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Yorodumi- PDB-3e3i: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant G41A with 100 mM b... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e3i | ||||||
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Title | H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant G41A with 100 mM bicarbonate | ||||||
Components | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
Keywords | LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Rowlett, R.S. / Failing, H. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2010 Title: Evidence for a bicarbonate "escort" site in Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase . Authors: Rowlett, R.S. / Hoffmann, K.M. / Failing, H. / Mysliwiec, M.M. / Samardzic, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3e3i.cif.gz | 508 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3e3i.ent.gz | 418.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3e3i.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3i | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3e2xC 3e31C 3e3fC 3e3gC 2a8dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26301.010 Da / Num. of mol.: 12 / Mutation: G41A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: can, HI1301 / Plasmid: pTrc99 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: P45148, carbonic anhydrase #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Chemical | ChemComp-BCT / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.75 Å3/Da / Density % sol: 55.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES, 1.8 M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 100 mM sodium bicarbonate, 12 mg/mL protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F2 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 14, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→122.169 Å / Num. obs: 205440 / % possible obs: 89.6 % / Redundancy: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 19.1 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / Redundancy: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 57681 / Num. unique all: 18560 / Rsym value: 0.475 / % possible all: 55.6 |
-Phasing
Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2A8D Resolution: 2→29.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.276 / WRfactor Rwork: 0.262 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.713 / SU B: 7.573 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.248 / SU Rfree: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.164 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 145.94 Å2 / Biso mean: 36.165 Å2 / Biso min: 18.66 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→29.75 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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