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- PDB-3g0r: Complex of Mth0212 and an 8bp dsDNA with distorted ends -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g0r
タイトルComplex of Mth0212 and an 8bp dsDNA with distorted ends
要素
  • 5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3'
  • Exodeoxyribonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / protein-DNA complex / double-strand specific 3'-5' exonuclease / AP endonuclease / 2'-deoxyuridine endonuclease / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / phosphoric diester hydrolase activity / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / base-excision repair / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA uridine endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure Analysis of DNA Uridine Endonuclease Mth212 Bound to DNA
著者: Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ciirdaeva, E. / Schomacher, L. / Ficner, R.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: The Methanothermobacter thermautotrophicus ExoIII homologue Mth212 is a DNA uridine endonuclease
著者: Georg, J. / Schomacher, L. / Chong, J.P.J. / Majernik, A.I. / Raabe, M. / Urlaub, H. / Muller, S. / Ciirdaeva, E. / Kramer, W. / Fritz, H.-J.
履歴
登録2009年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月12日Group: Derived calculations
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease
B: Exodeoxyribonuclease
G: 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3'
K: 5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,92321
ポリマ－70,1894
非ポリマー1,73417
水5,495305
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area22850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.751, 80.760, 105.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease / Mth0212


分子量: 31429.666 Da / 分子数: 2 / 変異: T2A, D151N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
株: Delta H (DSM 1053) / 遺伝子: mth0212, MTH212, MTH_212 / プラスミド: pET_B_001-mth212 (D151N) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O26314, exodeoxyribonuclease III

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DNA鎖 , 2種, 2分子 GK

#2: DNA鎖 5'-D(*GP*CP*TP*GP*CP*GP*CP*AP*GP*GP*GP*CP*G)-3'


分子量: 4033.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*CP*TP*GP*UP*GP*CP*AP*GP*C)-3'


分子量: 3296.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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非ポリマー , 4種, 322分子

#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 305 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細THE 2ND DC IN CHAIN K STANDS FOR THE MODIFIED NUCLEOTIDE 5- BROMO-2'DC. SINCE THERE WAS NO HINT FOR ...THE 2ND DC IN CHAIN K STANDS FOR THE MODIFIED NUCLEOTIDE 5- BROMO-2'DC. SINCE THERE WAS NO HINT FOR A BROMO ATOM AT THE APPROPRIATE POSITION IN THE ELECTRON DENSITY, THE DEPOSITOR REFINED THE RESIDUE JUST AS DC. REASONS FOR THE ABSENCE MIGHT EITHER BE AN INEFFICIENT INCORPORATION OF THE MODIFIED NUCLEOTIDES DURING DNA SYNTHESIS, A BREAK OF THE BOND BETWEEN THE APPROPRIATE C5 RING OF RESIDUE 2 IN CHAIN G AND THE BROMO ATOM CAUSED BY HEATING OR LIGHT DURING THE ANNEALING PROCEDURE OR CRYSTALLIZATION. ANOTHER EXPLANATION FOR THE ABSENCE OF THE BROMO LABEL MIGHT BE RADIATION DAMAGE DURING DATA COLLECTION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: reservoir: 189mM KCl, 9.5mM MgCl2, 4.7% (w/v) PEG 8000, 47mM MES/NaOH pH 5.6, 2.1% 1,4-butanediol, 2mM DTT; protein solution: 234mM NaCl, 7mM KHEPES pH 7.6, 1.83mM MgCl2, 2.7mM DTT, VAPOR ...詳細: reservoir: 189mM KCl, 9.5mM MgCl2, 4.7% (w/v) PEG 8000, 47mM MES/NaOH pH 5.6, 2.1% 1,4-butanediol, 2mM DTT; protein solution: 234mM NaCl, 7mM KHEPES pH 7.6, 1.83mM MgCl2, 2.7mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl11
2KHEPES11
3MgCl211
4DTT11
5H2O11
6KCL12
7MgCl212
8PEG 800012
9MES/NaOH12
101,4-butanediol12
11DTT12
12H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.97623 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 27308 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 4.7 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 72.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FZI

3fzi


解像度: 2.4→44.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.226 / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.824 / SU B: 7.338 / SU ML: 0.174 / SU R Cruickshank DPI: 0.427 / SU Rfree: 0.271 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24286 1391 5.1 %RANDOM
Rwork0.17782 ---
obs0.1811 27293 92.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.56 Å2 / Biso mean: 27.829 Å2 / Biso min: 4.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å20 Å21.12 Å2
2---0.83 Å20 Å2
3---1.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4252 423 113 305 5093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224936
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5862.0736706
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2015507
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.67522.75240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.10215758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.711546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2667
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023641
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22358
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23189
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2374
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6981.52529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32824078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78832592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.844.52628
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.399→2.461 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.343 68 -
Rwork0.197 1482 -
obs--70.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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