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Yorodumi- PDB-3e1w: H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant D44N in 100 mM sod... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e1w | ||||||
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Title | H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant D44N in 100 mM sodium bicarbonate | ||||||
Components | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
Keywords | LYASE / beta-carbonic anhydrase / active site mutant / Metal-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Rowlett, R.S. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2009 Title: Allosteric site variants of Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase. Authors: Rowlett, R.S. / Tu, C. / Lee, J. / Herman, A.G. / Chapnick, D.A. / Shah, S.H. / Gareiss, P.C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3e1w.cif.gz | 85.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3e1w.ent.gz | 64.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3e1w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3e1w_validation.pdf.gz | 441 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3e1w_full_validation.pdf.gz | 459.9 KB | Display | |
Data in XML | 3e1w_validation.xml.gz | 17.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3e1w_validation.cif.gz | 22.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1w | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3e1vC 3e24C 3e28C 3e2aC 3e2wC 2a8dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26286.000 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D44N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: can, HI1301 / Plasmid: pTrc99 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: P45148, carbonic anhydrase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.84 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.1 M MES, 0.8 M sodium acetate, 100 mM sodium bicarbonate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F2 / Wavelength: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Apr 11, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.95 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.6→72.257 Å / Num. all: 176697 / Num. obs: 18278 / % possible obs: 99.3 % / Redundancy: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rsym value: 0.108 / Net I/σ(I): 23.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2A8D Resolution: 2.6→29.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / WRfactor Rfree: 0.232 / WRfactor Rwork: 0.211 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.846 / SU B: 18.794 / SU ML: 0.186 / SU R Cruickshank DPI: 0.419 / SU Rfree: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.409 / ESU R Free: 0.26 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 95.09 Å2 / Biso mean: 63.128 Å2 / Biso min: 40.02 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→29.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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