PDB-3e3i: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant G41A with 100 mM b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e3i

タイトル

H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant G41A with 100 mM bicarbonate

要素

Carbonic anhydrase 2

キーワード

LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Rowlett, R.S. / Failing, H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Evidence for a bicarbonate "escort" site in Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase .
著者: Rowlett, R.S. / Hoffmann, K.M. / Failing, H. / Mysliwiec, M.M. / Samardzic, D.

履歴

登録	2008年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e3i.cif.gz	508 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e3i.ent.gz	418.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e3i_validation.pdf.gz	568.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e3i_full_validation.pdf.gz	615.1 KB	表示
XML形式データ	3e3i_validation.xml.gz	91.8 KB	表示
CIF形式データ	3e3i_validation.cif.gz	124.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e2xC 3e31C 3e3fC 3e3gC 2a8dS 2a8c 3e24 3e28 3e2a 3e2w S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e28-1 3e2w-2 4waj-1 2pvv-d 3e3g-2 3bi0-d 2or4-d 1ddz-d 4ome-d 3sjg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (8) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

G: Carbonic anhydrase 2

H: Carbonic anhydrase 2

I: Carbonic anhydrase 2

J: Carbonic anhydrase 2

K: Carbonic anhydrase 2

L: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

318 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carbonic anhydrase 2

B: Carbonic anhydrase 2

C: Carbonic anhydrase 2

D: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
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2

E: Carbonic anhydrase 2

F: Carbonic anhydrase 2

G: Carbonic anhydrase 2

H: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
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3

I: Carbonic anhydrase 2

J: Carbonic anhydrase 2

K: Carbonic anhydrase 2

L: Carbonic anhydrase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
106 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	229.593, 144.437, 104.891
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.430, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Carbonic anhydrase 2 / E.C.4.2.1.1 / Carbonate dehydratase 2 / beta carbonic anhydrase 分子量: 26301.010 Da / 分子数: 12 / 変異: G41A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌) 遺伝子: can, HI1301 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P45148, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸分子量: 61.017 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 604 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.22 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, 1.8 M ammonium sulfate, 4% PEG 400, 100 mM sodium bicarbonate, 12 mg/mL protein, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→122.169 Å / Num. obs: 205440 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 4.8 % / R_merge(I) obs: 0.055 / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 19.1
反射シェル	解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 57681 / Num. unique all: 18560 / R_sym value: 0.475 / % possible all: 55.6

-
位相決定

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	29.88 Å
Translation	2.5 Å	29.88 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A8D

2a8d

解像度: 2→29.75 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / WR_factor R_free: 0.276 / WR_factor R_work: 0.262 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.713 / SU B: 7.573 / SU ML: 0.11 / SU R Cruickshank DPI: 0.248 / SU R_free: 0.197 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	10347	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
all	0.203	205402	-	-
obs	0.203	205402	89.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.94 Å² / B_iso mean: 36.165 Å² / B_iso min: 18.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0.04 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→29.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20197	0	121	604	20922

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	20906
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	13822
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.93	28283
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.856	3.001	33644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.542	5	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.853	24.276	1022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.298	15	3652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.163	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	23067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4209
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	4737
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	14282
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	10152
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	10470
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.083	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.185	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.248	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.205	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.782	1.5	16352
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.134	1.5	5137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.941	2	20157
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.598	3	9810
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.307	4.5	8123

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.314	410	-
R_work	0.251	8250	-
all	-	8660	-
obs	-	-	51.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6336	0.1955	0.3902	1.2026	0.1683	0.3607	0.0441	-0.006	-0.2565	-0.048	-0.0304	0.1374	0.0852	-0.0947	-0.0138	-0.0795	-0.0514	-0.0039	-0.0208	-0.0279	-0.0213	-12.59	-11.901	24.795
2	1.8654	-0.1794	-0.3271	1.4142	0.2124	1.3664	0.0208	0.0057	0.2282	-0.0095	-0.0816	0.0667	-0.4261	-0.1943	0.0608	0.0046	0.0842	-0.0426	-0.0236	-0.0117	-0.0718	-11.316	20.737	28.935
3	1.7485	-0.1789	0.6007	1.2949	-0.277	0.4635	0.0957	0.1108	-0.2699	0.0382	-0.0876	-0.1884	0.1079	0.0748	-0.0081	-0.0746	0.0349	-0.0105	-0.0426	0.0141	0.0059	8.289	-12.042	27.489
4	2.0164	0.0085	-0.3642	1.4569	-0.1903	1.6481	0.0197	0.1039	0.2503	-0.0023	-0.0836	-0.168	-0.4461	0.1444	0.0639	0.0004	-0.0628	-0.0328	-0.046	0.0589	-0.0453	7.723	20.496	23.254
5	1.1617	0.006	0.001	1.9162	0.4489	1.2248	-0.0032	-0.0062	0.1401	0.1074	0.0525	-0.0827	-0.2086	0.342	-0.0493	0.0088	-0.0263	0.0005	-0.036	-0.0405	-0.1128	63.225	-14.045	47.785
6	1.5002	-0.2153	0.2674	1.9833	-0.1429	1.2891	0.0298	-0.0185	-0.0416	-0.033	0.0735	0.5122	0.1002	-0.1331	-0.1033	-0.069	0.0359	-0.0121	-0.0964	0.0071	0.0592	34.15	-29.439	44.801
7	1.3094	-0.4242	-0.1659	1.6275	0.2798	1.4337	0.0197	0.0486	-0.0245	-0.0031	0.0497	-0.259	0.0355	0.4721	-0.0693	-0.0639	0.0842	-0.0163	0.0572	-0.0552	-0.1011	71.718	-30.984	41.55
8	1.1774	-0.3061	0.2949	1.8733	-0.5044	0.9115	0.0679	-0.0544	-0.2401	-0.0092	0.0725	0.2537	0.338	-0.0513	-0.1404	0.0783	0.029	-0.0493	-0.159	-0.002	-0.0196	43.202	-46.498	47.613
9	1.4183	0.0131	-0.1654	2.4199	1.0282	1.6786	-0.0039	-0.0582	0.2196	-0.2405	0.2299	-0.2031	-0.4413	0.5007	-0.226	0.0215	-0.0811	0.0696	0.003	-0.091	-0.1059	67.284	-15.074	-4.133
10	1.6747	-0.4051	0.1272	2.0123	-0.1761	1.3237	-0.0083	-0.0065	-0.0015	-0.0892	0.0425	0.5205	0.0366	-0.1601	-0.0342	-0.0855	0.0652	-0.0235	-0.068	-0.0166	0.034	38.187	-29.549	-7.271
11	1.5545	-0.5696	-0.3866	2.5217	1.1219	1.985	0.0182	-0.0245	-0.0138	-0.1751	0.3326	-0.44	-0.0784	0.7317	-0.3508	-0.1118	0.0308	0.058	0.1592	-0.1598	-0.0919	75.578	-32.508	-10.134
12	1.4524	-0.4039	0.1257	1.8434	-0.2659	1.1096	-0.0397	-0.0976	-0.2945	0.0141	0.1131	0.2845	0.2927	-0.0301	-0.0734	0.0333	0.052	-0.0118	-0.1331	0.0157	-0.0222	46.699	-46.742	-4.469

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 220	1 - 220
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	1 - 219	1 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	1 - 220	1 - 220
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	1 - 220	1 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	1 - 219	1 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	1 - 215	1 - 215
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	1 - 221	1 - 221
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	1 - 219	1 - 219
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	I	1 - 220	1 - 220
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	J	1 - 215	1 - 215
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	K	1 - 219	1 - 219
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	L	1 - 216	1 - 216

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)