PDB-5z4t: Complex structure - AxMan113A-M3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5z4t

タイトル

Complex structure - AxMan113A-M3

要素

beta-1,4-mannanas

キーワード

HYDROLASE / Complex

機能・相同性

: / Glycoside Hydrolase Family 113 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta / 4beta-beta-mannobiose / 1,4-beta-xylanase

機能・相同性情報

生物種

Amphibacillus xylanus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Jiang, Z.Q. / You, X. / Yang, S.Q. / Huang, P. / Ma, J.W.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of a novel glycoside hydrolase family 113 beta-1,4-mannanase fromAmphibacillus xylanus
著者: You, X. / Qin, Z. / Yan, Q. / Yang, S. / Li, Y. / Jiang, Z.

履歴

登録	2018年1月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5z4t.cif.gz	163.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5z4t.ent.gz	125.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5z4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z4/5z4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ylhSC 5yliC 5ylkC 5yllC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ylh-1 5ylk-1 5yli-2 3iau-2 7bsr-d 6b4q-d 6a3d-d 5yll-2 4wdw-1 4wlg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: beta-1,4-mannanas

A: beta-1,4-mannanas

ヘテロ分子

73.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: beta-1,4-mannanas

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: beta-1,4-mannanas

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.095, 69.918, 186.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

beta-1,4-mannanas

分子量: 36223.473 Da / 分子数: 2 / 変異: E223A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Amphibacillus xylanus (strain ATCC 51415 / DSM 6626 / JCM 7361 / LMG 17667 / NBRC 15112 / Ep01) (バクテリア)
株: ATCC 51415 / DSM 6626 / JCM 7361 / LMG 17667 / NBRC 15112 / Ep01
遺伝子: AXY_22370 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K0J0N5

#2: 多糖

beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose / 4beta-beta-mannobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-mannobiose

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1035 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES sodium pH 7.5, 2-Propanol, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→32.92 Å / Num. obs: 91072 / % possible obs: 93 % / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.198 / R_sym value: 0.196 / Net I/σ(I): 6.8
反射シェル	解像度: 1.68→1.74 Å / Num. unique obs: 91702 / CC_1/2: 0.976 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev-2474	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	dev-2474	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5YLH

5ylh

解像度: 1.68→32.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2104	1914	2.19 %
R_work	0.1849	-	-
obs	0.1854	91065	93 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→32.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5089	0	46	1035	6170

LS精密化シェル

最高解像度: 1.68 Å

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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