PDB-3eae: PWWP domain of human hepatoma-derived growth factor 2 (HDGF2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3eae

タイトル

PWWP domain of human hepatoma-derived growth factor 2 (HDGF2)

要素

Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / human hepatoma-derived growth factor 2 / hepatoma-derived growth factor-related protein 2 / HDGF2 / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / Phosphoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H3K27me3 reader activity / histone H3K9me2/3 reader activity / skeletal muscle tissue regeneration / muscle cell differentiation / muscle organ development / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / histone reader activity / positive regulation of cell growth ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Amaya, M.F. / Zeng, H. / Mackenzie, F. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Wu, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural and Histone Binding Ability Characterizations of Human PWWP Domains.
著者: Wu, H. / Zeng, H. / Lam, R. / Tempel, W. / Amaya, M.F. / Xu, C. / Dombrovski, L. / Qiu, W. / Wang, Y. / Min, J.

履歴

登録	2008年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年7月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3eae.cif.gz	48.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3eae.ent.gz	34.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3eae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/3eae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ea/3eae	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3l42C 3llrC 3lyiC 3mo8C 3pfsC 3pmiC 3qbyC 3qj6C 3qkjC 2htsS 2nluS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fbk-d 3on1-d 2kky-d 4mmj-d 5dom-d 6ue6-6 1gq5-d 2mzt-d 3kz5-2 3fc7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

21.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Hepatoma-derived growth factor-related protein 2

ソフトウェアが定義した集合体
10.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	41.555, 59.950, 104.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Hepatoma-derived growth factor-related protein 2 / HRP-2 / Hepatoma-derived growth factor 2 分子量: 10657.184 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-93 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDGFRP2, HDGF2, UNQ785/PRO1604 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z4V5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0 M NH4SO4, 0.2 M K/Na tart, 0.1 M Na Citrate pH 5.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 200 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.24→40 Å / Num. obs: 12780 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Χ²: 1.261 / Net I/σ(I): 19.947

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.34	6.4	0.647	600	1.527	1	98.5
2.34-2.38	6.6	0.635	587	1.457	1	99.8
2.38-2.43	6.8	0.55	599	1.353	1	99
2.43-2.48	7.1	0.478	607	1.425	1	99.7
2.48-2.53	7.1	0.435	619	1.421	1	100
2.53-2.59	7.2	0.35	610	1.448	1	100
2.59-2.66	7.2	0.318	603	1.472	1	100
2.66-2.73	7.2	0.268	617	1.434	1	100
2.73-2.81	7.2	0.206	606	1.507	1	100
2.81-2.9	7.2	0.181	621	1.624	1	100
2.9-3	7.1	0.146	615	1.726	1	100
3-3.12	7.2	0.124	609	1.162	1	100
3.12-3.26	7.1	0.108	612	1.124	1	100
3.26-3.44	7.1	0.09	630	1.052	1	100
3.44-3.65	7	0.081	616	1.093	1	100
3.65-3.93	7	0.08	630	1.181	1	100
3.93-4.33	6.9	0.074	639	1.042	1	100
4.33-4.95	6.8	0.061	634	0.883	1	100
4.95-6.24	6.5	0.046	651	0.622	1	100
6.24-40	6.2	0.047	694	0.668	1	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entries 2HTS and 2NLU

2hts

2nlu

解像度: 2.24→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 11.564 / SU ML: 0.145 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.233 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26	632	4.9 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.225	12780	96.39 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.61 Å² / B_iso mean: 30.079 Å² / B_iso min: 10.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1322	0	0	45	1367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1379
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.261	1.934	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.081	5	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.567	23.623	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.386	15	177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.709	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	173
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.318	0.2	893
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.148	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.605	1.5	850
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.009	2	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.68	3	615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.379	4.5	549

LS精密化シェル

解像度: 2.236→2.293 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	37	-
R_work	0.293	724	-
all	-	761	-
obs	-	-	79.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	16.428	-5.6157	7.1118	8.0876	-4.9561	12.8956	-0.2616	0.8433	0.9443	0.1628	0.0291	-0.4283	-0.6381	0.1133	0.2326	0.0517	-0.0684	0.0233	0.1942	0.0606	0.1874	26.0601	48.8531	-5.0603
2	6.1298	-0.8441	-2.1573	4.9149	-2.2751	6.1488	-0.029	0.2625	-0.7442	0.1125	0.0555	0.3212	0.7963	-0.3814	-0.0264	0.1202	-0.1112	-0.0041	0.1959	-0.006	0.1869	22.0981	36.0774	2.4575
3	12.6104	4.6747	3.802	2.4123	-1.5577	14.1055	0.1076	2.1868	-1.3004	-0.4893	0.2422	-0.8771	-0.2167	1.1787	-0.3498	0.3776	0.0646	0.1391	0.634	-0.2338	0.2771	28.3795	37.3522	-14.6102
4	4.9573	-1.1832	4.9798	5.3115	-3.694	22.0441	0.0855	0.4758	-0.1974	-0.1805	-0.1021	0.0791	0.2607	-0.4642	0.0166	0.0604	-0.0517	0.0002	0.1361	-0.0416	0.1395	24.8636	36.8654	-5.2275
5	8.2173	-4.2233	0.6276	5.5034	0.7077	4.8835	-0.1443	0.3407	-0.4028	-0.1715	0.1736	0.1934	0.3721	-0.2485	-0.0293	0.0446	-0.0727	0.0376	0.1919	0.01	0.1017	22.3375	39.1224	-1.6845
6	7.8081	-4.1345	5.3805	13.9963	-6.6826	16.6427	-0.386	-0.9478	0.0176	0.7793	0.1417	0.4107	-0.2294	-0.9472	0.2442	0.0133	0.082	0.0454	0.2777	0.0062	0.1316	22.0366	41.6557	11.7228
7	9.9495	-4.3402	9.9848	4.572	-2.4624	11.3583	0.0195	0.5934	-1.1328	-0.2669	0.5606	-0.0515	1.2946	-0.5565	-0.5801	0.2994	-0.093	0.0323	0.1529	0.0627	0.2605	26.7631	30.189	9.8295
8	10.5581	3.001	-5.6948	1.8267	-2.6427	16.1106	-0.1621	-0.2947	-0.5481	-0.0752	-0.1218	-0.2997	0.2668	0.8832	0.284	0.0858	0.0213	0.0129	0.2057	0.0455	0.1817	35.5677	38.3975	4.5513
9	24.9467	-4.1764	3.1747	18.0888	-10.5505	14.9676	0.2494	-1.911	1.1378	2.323	-0.6121	-1.4048	-2.4148	1.4887	0.3627	0.646	-0.2187	-0.1473	0.5593	0.0179	0.1607	42.3637	42.6148	30.4898
10	9.8076	-6.2237	4.9084	12.1116	3.3085	15.4641	0.6355	-1.0611	-1.5858	-0.0906	-0.2916	0.2451	1.3742	0.9112	-0.3439	0.2127	0.0726	-0.0567	0.332	0.2431	0.3991	44.0359	29.0829	23.0252
11	6.3231	8.0843	3.8921	11.5535	-0.1551	24.0216	-0.2294	-1.0918	-0.8569	0.3923	-0.2724	0.394	0.0846	0.0172	0.5017	0.1868	0.0108	-0.1231	0.1512	0.1637	-0.0312	38.079	35.5639	26.9757
12	15.5654	2.7396	9.4699	4.5238	-0.6061	22.2879	0.5823	-1.0634	0.2433	0.6815	-0.648	-0.377	-0.0129	-0.2531	0.0657	0.2196	-0.0469	-0.0484	0.2665	0.2041	0.1096	37.5517	33.9404	30.3959
13	28.0052	5.6948	-2.2335	7.5452	-7.9716	15.6982	0.8896	-1.8175	-1.2009	1.0767	-1.1633	-0.4973	-0.0507	2.5198	0.2737	0.1525	0.0003	-0.0799	0.2926	0.0889	0.0392	44.3378	33.7639	28.7247
14	19.0965	4.0313	-5.3002	30.146	0.5626	36.815	0.4131	1.1412	0.6484	-0.3665	-0.8767	-0.0085	-1.1489	2.0986	0.4636	-0.0142	-0.0125	-0.0228	0.3763	0.1985	0.0701	46.2061	39.5062	16.6555
15	4.844	8.5262	-3.4833	37.8123	6.6617	12.5919	-0.508	1.1011	-1.8543	-0.7518	0.105	-1.3061	2.0672	1.1434	0.4029	0.1564	0.2424	-0.1207	0.2204	0.0551	0.1927	37.9973	29.2374	14.235
16	3.7185	2.8189	3.8104	7.5554	-3.8962	13.7175	0.1656	-0.5523	-0.0775	0.4448	-0.1226	0.6245	-0.65	-0.4737	-0.043	0.1011	0.0096	0.0645	0.2613	0.0882	0.1328	32.3453	38.3147	20.1254

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 10	2 - 10
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	11 - 25	11 - 25
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	26 - 36	26 - 36
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	37 - 47	37 - 47
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	48 - 62	48 - 62
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	63 - 72	63 - 72
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	73 - 79	73 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	80 - 93	80 - 93
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	5 - 10	5 - 10
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	11 - 20	11 - 20
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	21 - 26	21 - 26
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	27 - 48	27 - 48
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	49 - 61	49 - 61
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	62 - 68	62 - 68
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	69 - 76	69 - 76
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	77 - 90	77 - 90

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
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