ...9X MUTANT PROTEASE HAS NINE POINT MUTATIONS COMPARED TO WILD TYPE: L10V,K20M,L24I,S37D,M46I,I54V,L63P,A71V,V82T THERE IS ONE PROTEASE DIMER IN AN ASYMMETRICAL UNIT. THE TWO MOLECULES ARE LABELED AS CHAIN A AND CHAIN B. THERE IS ONE L-739,622 INHIBITOR MOLECULE LABELED AS 3IN.
非ポリマーの詳細L-739,622 IS N-[2(S)-CYCLOPENTYL-1(R)-HYDROXY-3(R)METHYL] -5-[(2(S)-TERTIARY-BUTYLAMINO-CARBONYL)-4- ...L-739,622 IS N-[2(S)-CYCLOPENTYL-1(R)-HYDROXY-3(R)METHYL] -5-[(2(S)-TERTIARY-BUTYLAMINO-CARBONYL)-4-(N1-(2)-(N- METHYLPIPERAZINYL)-3-CHLORO-PYRAZINYL-5-CARBONYL)- PIPERAZINO]-4(S)-HYDROXY-2(R)-PHENYLMETHYL-PENTANAMIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化詳細: crystals obtained by co-crystallization at ph 5.2, using 0.6M NaCl as precipitating agent in 0.1M sodium acetate buffer. protein was at 5.5 mg/ml concentration
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: inhibitor-protein mixture and the reservoir solution were mixed in a 1:1(v/v) ratio
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
14-6 mg/mlenzyme1drop
210 mMMES1drop
31 mMdithiothreitol1drop
41 mMEDTA1drop
53 mM1dropNaN3
70.6-0.8 M1reservoirNaCl
80.1 M1reservoirNaOAc
6inhibitor1dropmixed with the protein containing buffer in a molar ratio of 1:3 to 1:5, with a final DMSO concentration of 2-5%

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データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. all: 79495 / Num. obs: 8318 / % possible obs: 88 % / Rmerge(I) obs: 0.051
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 84
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 79495
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 84 % / Num. unique obs: 775 / Num. measured obs: 2887 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Mean I/σ(I) obs: 4.5

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→8 Å / Rfactor Rfree: 0.3 / Rfactor Rwork: 0.2 / Rfactor obs: 0.2 / σ(F): 2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 51 69 1634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.4
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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