+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3.0E+24 | ||||||
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Title | H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant W39F | ||||||
Components | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
Keywords | LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.301 Å | ||||||
Authors | Rowlett, R.S. / Lee, J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2009 Title: Allosteric site variants of Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase. Authors: Rowlett, R.S. / Tu, C. / Lee, J. / Herman, A.G. / Chapnick, D.A. / Shah, S.H. / Gareiss, P.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3e24.cif.gz | 90.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3e24.ent.gz | 68.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3e24.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e24 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 3e1vC 3e1wC 3e28C 3e2aC 3e2wC 2a8dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26247.949 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: W39F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: can, HI1301 / Plasmid: pTrc99 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: P45148, carbonic anhydrase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-PO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.3 Details: 0.04 M ammonium dihydrogen phosphate, pH 4.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU RU200 / Wavelength: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV / Detector: IMAGE PLATE / Date: Nov 5, 2003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: NI FILTER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Number: 94242 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Χ2: 1 / D res high: 2.3 Å / D res low: 30 Å / Num. obs: 20243 / % possible obs: 98.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.301→29.37 Å / Num. all: 20243 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Redundancy: 4.6 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 22.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.301→2.38 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.52 / Rsym value: 0.316 / % possible all: 99.3 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | ||||||
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Phasing MR | Rfactor: 0.448 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.599
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2A8D Resolution: 2.301→29.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 11.197 / SU ML: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.328 / ESU R Free: 0.231 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 103.42 Å2 / Biso mean: 44.069 Å2 / Biso min: 26.9 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.301→29.37 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.301→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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