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- PDB-3el9: Crystal structure of atazanavir (ATV) in complex with a multidrug... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3el9 | ||||||
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Title | Crystal structure of atazanavir (ATV) in complex with a multidrug HIV-1 protease (V82T/I84V) | ||||||
![]() | Protease | ||||||
![]() | HYDROLASE / drug resistance / entropy enthalpy compensation / hiv protease / atazanavir / AIDS | ||||||
Function / homology | ![]() HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / symbiont-mediated suppression of host gene expression / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / Transferases; Transferring phosphorus-containing groups; Nucleotidyltransferases / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / Hydrolases; Acting on ester bonds / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() | ||||||
![]() | Prabu-Jeyabalan, M. / King, N. / Schiffer, C. | ||||||
![]() | ![]() Title: Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease. Authors: King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Bandaranayake, R.M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Ozen, A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 56.8 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 42.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ekpC ![]() 3ekqC ![]() 3ektC ![]() 3ekvC ![]() 3ekwC ![]() 3ekxC ![]() 3ekyC ![]() 3el0C ![]() 3el1C ![]() 3el4C ![]() 3el5C ![]() 1f7aS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 10789.709 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 484-582 / Mutation: Q7K, V82T, I84V Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-DR7 / ( | #3: Chemical | ChemComp-ACT / | #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.11 Å3/Da / Density % sol: 41.76 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / pH: 6.2 Details: pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 140 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Feb 7, 2006 / Details: YALE MIRRORS |
Radiation | Monochromator: YALE MIRRORS / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.6→40 Å / Num. obs: 23108 / % possible obs: 93.6 % / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 19.415 |
Reflection shell | Resolution: 1.6→1.66 Å / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.706 / % possible all: 90.3 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Starting model: 1F7A Resolution: 1.6→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 3.896 / SU ML: 0.075 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.1 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.86 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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