PDB-3e31: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant V47A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+31

タイトル

H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant V47A

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Rowlett, R.S. / Lee, J.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence for a bicarbonate "escort" site in Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase .
著者: Rowlett, R.S. / Hoffmann, K.M. / Failing, H. / Mysliwiec, M.M. / Samardzic, D.

履歴

登録	2008年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e31.cif.gz	86 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e31.ent.gz	64.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e2xC 3e3fC 3e3gC 3e3iC 2a8dS 2a8c 3e24 3e28 3e2a 3e2w S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e1v-1 2woj-2 3e24-1 3e2x-1 3e3f-1 4wam-1 2iv2-d 3wia-1 3zs9-d 1kv9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

52.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.277, 82.277, 188.783
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / E.C.4.2.1.1 / Carbonate dehydratase 2 分子量: 26258.932 Da / 分子数: 2 / 変異: V47A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.56 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 0.7 sodium potassium tartrate, 12 mg/mL protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.974 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.974 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→37.77 Å / Num. obs: 14391 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 16.8 % / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 34.2
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.493 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Num. unique all: 2033 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.95 Å	37.71 Å
Translation	2.95 Å	37.71 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8D

2a8d

解像度: 2.95→37.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / WR_factor R_free: 0.233 / WR_factor R_work: 0.185 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.831 / SU B: 27.379 / SU ML: 0.254 / SU R Cruickshank DPI: 0.712 / SU R_free: 0.338 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.716 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	718	5 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
all	0.199	14323	-	-
obs	0.199	14323	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.75 Å² / B_iso mean: 42.863 Å² / B_iso min: 17.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→37.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2887	0	2	16	2905

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.588	1.93	4009
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3.002	4754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.179	5	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.726	23.869	137
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.848	15	506
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.289	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3272
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	598
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.275	0.2	838
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.2	0.2	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.095	0.2	1636
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.2	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.339	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.274	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.069	1.5	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.113	1.5	744
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.256	2	2900
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.736	3	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.404	4.5	1109

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	57	-
R_work	0.269	975	-
all	-	1032	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.195	0.9211	1.1636	2.7876	1.0124	4.0689	0.1557	-0.0133	0.0258	-0.5142	-0.3375	0.1654	-0.3817	-0.2991	0.1819	0.2971	0.0245	-0.0718	0.1194	-0.0644	0.3651	-25.352	-13.286	-16.873
2	3.7839	1.6683	-0.3961	4.4288	1.4514	3.586	0.0468	-0.38	0.3096	-0.2769	-0.0702	0.5177	-0.4967	-0.0829	0.0234	0.1903	-0.0374	-0.0297	0.1376	-0.0764	0.4278	-27.5	-2.466	7.07

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	33 - 215	33 - 215
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	34 - 214	34 - 214

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)