PDB-2qi7: Crystal structure of protease inhibitor, MIT-2-AD86 in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qi7

タイトル

Crystal structure of protease inhibitor, MIT-2-AD86 in complex with wild type HIV-1 protease

要素

Protease

キーワード

HYDROLASE / Drug design / HIV-1 protease / protease inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: HIV-1 protease inhibitors from inverse design in the substrate envelope exhibit subnanomolar binding to drug-resistant variants.
著者: Altman, M.D. / Ali, A. / Reddy, G.S. / Nalam, M.N. / Anjum, S.G. / Cao, H. / Chellappan, S. / Kairys, V. / Fernandes, M.X. / Gilson, M.K. / Schiffer, C.A. / Rana, T.M. / Tidor, B.

履歴

登録	2007年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2qi7.ent.gz	43.6 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2qi7_validation.pdf.gz	1020.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qi7_full_validation.pdf.gz	1022.6 KB	表示
XML形式データ	2qi7_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2qi7_validation.cif.gz	16.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qi7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qi/2qi7	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2qhyC 2qhzC 2qi0C 2qi1C 2qi3C 2qi4C 2qi5C 2qi6C 1f7aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3o9d-d 6d0e-d 2qci-d 1a8g-d 4obf-2 1d4k-d 1hpo-d 5ah9-d 2nxl-d 2psv-d 1fg6-d 2cej-d 3k4v-1 3ndt-2 6b3g-d 4cpr-d 1bdq-d 1a8k-1 6dh7-d 5yok-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protease

B: Protease

ヘテロ分子

22.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.798, 58.037, 61.758
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protease 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 株: SF2 / 遺伝子: pol / プラスミド: PXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP56 / 参照: UniProt: O38732, UniProt: P03369*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MZ9 / N-[(1S,2R)-1-BENZYL-2-HYDROXY-3-{[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL][(2S)-2-METHYLBUTYL]AMINO}PROPYL]-4-OXOHEXANAMIDE 分子量: 532.692 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₀N₂O₆S
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.1 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126 mM Sodium Phosphate, 63 mM sodium citrate, 24-29% ammonium sulphate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月1日 / 詳細: osmic mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 16171 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 5.8 / Net I/σ(I): 12.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 1F7A

1f7a

解像度: 1.85→42.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.578 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20339	810	5 %	RANDOM
R_work	0.17364	-	-	-
all	0.17517	15318	-	-
obs	0.17517	15318	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1498	0	59	143	1700

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1656
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1601
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.215	2.041	2255
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.685	3	3714
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.007	5	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.314	25	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.28	15	272
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.082	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.181	0.2	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	1627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.096	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.173	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.127	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.526	1.5	1074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.112	1.5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.726	2	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.09	3	702
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.66	4.5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	46	-
R_work	0.193	1103	-
obs	-	-	99.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6367	-0.8231	0.1466	5.2061	1.5935	2.9639	-0.1845	-0.3376	0.013	0.2686	0.1822	0.0158	-0.058	0.0373	0.0023	-0.0301	0.0544	0.0111	-0.0238	0.001	-0.1405	21.0389	25.7723	29.3182
2	3.8062	-2.1626	0.9936	3.0782	-0.1088	2.8453	-0.1443	-0.0681	-0.4463	0.134	0.2089	0.2969	0.1931	0.0332	-0.0646	-0.0472	0.0056	0.0423	-0.0884	0.0403	-0.0533	19.6871	17.6616	23.0722
3	3.3559	1.8592	0.0204	3.923	0.282	2.2086	-0.0576	-0.034	-0.0858	-0.02	0.0016	-0.1471	-0.1124	-0.0275	0.056	-0.053	0.0163	-0.0159	-0.066	0.0034	-0.0576	27.6364	28.4071	19.0758
4	5.0003	-0.3105	0.7371	5.6476	-0.5198	2.2318	0.0893	-0.0698	-0.1886	-0.1834	0.0228	0.1925	-0.0379	-0.1186	-0.1121	-0.0554	0.0146	0.0006	-0.0614	0.0127	-0.0681	12.6666	26.7275	18.5079
5	10.5252	0.5112	-2.3765	7.1965	2.4444	7.3979	-0.0522	-0.3907	-0.2261	0.1517	-0.0996	-0.8775	-0.053	0.5234	0.1518	-0.0849	-0.0033	-0.0793	-0.0892	0.0701	0.0498	38.8815	30.4413	24.0932
6	26.3548	-12.9428	-0.7281	9.7938	-0.7225	6.2348	0.0091	-0.3141	-0.7859	0.1829	0.1151	0.9375	-0.1151	-0.5421	-0.1242	-0.0731	-0.0261	0.0016	-0.0232	0.0175	0.1406	1.5983	21.5699	18.0755
7	4.2293	-0.1128	1.2095	1.9227	2.1867	5.0224	0.144	0.1213	0.1126	-0.0747	0.0191	-0.3768	-0.1515	0.3224	-0.1631	-0.0684	-0.021	0.0137	-0.051	0.0465	-0.0267	39.5188	31.3635	10.6349
8	9.8894	-1.0261	0.2572	5.8545	4.0108	6.1594	0.2224	-0.0161	-0.194	-0.0911	-0.1362	0.4492	0.134	-0.5274	-0.0862	-0.0905	0.0011	0.0084	-0.0079	0.0895	-0.0737	0.4068	34.1587	13.703
9	15.4556	-1.9874	-3.6593	0.9148	0.3567	3.4006	0.0237	0.2558	-0.2084	-0.0987	-0.0847	0.0137	-0.0196	-0.0053	0.0611	-0.0472	0.0127	-0.007	-0.0715	0.0087	-0.079	27.4108	30.7384	4.7568
10	11.2166	-3.658	-2.8865	3.5117	-1.3462	2.9996	0.2771	0.1756	0.1843	-0.0405	-0.023	0.1251	-0.1181	-0.0859	-0.2541	-0.0433	0.0061	0.0011	-0.0484	0.0017	-0.052	12.7539	39.2883	11.5513
11	3.054	-0.2149	-0.6619	5.2754	-1.6859	4.1885	-0.0561	0.06	0.1429	0.1793	-0.0235	0.1329	-0.3356	-0.0684	0.0796	-0.0763	-0.0088	-0.0238	-0.043	0.003	-0.0554	29.2421	32.9768	14.7992
12	5.6221	-5.3572	5.6628	9.5385	-6.6687	6.0691	0.3867	0.2564	-0.2264	-0.3821	-0.0005	0.3497	0.4198	0.1523	-0.3862	-0.0312	0.0134	-0.0307	-0.0586	0.0152	-0.0441	10.4381	29.3233	12.6864
13	2.9766	-0.3848	0.0837	3.0851	-0.1949	0.0135	-0.0538	0.161	-0.1277	0.0021	-0.0231	-0.1689	0.0096	0.0241	0.0769	-0.037	0.0023	0.0017	-0.0211	-0.0106	-0.0198	28.9054	19.745	19.6395
14	3.5555	-2.3775	-0.6655	5.5251	-0.3966	2.8632	-0.3919	-0.4485	0.1261	0.0259	0.5031	0.1435	0.0523	-0.053	-0.1111	-0.0487	0.0661	0.0416	0.0117	0.0435	-0.0751	11.6492	28.5059	27.0506
15	0.1443	1.0752	-1.28	9.5997	-13.7133	22.3339	-0.0197	0.1278	-0.4394	-0.6326	-0.7735	-0.7736	0.3368	0.8176	0.7932	-0.1308	0.0586	0.0654	-0.0112	0.0626	0.0378	39.0946	23.4438	10.6617
16	10.1105	5.1836	-8.9799	8.8709	-11.5051	19.4698	0.4547	-0.1087	0.5725	0.2745	0.2044	0.6223	-0.4176	-0.1781	-0.6591	-0.1305	0.0645	0.0184	-0.0673	0.0416	0.0423	1.429	36.3103	21.1547
17	11.7216	2.7552	-5.9803	14.4345	-1.4672	16.9756	0.1147	0.1316	1.2308	0.4104	0.2305	-0.0452	0.0163	-0.1855	-0.3452	-0.1377	-0.0127	-0.1036	-0.0763	0.026	0.0186	37.0925	24.3877	24.0065
18	20.414	-7.8895	3.7256	9.0815	0.6164	12.2824	-0.0365	1.1073	-0.2664	0.2631	-0.697	0.1655	0.6577	0.8035	0.7335	-0.0763	0.0679	0.0833	-0.0246	0.0861	0.0037	3.1601	23.324	24.159
19	2.006	-1.3128	0.7011	2.8578	-0.041	5.9992	-0.0365	0.1076	-0.0046	-0.0252	-0.1725	-0.4055	0.1879	0.4397	0.209	-0.0943	-0.0114	0.0158	-0.072	0.0238	0.0067	36.367	21.8324	18.3129
20	2.4009	-0.6102	-1.7827	2.3767	0.0283	1.4049	0.0039	-0.2011	-0.0069	-0.0262	0.0887	0.1267	-0.0788	0.1187	-0.0926	-0.0526	0.0299	-0.0249	-0.0179	0.0281	-0.0555	10.2192	29.9373	20.7624

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	94 - 99
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 5
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	94 - 99
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 10
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 32
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	20 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	5	A	11 - 19
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	11 - 19
11	X-RAY DIFFRACTION	7	A	33 - 43
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	33 - 43
13	X-RAY DIFFRACTION	9	A	44 - 57
14	X-RAY DIFFRACTION	10	B	44 - 57
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	77 - 85
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	77 - 85
17	X-RAY DIFFRACTION	13	A	86 - 93
18	X-RAY DIFFRACTION	14	B	86 - 93
19	X-RAY DIFFRACTION	15	A	58 - 62
20	X-RAY DIFFRACTION	16	B	58 - 62
21	X-RAY DIFFRACTION	17	A	63 - 68
22	X-RAY DIFFRACTION	18	B	63 - 68
23	X-RAY DIFFRACTION	19	A	69 - 76
24	X-RAY DIFFRACTION	20	B	69 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	20	B	200

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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