PDB-5wiy: Kelch domain of human Keap1 bound to small molecule inhibitor fra...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wiy

タイトル

Kelch domain of human Keap1 bound to small molecule inhibitor fragment: 4-amino-1,7-dihydro-6H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-6-thione

要素

Kelch-like ECH-associated protein 1

キーワード

TRANSCRIPTION/INHIBITOR / Scaffold / Inhibitor / Fragment / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of epidermal cell differentiation / negative regulation of response to oxidative stress / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Cul3-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / centriolar satellite / cellular response to interleukin-4 / inclusion body / regulation of autophagy / actin filament ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Carolan, J.P. / Lynch, A.J. / Allen, K.N.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Interaction Energetics and Druggability of the Protein-Protein Interaction between Kelch-like ECH-Associated Protein 1 (KEAP1) and Nuclear Factor Erythroid 2 Like 2 (Nrf2).
著者: Zhong, M. / Lynch, A. / Muellers, S.N. / Jehle, S. / Luo, L. / Hall, D.R. / Iwase, R. / Carolan, J.P. / Egbert, M. / Wakefield, A. / Streu, K. / Harvey, C.M. / Ortet, P.C. / Kozakov, D. / ...

履歴

登録	2017年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年4月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wiy.cif.gz	237.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wiy.ent.gz	191.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wiy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5wiy_validation.pdf.gz	731.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wiy_full_validation.pdf.gz	740.4 KB	表示
XML形式データ	5wiy_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	5wiy_validation.cif.gz	30.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/5wiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/5wiy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wflSC 5wfvC 5wg1C 5whlC 5whoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7k2h-2 7k2l-2 7k2b-2 7k2g-2 7k2c-1 4zy3-2 1zgk-d 7k2i-1 7k2e-1 6uf0-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #218 - 2018年2月 EPSP合成酵素と除草剤 (EPSP Synthase and Weedkillers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

74.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kelch-like ECH-associated protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kelch-like ECH-associated protein 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.040, 69.180, 78.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.83, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Kelch-like ECH-associated protein 1 / Cytosolic inhibitor of Nrf2 / INrf2 / Kelch-like protein 19 分子量: 36899.176 Da / 分子数: 2 / 変異: E540A, E542A, C613S / 由来タイプ: 組換発現詳細: His-tagged variant including mutations for altered crystallographic packing 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KEAP1, INRF2, KIAA0132, KLHL19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14145
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-1XM / 4-amino-1,7-dihydro-6H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidine-6-thione / 4-アミノ-1H-ピラゾロ[3,4-d]ピリミジン-6-チオ-ル分子量: 167.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.4 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.2 - 1.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH = 6.0 - 6.5 PH範囲: 6.0 - 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Nitrogen stream
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月21日詳細: 12 V servo motors utilizing a CAMAC-based E500 stepper controller
放射	モノクロメーター: Double crystals monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.23→51.93 Å / Num. obs: 37651 / % possible obs: 99.41 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.909 / R_merge(I) obs: 0.8581 / Net I/σ(I): 28.5
反射シェル	解像度: 2.23→2.31 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 2.115 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique obs: 3724 / CC_1/2: 0.225 / % possible all: 98.37

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WFL

5wfl

解像度: 2.23→51.926 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2387	1990	5.31 %	Random selection
R_work	0.1961	-	-	-
obs	0.1983	37445	99.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→51.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4396	0	26	41	4463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4527
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.934	6168
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.919	2605
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	656
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	810

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2301-2.2859	0.3417	136	0.3238	2476	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2859-2.3477	0.3357	142	0.2893	2505	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3477-2.4167	0.3007	139	0.2787	2510	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4167-2.4947	0.312	144	0.2835	2521	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4947-2.5839	0.3026	129	0.2621	2509	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5839-2.6874	0.2981	151	0.2443	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6874-2.8097	0.2987	139	0.2249	2538	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8097-2.9578	0.2428	137	0.2139	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9578-3.1431	0.2943	147	0.2174	2544	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1431-3.3857	0.2365	140	0.1957	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3857-3.7263	0.1962	149	0.1803	2534	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7263-4.2653	0.2008	142	0.147	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2653-5.373	0.1643	144	0.131	2536	X-RAY DIFFRACTION	99
5.373-51.9397	0.2413	151	0.1854	2635	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.372	0.1662	0.6835	1.1913	0.9631	1.9423	-0.0149	-1.7108	1.4855	0.1021	0.2185	-0.5898	-0.4123	0.9944	-0.4014	0.4287	-0.1429	-0.0921	1.4419	-0.5968	0.7104	449.4719	76.2782	126.5742
2	0.7751	-0.2498	1.612	2.14	-0.1706	3.5162	-0.3752	-2.3706	-0.2816	0.5421	0.6845	-0.6076	0.4818	0.5626	-0.2701	0.3707	0.1542	-0.0901	1.1643	0.0222	0.5362	447.7617	64.7039	126.6357
3	1.3803	0.7205	0.668	3.3304	-0.4329	1.1425	-0.5643	-1.6559	-0.3065	0.2028	0.1616	-0.4597	0.5453	0.6715	0.174	0.3818	0.2879	-0.0203	1.1874	-0.0258	0.5197	449.9872	62.6762	122.1354
4	5.6476	-1.6333	-2.4523	4.107	0.4968	2.0361	-0.9039	-1.2438	-1.1507	0.5701	0.29	-0.2322	0.6642	0.4879	0.3243	0.4486	0.1789	0.1141	0.5864	0.1888	0.5454	431.1994	58.4133	126.1208
5	4.199	-0.0419	-1.7732	2.7403	1.0116	1.7918	0.4675	-1.0908	1.1106	0.2708	0.1364	-0.2263	-0.6242	0.7765	-0.3304	0.459	-0.1075	0.0354	0.6535	-0.2676	0.5523	430.7953	79.1762	127.8544
6	2.1308	-1.5739	0.248	6.915	3.8435	2.891	0.1256	-2.3399	1.0834	-0.958	0.4135	-1.0029	-0.6382	0.9257	-0.0698	0.2322	-0.0598	-0.072	1.0505	-0.3681	0.6555	445.3753	75.32	125.2771
7	5.5867	-4.2228	-2.2959	8.6069	4.0722	3.3125	0.1128	-0.0362	-0.1368	0.0864	-0.155	-0.1423	0.0383	0.0171	0.0423	0.2411	-0.0274	-0.0461	0.1934	0.0449	0.272	435.1187	60.5335	175.189
8	3.533	-1.0726	0.5648	3.3527	0.441	1.5557	-0.0037	-0.2233	0.2202	0.2064	-0.0557	-0.1799	-0.0683	0.0003	0.058	0.2684	-0.0197	-0.0002	0.1799	-0.0181	0.2714	433.0964	74.4076	172.8618
9	5.2259	-0.0119	0.9335	3.8483	0.552	1.5261	0.0336	0.436	0.2678	-0.3753	-0.0857	-0.0854	-0.1819	0.0407	0.0433	0.2938	0.0108	-0.0015	0.2562	0.004	0.1906	425.6053	77.2684	159.5462
10	7.2475	2.0084	-1.5117	3.9516	0.3329	0.5574	-0.155	0.8636	-0.064	-0.5326	0.2248	-0.0965	-0.2312	-0.4461	-0.0784	0.3217	0.0401	-0.0573	0.2553	-0.0229	0.2079	416.3198	73.8291	155.0406
11	3.8742	0.0606	1.9061	4.0198	0.3404	4.1371	0.1087	0.4924	-0.4976	-0.6511	-0.0287	0.1651	0.1718	-0.027	-0.0554	0.333	0.0271	-0.0633	0.2388	-0.0713	0.2892	417.0304	59.4915	158.0509
12	6.6367	0.735	0.7084	6.1084	1.8864	5.097	0.3782	-0.2056	-0.54	-0.3561	-0.1723	0.0449	0.499	0.0672	-0.1494	0.3123	0.0223	-0.0751	0.1664	-0.0268	0.2461	425.7418	55.087	165.632
13	0.9917	-0.8363	-0.2615	3.4519	-0.1787	2.3384	0.1164	0.0858	-0.292	-0.1693	-0.1568	0.0807	0.2109	0.0099	0.0525	0.2387	0.0322	-0.025	0.1951	0.0029	0.3264	428.2422	55.3065	170.2272

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 326 through 354 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 355 through 377 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 378 through 406 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 407 through 499 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 500 through 596 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 597 through 609 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 325 through 354 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 355 through 416 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 417 through 475 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 476 through 500 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 501 through 547 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 548 through 569 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 570 through 613 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)