PDB-3eky: Crystal Structure of wild-type HIV protease in complex with the i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eky

タイトル

Crystal Structure of wild-type HIV protease in complex with the inhibitor, Atazanavir

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / HIV protease / protease inhibitors / drug resistance / Atazanavir / AIDS / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
著者: King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Bandaranayake, R.M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Ozen, A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2008年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.3	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.6	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eky.cif.gz	59.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eky.ent.gz	43.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eky.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3eky ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3eky	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ekpC 3ekqC 3ektC 3ekvC 3ekwC 3ekxC 3el0C 3el1C 3el4C 3el5C 3el9C 1f7aS 3em3 3em4 3em6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2fgv-d 3el5-d 3s54-d 1b6l-d 1z1h-d 1k6t-d 1ajx-d 3ucb-d 1upj-1 5coo-d 5jfp-d 1kzk-d 1ivq-d 1npw-d 2qi5-d 3gga-3 3oxc-d 5yrs-d 3nxn-d 2bpx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.862, 58.099, 61.999
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 491-589 / 変異: Q7K,V64I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-DR7 / (3S,8S,9S,12S)-3,12-BIS(1,1-DIMETHYLETHYL)-8-HYDROXY-4,11-DIOXO-9-(PHENYLMETHYL)-6-[[4-(2-PYRIDINYL)PHENYL]METHYL]-2,5, 6,10,13-PENTAAZATETRADECANEDIOIC ACID DIMETHYL ESTER / ATAZANAVIR / METHYL [(1S,4S,5S,10S)-4-BENZYL-1,10-DI-TERT-BUTYL-5-HYDROXY-2,9,12-TRIOXO-7-(4-PYRIDIN-2-YLBENZYL)-13-OXA-3,7,8,11-TETRAAZATET RADEC-1-YL]CARBAMATE / アタザナビル分子量: 704.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₅₂N₆O₇ / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.91 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Yale mirrors
放射	モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 16904 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 8.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a

解像度: 1.8→42.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 4.906 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20857	861	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17566	-	-	-
obs	0.17739	16003	95.65 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.92 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1502	0	71	201	1774

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1550
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.179	2.033	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.704	3	3596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.896	5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.034	24.815	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.552	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.01	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	211
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	740
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.077	0.2	984
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.281	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.163	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.138	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.431	1.5	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.101	1.5	416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.596	2	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.026	3	675
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.53	4.5	592

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	70	-
R_work	0.206	1158	-
obs	-	-	96.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2894	-0.6437	-0.3803	1.9505	0.5969	4.4295	-0.0538	0.0066	-0.1159	0.0968	0.0439	0.0827	0.2217	-0.0603	0.0099	-0.0683	0.0014	0.0122	-0.1059	0.0105	-0.0556	19.858	17.8513	23.4417
2	0.5128	0.0842	0.466	3.8872	0.1793	1.8766	-0.0495	-0.0656	0.0259	0.0957	-0.0268	-0.0109	-0.0871	-0.0928	0.0763	-0.0602	0.0242	-0.0025	-0.0564	-0.0207	-0.0902	21.4633	26.1956	29.2668
3	4.8919	2.7462	1.1901	3.0238	1.1433	1.2569	-0.0362	0.0659	-0.0663	-0.0865	0.0283	0.0359	-0.0342	0.1018	0.0079	-0.0835	0.0108	-0.0078	-0.0608	0.0206	-0.0753	12.7643	26.7504	18.6597
4	4.6457	3.1569	0.9947	4.4722	1.8413	1.4944	-0.0086	0.0573	0.0689	0.0169	0.0068	0.0881	-0.0484	-0.0723	0.0018	-0.0869	0.0189	-0.0076	-0.096	0.0294	-0.0696	27.9565	28.2397	18.7934
5	18.9573	-4.7085	-3.084	5.726	2.063	1.0928	-0.1087	-0.2715	-0.2247	-0.1143	0.0173	0.3826	-0.0521	-0.2552	0.0913	-0.0968	-0.0103	-0.0222	-0.0318	0.0005	-0.0742	1.6678	21.2408	19.4203
6	4.8113	1.0559	-3.4453	2.911	-1.499	3.3587	-0.0889	-0.262	0.0603	-0.0783	-0.0827	-0.2564	0.0693	0.3102	0.1716	-0.0803	-0.0009	-0.0321	-0.0585	0.0237	-0.0193	39.4251	30.7131	23.4711
7	6.3001	-0.7165	-0.5838	4.8571	1.1516	3.6485	-0.0136	-0.0041	-0.0542	0.0938	-0.0345	0.3443	0.0707	-0.1199	0.0481	-0.1241	-0.0194	0	-0.0553	0.0413	-0.0685	0.6316	34.2623	13.7629
8	5.716	-0.3263	-0.858	1.0106	1.55	4.9148	-0.0237	0.2133	0.1903	0.0063	-0.0156	-0.2084	0.0364	0.33	0.0393	-0.1106	0.0185	0.0076	-0.0313	0.0605	-0.0445	39.7016	30.3342	9.4362
9	8.2741	-0.1307	-2.3435	1.7327	-1.0097	2.4229	-0.0115	0.1959	-0.1161	-0.0316	-0.0269	0.0603	0.0777	-0.005	0.0384	-0.0777	0.0175	0.0074	-0.0877	0.0084	-0.0509	12.6215	39.0648	11.2859
10	5.1208	-1.9101	0.0499	1.0996	-0.672	1.8528	-0.0648	0.0361	0.0506	0.0444	0.0253	0.0184	0.0046	0.0771	0.0394	-0.0627	0.0216	0.0152	-0.0657	0.0084	-0.0688	27.0836	30.7631	4.5506
11	3.3568	-3.6375	2.5472	4.4507	-1.1549	6.9965	0.1986	0.3215	0.1425	-0.1418	-0.1766	-0.0895	0.2505	0.2051	-0.022	-0.0862	-0.0124	0.0132	-0.0531	0.0212	-0.0559	10.3462	28.9746	12.7385
12	3.0978	2.3177	-0.2728	5.6823	-0.6092	3.3123	0.0852	-0.0673	0.3634	0.0223	0.0404	0.4746	-0.1599	-0.0325	-0.1256	-0.0688	0.0011	-0.0038	-0.0925	0.0244	-0.0316	29.6894	32.7887	14.3447
13	4.7529	-0.4019	-3.6331	4.328	-3.4485	6.0621	-0.1344	-0.1148	-0.1503	0.2123	0.246	0.3027	0.0162	-0.1586	-0.1115	-0.0517	0.0101	-0.0133	-0.0193	-0.0046	-0.0592	12.1298	29.0037	27.1178
14	5.8361	-1.8259	2.258	0.6882	-0.1243	3.7711	-0.0818	0.1159	-0.0052	0.0062	0.0774	0.0534	0.0297	0.0635	0.0044	-0.0702	-0.0073	-0.0059	-0.0648	-0.0029	-0.0498	29.0954	19.616	19.7433
15	3.0203	4.5002	-6.3405	7.8132	-7.7955	15.7724	0.2244	-0.2023	0.4237	0.1558	0.1508	0.2796	-0.42	-0.0395	-0.3752	-0.1187	0.031	0.0025	-0.0571	0.0478	0.0488	1.4382	36.3928	21.1021
16	2.1289	-4.464	4.2486	9.3744	-8.4825	21.6744	0.3769	0.3948	-0.1405	-0.0216	-0.5189	0.1213	0.4356	0.5383	0.142	-0.1301	-0.0114	0.0078	-0.0004	0.0334	-0.0317	39.116	22.8876	10.2778
17	19.328	-20.4388	6.2922	33.8255	-6.0943	2.0741	0.347	0.5947	-0.1758	-0.2569	-0.4238	0.0666	0.1261	0.2816	0.0768	-0.0377	0.0134	0.0087	-0.0205	0.018	-0.1321	3.7162	23.6745	24.7927
18	10.6622	-1.2266	-8.0462	1.5835	3.5583	17.7933	0.0822	0.1218	0.3362	0.2538	0.0316	-0.1879	-0.327	-0.1045	-0.1138	-0.0848	-0.0068	-0.0106	-0.1206	0.0087	-0.0318	37.5105	24.2812	23.6439
19	2.1552	1.3827	-2.2123	3.5197	-1.9303	2.3701	0.0279	0.076	0.0541	0.0165	0.1538	0.4245	0.0891	-0.0316	-0.1817	-0.0531	-0.0059	-0.0232	-0.0451	0.0182	-0.0533	4.4762	29.7229	25.1099
20	2.2763	-1.8016	-0.3345	2.3835	1.6281	1.9904	0.0761	-0.0175	0.0174	-0.0554	-0.0512	-0.0776	0.4662	0.3063	-0.0249	-0.0895	-0.0468	-0.0097	-0.0572	0.0096	-0.063	36.5943	21.6443	18.0526
21	8.0048	-12.9789	-9.5333	24.5379	17.3031	18.4333	-0.0879	-0.1804	0.0827	-0.0665	0.0294	-0.1556	-0.2747	0.4849	0.0586	-0.1278	-0.0076	-0.0223	-0.0714	0.0398	-0.04	20.2427	31.4525	14.2111

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	A	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	A	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	A	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	A	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	A	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	57 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	A	57 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	A	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	A	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	1 - 100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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