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万見
- PDB-3egs: Crystal structure of the HIV-1 broadly neutralizing antibody 2F5 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3egs
タイトルCrystal structure of the HIV-1 broadly neutralizing antibody 2F5 in complex with the gp41 scrambledFP-MPER scrHyb3K construct GIGAFGLLGFLAAGSKK-Ahx-K656NEQELLELDKWASLWN671 soaked in ammonium sulfate
要素
  • 2F5 Fab' heavy chain
  • 2F5 Fab' light chain
  • gp41 scrFP-MPER construct
キーワードIMMUNE SYSTEM / 2F5 / gp41 / HIV
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Julien, J.-P. / Bryson, S. / de la Torre, B.G. / Andreu, D. / Nieva, J.L. / Pai, E.F.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2009
タイトル: Structural constraints imposed by the conserved fusion peptide on the HIV-1 gp41 epitope recognized by the broadly neutralizing antibody 2F5.
著者: de la Arada, I. / Julien, J.P. / de la Torre, B.G. / Huarte, N. / Andreu, D. / Pai, E.F. / Arrondo, J.L. / Nieva, J.L.
履歴
登録2008年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2F5 Fab' light chain
B: 2F5 Fab' heavy chain
C: gp41 scrFP-MPER construct


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1723
ポリマ－52,1723
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.800, 75.900, 93.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 2F5 Fab' light chain


分子量: 23363.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 2F5 Fab' heavy chain


分子量: 24985.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド gp41 scrFP-MPER construct


分子量: 3822.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized by Fmoc chemistry. The sequence of the peptide is naturally found in the human immunodeficiency virus.
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細ACA IN THE PEPTIDE SEQUENCE STANDS FOR 6-AMINO-HEXANOIC ACID LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Growth: 0.1 M sodium acetate, pH 5.6, 16-20% 2-propanol, 16-20% PEG 4K. Soak: 0.1 M sodium acetate, pH 5.6, 1.6 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年8月8日 / 詳細: Micromax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→17 Å / Num. all: 5537 / Num. obs: 5386 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.28 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 418 / Rsym value: 0.462 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
CNS精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D0L

3d0l


解像度: 3.6→16.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Data cutoff high absF: 1744119.61 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 240 5 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 4828 87.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 1.55999 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.72 Å20 Å20 Å2
2---4.84 Å20 Å2
3---4.12 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.51 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.53 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→16.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3319 0 0 0 3319
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d29.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.35
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.732.5
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.045 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 42 5.4 %
Rwork0.277 737 -
obs-737 86.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gol.paramgol.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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