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- PDB-3g3c: Mth0212 (WT) in complex with a 6bp dsDNA containing a single one ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g3c
タイトルMth0212 (WT) in complex with a 6bp dsDNA containing a single one nucleotide long 3'-overhang
要素
  • 5'-D(*CP*GP*TP*AP*(UPS)P*TP*AP*CP*G)-3'
  • 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*G)-3'
  • Exodeoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA uridine endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2010
タイトル: Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA
著者: Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ciirdaeva, E. / Schomacher, L. / Ficner, R.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2006
タイトル: The Methanothermobacter thermautotrophicus ExoIII homologue Mth212 is a DNA uridine endonuclease
著者: Georg, J. / Schomacher, L. / Chong, J.P.J. / Majernik, A.I. / Raabe, M. / Urlaub, H. / Muller, S. / Ciirdaeva, E. / Kramer, W. / Fritz, H.-J.
履歴
登録2009年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease
B: Exodeoxyribonuclease
H: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*G)-3'
I: 5'-D(*CP*GP*TP*AP*(UPS)P*TP*AP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,6679
ポリマ-68,3104
非ポリマー3575
543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area23280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.354, 79.337, 98.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B
17A
27B
18A
28B
19A
29B
110A
210B
111A
211B
112A
212B
113A
213B
114A
214B
115A
215B
116A
216B
117A
217B
118A
218B
119A
219B
120A
220B
121A
221B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPHEPHE1AA8 - 228 - 22
21SERSERPHEPHE1BB8 - 228 - 22
12ALAALAALAALA1AA41 - 4241 - 42
22ALAALAALAALA1BB41 - 4241 - 42
13GLNGLNARGARG1AA45 - 5145 - 51
23GLNGLNARGARG1BB45 - 5145 - 51
14VALVALLYSLYS1AA53 - 7653 - 76
24VALVALLYSLYS1BB53 - 7653 - 76
15ARGARGPHEPHE1AA83 - 9183 - 91
25ARGARGPHEPHE1BB83 - 9183 - 91
16GLUGLUGLUGLU1AA94 - 13994 - 139
26GLUGLUGLUGLU1BB94 - 13994 - 139
17ARGARGLEULEU1AA144 - 174144 - 174
27ARGARGLEULEU1BB144 - 174144 - 174
18GLUGLUASPASP1AA177 - 199177 - 199
28GLUGLUASPASP1BB177 - 199177 - 199
19GLYGLYILEILE1AA201 - 255201 - 255
29GLYGLYILEILE1BB201 - 255201 - 255
110ALAALAILEILE5AA2 - 72 - 7
210ALAALAILEILE5BB2 - 72 - 7
111LEULEULYSLYS5AA23 - 2423 - 24
211LEULEULYSLYS5BB23 - 2423 - 24
112LYSLYSLYSLYS5AA4040
212LYSLYSLYSLYS5BB4040
113HISHISHISHIS5AA5252
213HISHISHISHIS5BB5252
114ASPASPTHRTHR5AA92 - 9392 - 93
214ASPASPTHRTHR5BB92 - 9392 - 93
115METMETASPASP6AA27 - 3227 - 32
215METMETASPASP6BB27 - 3227 - 32
116PROPROGLUGLU6AA43 - 4443 - 44
216PROPROGLUGLU6BB43 - 4443 - 44
117VALVALLEULEU6AA77 - 8277 - 82
217VALVALLEULEU6BB77 - 8277 - 82
118ARGARGGLYGLY6AA140 - 143140 - 143
218ARGARGGLYGLY6BB140 - 143140 - 143
119PROPROVALVAL6AA175 - 176175 - 176
219PROPROVALVAL6BB175 - 176175 - 176
120PROPROPROPRO6AA200200
220PROPROPROPRO6BB200200
121GLUGLUGLUGLU6AA256256
221GLUGLUGLUGLU6BB256256

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease / Mth0212


分子量: 31430.650 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
: Delta H (DSM 1053) / 遺伝子: mth0212, MTH212, MTH_212 / プラスミド: pET_B_001-mth212 (WT) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O26314, exodeoxyribonuclease III

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 HI

#2: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 2715.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*GP*TP*AP*(UPS)P*TP*AP*CP*G)-3'


分子量: 2732.849 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 8分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#6: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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詳細

構成要素の詳細THE 3'-END OF BOTH CHAINS(H AND I) ARE BOUND TO ROX 5/6 NHS MIXTURE (FLUORESCENCE DYE), WHICH IS ...THE 3'-END OF BOTH CHAINS(H AND I) ARE BOUND TO ROX 5/6 NHS MIXTURE (FLUORESCENCE DYE), WHICH IS NOT SHOWN IN THIS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: reservoir: 40mM MgAc/50mM NaCac pH 6.0, 20% MPD; complex solution: 50mM KCl, 10mM KH2PO4/K2HPO4 pH 7.0, 1mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1KCl11
2KH2PO4/K2HPO411
3MgCl211
4H2O11
5MgAc12
6NaCac12
7MPD12
8H2O12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.04→50 Å / Num. obs: 15706 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 3.04→3.15 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.509 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
MAR345データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FZI
解像度: 3.04→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.766 / SU B: 23.158 / SU ML: 0.4 / SU R Cruickshank DPI: 1.407 / SU Rfree: 0.518 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.507 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29432 773 5 %RANDOM
Rwork0.23628 ---
obs0.23894 14742 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.24 Å2 / Biso mean: 72.524 Å2 / Biso min: 28.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5 Å20 Å20 Å2
2---7.18 Å20 Å2
3---5.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.04→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4270 278 20 3 4571
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1122.0236410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.955510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.61522.75240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.35715760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.651546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213580
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5281.52544
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.10124100
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.17932167
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.024.52310
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11A123tight positional0.020.05
21A10tight positional0.010.05
31A63tight positional0.020.05
41A193tight positional0.020.05
51A77tight positional0.020.05
61A400tight positional0.040.05
71A244tight positional0.030.05
81A201tight positional0.020.05
91A473tight positional0.020.05
101A24medium positional0.140.5
111A8medium positional0.040.5
121A4medium positional0.030.5
131A4medium positional0.110.5
141A8medium positional0.040.5
102B21loose positional0.265
112B9loose positional1.415
122B5loose positional0.465
132B6loose positional1.855
142B7loose positional0.085
152B50loose positional0.995
162B16loose positional0.415
172B41loose positional0.445
182B29loose positional0.475
192B14loose positional0.185
202B7loose positional0.145
212B9loose positional0.45
11A123tight thermal0.040.5
21A10tight thermal0.040.5
31A63tight thermal0.030.5
41A193tight thermal0.040.5
51A77tight thermal0.040.5
61A400tight thermal0.030.5
71A244tight thermal0.030.5
81A201tight thermal0.040.5
91A473tight thermal0.040.5
101A24medium thermal0.262
111A8medium thermal0.792
121A4medium thermal0.662
131A4medium thermal0.142
141A8medium thermal0.052
102B21loose thermal0.3310
112B9loose thermal0.3910
122B5loose thermal0.4310
132B6loose thermal0.3210
142B7loose thermal0.2410
152B50loose thermal3.5110
162B16loose thermal0.3610
172B41loose thermal1.1510
182B29loose thermal0.3210
192B14loose thermal0.410
202B7loose thermal0.310
212B9loose thermal1.7310
LS精密化 シェル解像度: 3.038→3.114 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.376 55 -
Rwork0.341 1003 -
all-1058 -
obs--95.49 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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