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- PDB-5yll: Structure of GH113 beta-1,4-mannanase complex with M6. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5yll
タイトルStructure of GH113 beta-1,4-mannanase complex with M6.
要素beta-1,4-mannanase
キーワードHYDROLASE / Complex
機能・相同性: / Glycoside Hydrolase Family 113 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 1,4-beta-xylanase
機能・相同性情報
生物種Amphibacillus xylanus NBRC 15112 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.81 Å
データ登録者Jiang, Z.Q. / You, X. / Yang, S.Q. / Huang, P. / Ma, J.W.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of a novel glycoside hydrolase family 113 beta-1,4-mannanase from Amphibacillus xylanus
著者: You, X. / Qin, Z. / Yan, Q. / Yang, S. / Li, Y. / Jiang, Z.
履歴
登録2017年10月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: beta-1,4-mannanase
A: beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4564
ポリマ－72,4472
非ポリマー1,0092
水13,259736
1
B: beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7282
ポリマ－36,2231
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area12560 Å2
手法PISA
2
A: beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7282
ポリマ－36,2231
非ポリマー5041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1000 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area12490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.602, 69.960, 186.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 beta-1,4-mannanase


分子量: 36223.473 Da / 分子数: 2 / 変異: E223A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amphibacillus xylanus NBRC 15112 (バクテリア)
株: NBRC 15112 / 遺伝子: AXY_22370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0J0N5
#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG4000, HEPES Na, 2-Propylalcohol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.81→32.75 Å / Num. obs: 68340 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 45.1
反射 シェル解像度: 1.81→1.88 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Mean I/σ(I) obs: 9.4 / Rsym value: 0.082 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.12精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXv1.12位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YLH

5ylh


解像度: 1.81→32.75 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2159 1999 2.92 %
Rwork0.1857 --
obs0.1868 68323 91 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.81→32.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5075 0 68 736 5879
LS精密化 シェル最高解像度: 1.81 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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