PDB-3gi4: Crystal structure of protease inhibitor, KB60 in complex with wil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3gi4

タイトル

Crystal structure of protease inhibitor, KB60 in complex with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Drug design / protease inhibitors / HIV-1 protease / Aspartyl protease / Hydrolase / Protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Nalam, M.N.L. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2010
タイトル: Evaluating the substrate-envelope hypothesis: structural analysis of novel HIV-1 protease inhibitors designed to be robust against drug resistance.
著者: Nalam, M.N. / Ali, A. / Altman, M.D. / Reddy, G.S. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Ozen, A. / Cao, H. / Gilson, M.K. / Tidor, B. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2009年3月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3gi4.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3gi4.ent.gz	42.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3gi4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/3gi4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/3gi4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3gi5C 3gi6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oy2-d 1tsu-d 1mt7-d 1mt9-d 6oxx-d 1qbu-d 6pjc-2 3oxv-2 2qnq-d 2psu-d 3em3-d 1f7a-d 3lzs-d 4u8w-d 3oxx-1 6pjk-d 2z54-d 5kr1-d 4mc9-d 5cop-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.809, 58.131, 61.568
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-K60 / 5S)-N-[(1S,2R)-3-[(1,3-Benzodioxol-5-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-2-hydroxy-1-(phenylmethyl)propyl]-2-oxo-3-[3-(tr ifluoromethyl)phenyl]-5-oxazolidinecarboxamide / (5S)-N-{(1S,2R)-3-[(1,3-benzodioxol-5-ylsulfonyl)(2-methylpropyl)amino]-1-benzyl-2-hydroxypropyl}-2-oxo-3-[3-(trifluoro methyl)phenyl]-1,3-oxazolidine-5-carboxamide 分子量: 677.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₄F₃N₃O₈S
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM sodium phosphate pH 6.2, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, vapor diffusion, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 16121 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Χ²: 1.006

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.92	4.7	0.319	1547	0.92	1	97.4
1.92-1.99	6.6	0.272	1578	0.985	1	100
1.99-2.08	6.8	0.231	1589	1.215	1	100
2.08-2.19	6.9	0.17	1595	1.017	1	100
2.19-2.33	6.9	0.121	1589	0.951	1	100
2.33-2.51	6.9	0.093	1599	0.983	1	100
2.51-2.76	7	0.072	1621	1.023	1	100
2.76-3.16	7	0.052	1617	1.006	1	100
3.16-3.99	6.9	0.035	1641	1.012	1	100
3.99-50	6.6	0.026	1745	0.926	1	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
AMoRE		位相決定

精密化

解像度: 1.85→25.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.572 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.221	808	5 %	RANDOM
R_work	0.169	-	-	-
obs	0.172	16079	99.57 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.8 Å² / B_iso mean: 24.766 Å² / B_iso min: 10.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.76 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1486	0	65	139	1690

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1620
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.403	2.026	2217
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.698	3	3562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.041	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.748	24.737	57
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.141	15	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.18	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.175	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	1512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	753
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.09	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.167	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.527	1.5	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.109	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.747	2	1632
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.997	3	663
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.52	4.5	585

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.897 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	55	-
R_work	0.207	1061	-
all	-	1116	-
obs	-	-	94.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7483	-2.1511	-1.189	7.5129	0.94	3.3992	-0.3049	-0.3715	0.0711	0.3889	0.2708	0.0977	-0.0539	0.0729	0.0341	-0.0453	0.0536	0.006	-0.0474	-0.0005	-0.1627	20.889	25.6489	29.1693
2	4.4168	-2.4095	1.0831	4.3951	1.2353	5.2675	-0.1551	-0.0689	-0.4646	0.2148	0.2069	0.3786	0.1904	-0.0312	-0.0518	-0.0598	-0.0012	0.0501	-0.1447	0.0398	-0.0635	19.5755	17.562	22.8858
3	3.1807	0.7756	0.3303	3.427	-0.1443	0.673	-0.0294	-0.0324	0.0667	0.0062	-0.0798	0.0213	-0.0683	-0.0043	0.1092	-0.0453	-0.0016	-0.0063	-0.0587	-0.0001	-0.0989	27.5191	28.3607	18.9586
4	5.8594	-0.9128	0.9688	1.8017	-0.2164	2.7221	0.0276	-0.0485	-0.1648	0.0179	0.0595	0.1575	0.0095	-0.0455	-0.0871	-0.0753	0.0161	0.0186	-0.1041	0.016	-0.0587	13.177	26.8776	18.7501
5	13.4014	0.5537	-1.7007	9.5431	1.8675	5.1157	-0.0813	-0.4423	-0.2252	0.0863	-0.116	-0.7997	-0.0271	0.4141	0.1972	-0.0529	-0.0074	-0.0786	-0.1083	0.0657	-0.0372	38.8274	30.4455	24.0325
6	37.2034	-13.6864	-2.046	7.0061	1.1996	5.5463	0.0006	0.0691	-1.0838	0.1088	-0.0787	0.5182	-0.0613	-0.4669	0.0781	-0.1009	-0.0134	0.0109	-0.0808	-0.0008	0.048	1.5	21.5136	17.8042
7	6.2016	-0.9871	-0.6028	5.0327	3.5527	6.6691	0.2658	0.0196	-0.0679	-0.0094	-0.0175	-0.5579	-0.3385	0.391	-0.2483	-0.0756	-0.0202	-0.0199	-0.0807	0.0393	-0.0263	39.5314	31.3412	10.5904
8	9.3919	-3.4156	-1.6953	10.8409	2.6836	2.6796	0.2093	0.1999	0.2974	0.0512	-0.0495	0.3169	0.0329	-0.4403	-0.1598	-0.1038	-0.0033	0.0099	-0.0163	0.0872	-0.0571	0.6415	34.8581	13.8977
9	13.8593	-1.9997	-3.9349	1.6621	0.0942	3.0268	-0.0429	0.2503	-0.0751	-0.1058	-0.056	-0.0003	-0.0692	-0.0687	0.099	-0.0535	0.0179	-0.0056	-0.0824	-0.009	-0.0898	27.3174	31.2249	4.5574
10	15.6581	-4.1343	-1.6261	3.1061	-1.5279	2.0705	0.1515	0.1566	-0.1903	-0.0112	0.0142	0.2655	-0.0588	0.0698	-0.1657	-0.0407	-0.0089	-0.0041	-0.0653	0.0034	-0.054	12.9902	39.1083	11.6885
11	1.3594	1.7126	-1.5901	5.4525	-1.0311	5.2625	0.0035	0.1119	0.1288	0.1128	-0.0618	0.1943	-0.4086	-0.1093	0.0583	-0.056	-0.0106	-0.0229	-0.0599	0.008	-0.0768	29.1319	33.0036	14.7109
12	5.5011	-5.938	6.9349	10.533	-7.6203	8.7469	0.2763	0.2253	-0.1121	-0.3682	-0.0861	0.2767	0.4002	0.4167	-0.1902	-0.0606	0.0059	-0.0197	-0.0508	0.0173	-0.0359	10.3373	29.2809	12.5541
13	2.8877	-0.6966	0.1547	2.752	-1.7644	1.1627	-0.0142	0.0346	-0.1597	0.0376	-0.098	-0.0218	-0.0412	0.1616	0.1122	-0.0422	0.0036	0.0081	-0.0641	-0.0135	-0.026	28.8452	19.7248	19.4863
14	4.6275	-2.1295	-3.5335	5.8687	-0.0037	4.497	-0.3017	-0.3374	-0.0819	-0.0491	0.3612	0.3133	0.0356	-0.045	-0.0595	-0.0648	0.0466	0.0237	-0.0172	0.0264	-0.0683	11.4694	28.3713	26.8952
15	1.8343	-2.7888	6.6729	13.9644	-15.8389	29.3229	0.2285	0.1965	-0.7251	-0.6194	-0.6111	-0.5872	0.5972	0.6457	0.3826	-0.1672	0.0285	0.0753	-0.0197	0.0662	-0.0082	39.058	23.5392	10.5652
16	13.069	10.093	-10.4806	15.4309	-14.8468	22.0907	0.6058	-0.1454	0.6775	0.5926	0.0621	0.6408	-0.5736	0.1262	-0.6679	-0.1255	0.0775	0.0224	-0.097	0.0281	0.0146	1.2805	36.2764	21.0234
17	25.5302	2.9074	-17.072	11.6663	-4.3307	31.3051	0.0607	-0.2275	1.1409	0.4696	0.099	-0.1023	-0.3037	-0.0996	-0.1597	-0.1229	-0.0404	-0.0994	-0.1699	0.0037	0.0156	36.9835	24.3622	23.9367
18	28.8247	-17.1527	8.0686	14.7409	-0.3998	14.6849	-0.0377	0.8684	0.1984	-0.0418	-0.4347	-0.5493	0.7809	0.4129	0.4724	-0.108	0.022	0.0726	-0.0742	0.0776	-0.0066	3.0734	23.1942	23.7467
19	0.3883	-0.478	1.8764	2.3949	-1.1209	9.851	-0.1098	0.0795	-0.0768	0.0179	-0.0754	-0.3067	0.0365	0.1059	0.1851	-0.1001	-0.0058	0.0134	-0.0655	0.03	-0.034	35.8081	22.0418	17.41
20	2.2689	2.3547	-4.2997	7.7736	-6.6404	9.861	-0.1431	-0.1733	0.0236	-0.1709	0.0943	0.2276	0.1615	-0.0458	0.0488	-0.1001	0.0398	0.0136	-0.0742	0.0306	-0.0152	4.0607	29.398	24.7078
21	6.4898	-1.24	-3.0223	7.9101	6.3026	11.7443	0.1613	0.287	0.0855	-0.2686	0.0868	0.0554	-0.2103	0.084	-0.2482	-0.0803	0.0137	-0.0036	-0.0725	0.0175	-0.1201	19.1956	29.7974	13.0472

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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