PDB-6zey: Keap1 kelch domain bound to a small molecule inhibitor of the Kea...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6zey

タイトル

Keap1 kelch domain bound to a small molecule inhibitor of the Keap1-Nrf2 protein-protein interaction

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / Keap1 / Nrf2 / Oxidative stress / Small molecule complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / Neddylation / Ub-specific processing proteases / KEAP1-NFE2L2 pathway / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / negative regulation of response to oxidative stress / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / transcription regulator inhibitor activity / inclusion body ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.801 Å

データ登録者

Narayanan, D. / Bach, A. / Gajhede, M.

資金援助

デンマーク, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Deconstructing Noncovalent Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (Keap1) Inhibitors into Fragments to Reconstruct New Potent Compounds.
著者: Pallesen, J.S. / Narayanan, D. / Tran, K.T. / Solbak, S.M.O. / Marseglia, G. / Sorensen, L.M.E. / Hoj, L.J. / Munafo, F. / Carmona, R.M.C. / Garcia, A.D. / Desu, H.L. / Brambilla, R. / ...

履歴

登録	2020年6月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年5月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zey ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ze/6zey	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6zewC 6zexC 6zezC 6zf0C 6zf1C 6zf2C 6zf3C 6zf4C 6zf5C 6zf6C 6zf7C 6zf8C 5fnuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6qmc-d 6sp1-1 5nkp-2 6zew-d 5fns-d 6zf4-d 2z32-d 5wiy-2 6qmk-d 3vng-d 7k2o-1 7k2j-1 7k2l-1 6zf6-d 5fnq-d 7k2a-1 5who-1 7k2s-2 5whl-1 6sp4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (3)
#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#218 - 2018年2月
EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

34.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.030, 104.030, 55.992
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 分子量: 33362.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Keap1, Inrf2, Kiaa0132 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9Z2X8
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-QGZ / 5-cyclopropyl-1-[3-(phenylsulfonylamino)phenyl]pyrazole-4-carboxylic acid 分子量: 383.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₇N₃O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6 and 1.0 M Lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9772 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月26日 / 詳細: Toroidal mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9772 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.801→52.01 Å / Num. obs: 32103 / % possible obs: 99.98 % / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 29.16 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.06105 / R_pim(I) all: 0.01889 / R_rim(I) all: 0.06393 / Net I/σ(I): 21.85
反射シェル	解像度: 1.801→1.865 Å / 冗長度: 11.6 % / R_merge(I) obs: 0.6814 / Mean I/σ(I) obs: 2.69 / Num. unique obs: 3185 / CC_1/2: 0.896 / R_pim(I) all: 0.2081 / R_rim(I) all: 0.7127 / % possible all: 99.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	v Jan 26, 2018	データ削減
autoPROC	1.1.7	データスケーリング
PHASER	1.13-2998	位相決定
PHENIX	1.13-2998	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FNU

5fnu

解像度: 1.801→52.01 Å / SU ML: 0.1593 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 19.4066 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1876	1694	5.28 %	Random
R_work	0.1666	30405	-	-
obs	0.1676	32099	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.76 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.801→52.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2213	0	47	126	2386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	2324
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.837	3164
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	329
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	415
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.6564	1349

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.801-1.85	0.2843	121	0.2258	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
1.85-1.91	0.2344	141	0.2097	2515	X-RAY DIFFRACTION	99.92
1.91-1.98	0.2192	152	0.1916	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
1.98-2.06	0.1971	132	0.1739	2516	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.16	0.2071	161	0.181	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
2.16-2.27	0.1932	147	0.1704	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.41	0.2211	139	0.1762	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.41-2.6	0.1943	138	0.1804	2517	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.86	0.2067	163	0.173	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.86-3.27	0.1807	120	0.1825	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-4.12	0.1846	133	0.1586	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
4.12-52.01	0.1569	147	0.1409	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.69287152173	-1.32839702933	-0.197956232244	2.37219756332	-0.456004576808	3.51952583674	-0.196626589473	-0.0568421515576	-0.411229715082	-0.045138382525	0.0079655281066	0.243267541694	0.122876327605	-0.0124797962118	0.157314423513	0.250350929407	-0.00585784433073	0.0299615277251	0.308288978172	0.0373269681141	0.342613694023	1.96726402047	-47.8660026939	7.29676270713
2	1.89951282595	-0.222837986856	-0.216927893279	0.996853675777	-0.373051925913	0.940366051737	-0.0363019646263	-0.471526650229	-0.459065744698	0.197631639842	-0.0584548313325	0.124239814357	-0.029350660746	0.0755140951629	0.101668368152	0.273990183634	0.000393555496687	0.0185483082969	0.402240563575	0.0450290533745	0.341737582766	4.75135684387	-43.9636346888	12.0803867076
3	1.62838532719	-0.953088419908	-0.109206064281	2.50960199557	-1.38870020802	4.08485095381	0.0389174414064	-0.323463976221	-0.262477974038	0.118125355872	0.0665072600677	0.54418886235	0.00503816831512	-0.394588135266	-0.162117954009	0.250685809621	-0.0110690649475	0.0143932507741	0.392429075144	-0.00540935636588	0.361989731394	-3.70464271828	-38.5645790798	8.73634666711
4	2.76511044154	0.107403020894	-0.102326917535	1.63108114387	-0.577241341186	0.854570216701	0.00568507888516	0.0847301584148	0.309071095458	-0.0215621568946	0.0473017801898	0.118887118504	-0.221884825374	-0.019749908048	-0.0416156254244	0.257435807873	0.00382977585921	-0.0272462744263	0.26612239172	-0.0324049474888	0.26308603867	6.49564079487	-28.2706895338	-0.176288899833
5	2.26637437013	-0.713838462681	0.18772677105	2.05570004126	0.908362408798	2.77190503234	-0.0288576220323	0.524301984963	0.350561716797	-0.458509836457	-0.0332219861182	-0.0480545464174	-0.172876829657	0.00691623131909	0.0627518634748	0.308550089693	-0.00117725295704	-0.0308666611894	0.355425267837	0.0316273349713	0.263967309375	14.1024975317	-27.8688028454	-8.92652071028
6	2.29479582101	-0.476932904266	-0.640138274476	2.51937367997	-0.165086984154	0.879148013854	0.0305847689845	0.396299866833	-0.154468719484	-0.217710920426	-0.02380599448	-0.156237775293	-0.0289118199092	0.0831450672647	0.00528997796861	0.273995525553	-0.00823245001757	0.0188154402711	0.36531933613	-0.0629194219767	0.228914272639	20.6386645847	-40.7902046514	-7.31720255557
7	3.80479353486	0.664430589498	0.681407403679	2.22943121665	1.06125835322	4.43009091267	0.0222972257814	-0.108469491648	-0.614205339226	0.101722365088	0.0158351143289	-0.183442796963	0.211054457987	0.106538045833	-0.0442392295215	0.258373196965	0.018769891195	-0.00792401725469	0.266700785983	-0.0205075964576	0.312093755082	16.6928915693	-48.8648902654	1.78525052774
8	1.61928159754	0.42359490923	-1.29724548303	1.6358431195	-0.671686684547	1.10672125051	-0.141863165527	-0.0468554396647	-1.15065807316	-0.0481144018582	0.047407707238	-0.0457377674545	0.162761702927	0.0613339987915	0.107539608171	0.267707653043	-0.000126647027428	0.0250736857251	0.29068285039	-0.089944661438	0.446442235353	15.085687431	-52.9128555932	-0.534693497123
9	2.54732658587	0.235532590465	-0.442882959548	1.27392464369	-0.331810748774	0.149506413951	-0.105684834138	-0.332117656151	-0.567603178641	0.406227828446	-0.0109196129049	0.0216049992514	0.12027352014	0.0410707545598	0.0995085133649	0.3358443455	0.011764426008	-0.0236475302515	0.338170131347	0.056354316786	0.388694066456	11.0442832316	-50.1025898555	8.11176584361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 325 through 341 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 342 through 377 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 378 through 406 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 407 through 475 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 476 through 500 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 501 through 547 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 548 through 569 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 570 through 589 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 590 through 612 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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