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- PDB-4zy3: Crystal Structure of Keap1 in Complex with a small chemical compo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zy3
タイトルCrystal Structure of Keap1 in Complex with a small chemical compound, K67
要素Kelch-like ECH-associated protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / Nrf2 / Keap1 / Stress sensor / Small molecule binding / Double glycine repeat / Kelch domain / p62
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body / cellular response to interleukin-4 / actin filament / centriolar satellite / disordered domain specific binding / midbody / cellular response to oxidative stress / ubiquitin-dependent protein catabolic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / in utero embryonic development / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of autophagy / protein ubiquitination / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 ...Kelch-type beta propeller / Kelch-like ECH-associated protein 1 / : / BTB-kelch protein / BTB/Kelch-associated / BTB And C-terminal Kelch / BTB And C-terminal Kelch / Kelch / Kelch motif / Kelch repeat type 1 / Kelch-type beta propeller / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / 6 Propeller / Neuraminidase / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / Chem-K67 / Kelch-like ECH-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Fukutomi, T. / Iso, T. / Suzuki, T. / Takagi, K. / Mizushima, T. / Komatsu, M. / Yamamoto, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: p62/Sqstm1 promotes malignancy of HCV-positive hepatocellular carcinoma through Nrf2-dependent metabolic reprogramming
著者: Saito, T. / Ichimura, Y. / Taguchi, K. / Suzuki, T. / Mizushima, T. / Takagi, K. / Hirose, Y. / Nagahashi, M. / Iso, T. / Fukutomi, T. / Ohishi, M. / Endo, K. / Uemura, T. / Nishito, Y. / ...著者: Saito, T. / Ichimura, Y. / Taguchi, K. / Suzuki, T. / Mizushima, T. / Takagi, K. / Hirose, Y. / Nagahashi, M. / Iso, T. / Fukutomi, T. / Ohishi, M. / Endo, K. / Uemura, T. / Nishito, Y. / Okuda, S. / Obata, M. / Kouno, T. / Imamura, R. / Tada, Y. / Obata, R. / Yasuda, D. / Takahashi, K. / Fujimura, T. / Pi, J. / Lee, M.S. / Ueno, T. / Ohe, T. / Mashino, T. / Wakai, T. / Kojima, H. / Okabe, T. / Nagano, T. / Motohashi, H. / Waguri, S. / Soga, T. / Yamamoto, M. / Tanaka, K. / Komatsu, M.
履歴
登録2015年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7986
ポリマ－68,5402
非ポリマー1,2574
水4,468248
1
A: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8993
ポリマ－34,2701
非ポリマー6292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11770 Å2
手法PISA
2
B: Kelch-like ECH-associated protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8993
ポリマ－34,2701
非ポリマー6292
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area11710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.399, 75.193, 109.797
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.35, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2


分子量: 34270.109 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 321-609 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl 21 Gold(de3) / 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#3: 化合物 ChemComp-K67 / N,N'-[2-(2-oxopropyl)naphthalene-1,4-diyl]bis(4-ethoxybenzenesulfonamide) / N,N′-[2-(2-オキソプロピル)ナフタレン-1,4-ジイル]ビス(4-エトキシベンゼンスルホンアミド)


分子量: 582.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H30N2O7S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.49 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM sodium HEPES (pH 7.5), 2.0M ammonium formate, 3% (w/v) 1,6-hexanediol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 92289 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 35.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 3.7 % / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WDZ

3wdz


解像度: 1.8→33.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 2.054 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21178 4623 5 %RANDOM
Rwork0.18961 ---
obs0.19072 87663 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.139 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å2-0 Å2-0.01 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4378 0 86 248 4712
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0194576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3411.9546232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.24639388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7285568
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23222.617214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31215660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0481542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1760.2652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0215338
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 317 -
Rwork0.23 6349 -
obs--97.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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