+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ejy | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of E203H mutant of E.coli Cl-/H+ antiporter, CLC-ec1 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | IMMUNE SYSTEM/PROTON TRANSPORT / membrane protein / Cl-/H+ exchanger / Antiport / Cell inner membrane / Cell membrane / Chloride / Ion transport / Stress response / Transmembrane / Transport / IMMUNE SYSTEM-PROTON TRANSPORT COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() chloride:proton antiporter activity / cellular stress response to acidic pH / voltage-gated chloride channel activity / chloride transmembrane transport / proton transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lim, H.-H. / Miller, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Intracellular proton-transfer mutants in a CLC Cl-/H+ exchanger. 著者: Lim, H.H. / Miller, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 329.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 266.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
2 | ![]()
| |||||||||
3 | ![]()
| |||||||||
4 | ![]()
| |||||||||
単位格子 |
| |||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50399.434 Da / 分子数: 2 / 変異: E203H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 抗体 | 分子量: 23693.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: 化合物 | ChemComp-BR / |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.35 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 37 % PEG 300 (w/v), 20 mM NaBr, 50 mM glycine-NaOH, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K |
-データ収集
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
---|---|
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.919 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→127 Å / Num. all: 46752 / Num. obs: 46752 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 82.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 19.6 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 6810 / Rsym value: 0.584 / % possible all: 99.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1OTS 解像度: 3.2→58.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.887 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.5 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 91.344 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→58.52 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3.2→3.283 Å / Total num. of bins used: 20
|