PDB-3ekq: Crystal structure of inhibitor saquinavir (SQV) in complex with m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ekq

タイトル

Crystal structure of inhibitor saquinavir (SQV) in complex with multi-drug resistant HIV-1 protease (L63P/V82T/I84V) (referred to as ACT in paper)

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease inhibitor / drug resistance / entropy enthalpy compensation / AIDS / Hydrolase-hydrolase inhibitor complex / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Prabu-Jeyabalan, M. / King, N.M. / Schiffer, C.A. / Nalivaika, E.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
著者: King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Bandaranayake, R.M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Ozen, A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2008年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.3	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.4	2013年2月27日	Group: Other
改定 1.5	2017年10月25日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.6	2021年10月20日	Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.7	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ekq.cif.gz	56.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ekq.ent.gz	40.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ekq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3ekq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3ekq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ekpC 3ektC 3ekvC 3ekwC 3ekxC 3ekyC 3el0C 3el1C 3el4C 3el5C 3el9C 1f7aS 3em3 3em4 3em6 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6opu-d 4q1x-d 3ekp-2 3ekv-d 1ec1-d 2fgu-d 2nxl-d 4qj7-2 3bgb-d 1mt8-d 4obh-2 3o9h-d 1izi-d 6kmp-d 2qi0-d 3ekx-d 3gi5-d 1daz-d 6ogq-1 2nxm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (3) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.164, 59.291, 61.389
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

One dimer (A & B identifiers) in one asymmetric unit

#1: タンパク質	Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10845.814 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 491-589 / 変異: Q7K, L10I, G48V, I54V, V64I, V82T / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-ROC / (2S)-N-[(2S,3R)-4-[(2S,3S,4aS,8aS)-3-(tert-butylcarbamoyl)-3,4,4a,5,6,7,8,8a-octahydro-1H-isoquinolin-2-yl]-3-hydroxy-1 -phenyl-butan-2-yl]-2-(quinolin-2-ylcarbonylamino)butanediamide / Fortovase / SAQUINAVIR / RO 31-8959 / サキナビルタイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 670.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₅₀N₆O₅ / 参照: Saquinavir / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THE INHIBITOR ROC IS A HYDROXYETHYLAMINE CONTAINING TRANSITION STATE MIMETIC.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 300 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年1月28日 / 詳細: Yale Mirrors
放射	モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→42 Å / Num. all: 12975 / Num. obs: 12975 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a

解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 9.298 / SU ML: 0.182 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.334 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.246	467	4.8 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.197	9751	98.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 56.39 Å² / B_iso mean: 34.606 Å² / B_iso min: 17.31 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.14 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1477	0	59	74	1610

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1523
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.273	2.015	2170
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.714	3	3527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.953	5	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.441	25.098	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.593	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.06	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1723
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	285
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	1478
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	719
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	888
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.147	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.072	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.063	1.5	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.124	1.5	414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.022	2	1610
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.66	3	704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.212	4.5	560

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.362	30	-
R_work	0.226	594	-
all	-	624	-
obs	-	-	88.01 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.275	2.7027	0.0999	7.5149	0.0582	0.4083	-0.1426	0.4732	0.4162	-0.6332	0.1385	0.2435	-0.0172	-0.25	0.0041	0.0031	-0.0802	-0.0645	0.0052	0.0314	-0.0972	20.2272	8.9636	2.5108
2	12.2035	-3.3844	-1.716	1.9351	0.0026	0.4661	-0.3962	-0.5679	0.2745	0.0146	0.4136	-0.239	0.1819	0.0818	-0.0174	-0.0144	-0.0178	0.0087	-0.0315	-0.0242	-0.0329	28.6078	9.4922	12.1298
3	5.6208	3.995	0.4607	4.9133	-0.6287	0.4786	-0.404	0.7706	-0.2739	-0.1703	0.0743	0.5712	0.6178	-0.3841	0.3297	-0.0746	-0.0544	-0.0396	0.0677	-0.0622	-0.0914	11.968	-0.3245	4.8674
4	29.3749	10.6233	6.4842	11.8391	1.7662	1.4732	0.4616	-1.2747	0.0634	0.7436	-0.5552	0.3759	0.2606	-0.4565	0.0936	-0.0306	-0.022	0.022	-0.0166	-0.0111	-0.1221	25.8005	-1.0047	26.3472
5	5.9051	2.5366	1.1991	5.9736	1.4423	1.515	0.1515	-0.1992	-0.0003	0.5143	0.0201	0.566	0.1758	0.1678	-0.1716	-0.1038	-0.0132	-0.0092	-0.0995	0.0165	0.0997	15.2521	-10.5785	19.498
6	3.0926	-1.5678	0.4809	3.572	-0.0234	0.0923	0.0157	-0.1459	-0.0576	-0.1341	-0.1082	0.0422	0.4332	-0.0342	0.0925	-0.0365	-0.0016	-0.007	-0.0468	0.011	0.0199	29.8621	-3.7834	16.4627
7	6.873	-2.5731	1.0216	13.0735	3.1754	1.1971	0.2038	-0.7587	-0.3951	1.7455	0.0516	0.82	-0.7089	0.1804	-0.2554	0.0227	-0.0725	0.0208	-0.0329	0.0838	0.0325	10.5478	0.0829	18.9099
8	7.1636	-0.2318	-0.6286	5.1256	-1.0033	0.2599	0.0024	-0.1041	-0.1785	0.0514	-0.022	0.2198	-0.0443	0.1894	0.0196	-0.0681	-0.0066	-0.0096	-0.0146	-0.0215	0.02	25.1494	4.2495	13.2486
9	10.0186	-2.4333	1.1927	5.1849	-0.4274	0.1461	-0.2772	-0.054	-0.1564	-0.2057	-0.0564	-0.0484	0.0836	-0.0302	0.3336	-0.0442	0.0104	-0.0115	-0.0238	-0.0614	-0.0551	15.3081	0.4111	10.2496
10	20.5527	-3.1504	-0.2268	13.4555	-2.1177	0.3596	-0.2209	-0.9087	-0.7591	0.4887	0.467	0.8363	-0.5022	0.353	-0.2461	0.0603	-0.0297	-0.012	0.0664	0.0922	0.1203	19.8884	-0.5903	18.0082

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1 - 5
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	94 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	86 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	86 - 92
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	44 - 55
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	44 - 55
9	X-RAY DIFFRACTION	6	A	77 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	77 - 85
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	24 - 31
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	24 - 31
13	X-RAY DIFFRACTION	10	A	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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