PDB-3ekv: Crystal structure of the wild type HIV-1 protease with the inhibi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ekv

タイトル

Crystal structure of the wild type HIV-1 protease with the inhibitor, Amprenavir

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / protease inhibitor / drug resistance / amprenavir / HIV protease / AIDS / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Extreme Entropy-Enthalpy Compensation in a Drug-Resistant Variant of HIV-1 Protease.
著者: King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Bandaranayake, R.M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Ozen, A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2008年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2012年2月22日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2012年7月25日	Group: Database references
改定 1.4	2012年10月17日	Group: Database references
改定 1.5	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.6	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.7	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3ekv.ent.gz	42.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3ekv_validation.pdf.gz	798.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ekv_full_validation.pdf.gz	800.1 KB	表示
XML形式データ	3ekv_validation.xml.gz	11.3 KB	表示
CIF形式データ	3ekv_validation.cif.gz	15.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3ekv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/3ekv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3ekpC 3ekqC 3ektC 3ekwC 3ekxC 3ekyC 3el0C 3el1C 3el4C 3el5C 3el9C 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ekx-d 4q1x-d 2psv-d 3bgc-d 3o9h-d 2nxl-d 2qi0-d 3o9b-d 1yth-d 1hpo-d 6dh7-d 3qbf-d 3ekq-d 6b3g-d 2qi7-d 3o9d-d 1mtb-d 3sa5-d 2qi4-d 6pji-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.723, 57.401, 61.741
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 491-589 / 変異: Q7K,V64I / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: HXB2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物	ChemComp-478 / {3-[(4-AMINO-BENZENESULFONYL)-ISOBUTYL-AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXY-PROPYL}-CARBAMIC ACID TETRAHYDRO-FURAN-3-YL ESTER / Amprenavir / アンプレナビル分子量: 505.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₃₅N₃O₆S / コメント: プロテアーゼ阻害剤, 薬剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Sodium Phosphate pH 6.2; 63mM sodium citrate; 24-29% ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: Yale mirrors
放射	モノクロメーター: yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 14987 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.029 / R_sym value: 0.029 / Net I/σ(I): 19

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A

1f7a

解像度: 1.75→39.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 5.937 / SU ML: 0.094 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2261	756	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18979	-	-	-
all	0.19	-	-	-
obs	0.19	14213	79.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.564 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→39.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1490	0	51	124	1665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1563
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.414	2.013	2196
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.753	3	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.682	5	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.17	24.909	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.624	15	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.365	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	292
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.184	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	754
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.129	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.163	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.297	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.775	1.5	1319
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.18	1.5	422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.917	2	1650
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.568	3	662
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.186	4.5	546
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	56	-
R_work	0.226	1016	-
obs	-	-	78.59 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6825	-2.1654	1.1787	3.0454	-0.2301	4.7632	-0.0654	-0.0606	-0.3764	0.1267	0.1881	0.2649	0.1478	-0.1989	-0.1227	-0.0195	0.0011	0.0339	-0.1456	0.048	-0.0462	19.743	17.767	23.537
2	4.1486	0.5344	0.0927	3.8898	0.8968	2.7193	-0.1069	-0.2716	0.0607	0.2926	0.0529	0.0242	-0.1116	-0.0163	0.054	-0.0028	0.0485	0.0134	-0.072	-0.0073	-0.1138	21.103	25.769	29.329
3	4.4531	-0.4778	0.0247	5.7924	-1.5921	0.5416	0.0158	-0.0277	-0.0935	-0.2026	0.1893	0.2036	-0.0838	-0.0299	-0.2051	-0.008	-0.003	0.002	-0.0999	0.0107	-0.0677	12.67	26.587	18.67
4	3.9825	2.6648	-0.8648	4.8226	-1.6716	2.5421	-0.0844	-0.0635	-0.1262	0.0721	0.0247	-0.1333	-0.0641	-0.0051	0.0597	-0.0278	0.0286	-0.013	-0.1097	0.0094	-0.0376	27.665	28.15	19.002
5	4.9909	-4.6128	-0.7488	10.192	-1.3805	12.3876	0.3834	0.167	-0.9713	-0.1517	0.1951	1.0006	-0.0722	-1.2143	-0.5786	-0.0771	-0.0159	0.0036	0.0356	0.0524	0.079	1.667	21.339	18.646
6	15.2444	3.8418	-7.6982	11.6593	-3.1957	12.1286	-0.2053	-0.8391	-0.4141	0.3045	-0.5794	-1.7822	-0.029	0.8642	0.7847	-0.083	-0.0088	-0.1019	-0.0862	0.1858	0.2128	39.054	30.244	23.997
7	4.9761	-0.3447	-0.6814	4.827	3.8392	7.1915	0.0321	0.1536	-0.0535	0.0145	0.1166	0.2754	0.2253	-0.5435	-0.1488	-0.0856	-0.0141	0.0108	-0.0631	0.0898	-0.0603	0.512	33.913	13.721
8	11.3043	-1.35	0.9902	4.3327	2.2726	5.4892	0.2047	0.2137	0.0251	0.0232	-0.1971	-0.2764	-0.1127	0.4116	-0.0076	-0.0578	0.0017	0.0289	-0.1059	0.0978	-0.06	39.591	30.104	9.774
9	12.8257	-3.3108	-3.9392	3.6307	0.4553	3.8107	0.1435	-0.1169	0.2327	-0.032	0.0766	0.0058	0.0393	0.0873	-0.2201	-0.0192	-0.0086	0.001	-0.0616	0.0096	-0.0562	12.677	38.891	11.578
10	14.3259	-1.7681	-4.0364	0.8642	-0.5229	4.3009	0.0402	0.1685	-0.3234	-0.1038	-0.0542	0.1344	-0.1864	-0.0041	0.014	-0.0026	0.0121	0.0083	-0.1049	-0.0241	-0.0295	27.248	30.09	5.004
11	6.4469	-5.474	4.4748	4.713	-3.3398	6.3586	0.4298	0.4646	-0.1997	-0.321	-0.3528	0.3203	0.3876	0.1898	-0.0771	-0.0131	-0.0042	-0.0142	-0.1119	0.0144	-0.0347	10.435	28.974	12.771
12	1.2287	0.917	-1.9119	0.8779	-0.6229	6.3144	0.0387	0.1355	0.2031	-0.1701	0.0319	0.2823	-0.2494	-0.0055	-0.0705	-0.0071	-0.0151	-0.0111	-0.073	0.0424	-0.0052	29.331	32.761	14.761
13	6.7654	-0.5875	-7.0664	7.493	1.3201	7.4479	-0.429	-0.7035	-0.1315	0.1564	0.4263	0.049	0.0482	0.193	0.0027	-0.0138	0.0639	-0.0016	-0.0343	0.0395	-0.0756	11.782	28.546	27.126
14	0.8573	-1.2346	-1.0702	3.6805	0.0755	2.4649	-0.2141	0.036	-0.2867	-0.0851	0.0274	-0.1671	-0.0363	0.1554	0.1867	0.0029	-0.0148	0.0001	-0.0642	0.023	0.0104	28.917	19.448	19.731
15	15.2578	11.6801	-10.4631	12.2517	-5.4058	9.2232	0.1658	-0.0873	0.4388	0.7779	0.3574	0.7365	-0.838	-0.1537	-0.5232	-0.0827	0.0986	0.029	-0.0989	0.124	0.0401	1.464	36.216	21.271
16	0.1179	0.083	1.1059	15.4149	-11.2653	19.8172	0.1771	0.0655	-0.6861	-0.5921	-0.7863	-0.3952	0.2	0.8306	0.6092	-0.0897	0.0616	0.0634	-0.0643	0.0649	0.0266	39.099	23.007	10.592
17	48.7022	-35.2445	-0.3141	29.8508	5.3763	6.1197	-0.7612	0.4528	-0.4611	0.9078	0.5803	0.2159	0.2903	0.5678	0.181	-0.0402	0.0195	0.0412	0.0044	0.0907	-0.0712	3.388	23.304	24.462
18	16.1924	-3.7153	-11.7519	8.0414	6.3415	48.8324	0.0227	0.202	1.9595	0.3784	0.3574	-0.6661	0.1741	0.1085	-0.3801	-0.1019	-0.0522	-0.12	-0.2209	0.0874	0.1034	37.2	23.993	23.993
19	3.1917	5.75	-7.4078	10.3588	-13.3455	17.1932	0.0826	-0.2203	0.179	-0.3008	0.2217	0.4339	0.0798	0.2027	-0.3043	-0.0452	0.0452	-0.0199	-0.0288	0.063	-0.0073	4.781	30.042	24.502
20	1.1383	-2.1965	2.7801	6.9834	-6.5852	7.3328	-0.0093	0.2275	-0.1013	-0.1102	-0.2793	-0.4733	-0.2139	0.3144	0.2886	-0.0535	0.0191	0.0301	-0.0394	0.0497	0.0282	35.839	21.702	17.534
21	0.086	0.5278	-1.2401	12.2495	-5.9035	18.1978	0.2109	-0.3596	-0.2436	-0.1485	-0.2964	-0.1378	-0.2245	0.148	0.0854	-0.0509	0.0246	-0.0131	-0.0807	0.0199	-0.0372	19.757	30.087	14.25

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 20
10	X-RAY DIFFRACTION	6	A	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	A	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	A	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	A	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	A	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	57 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	A	57 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	A	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	A	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	21	A	200

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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