+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3e2x | ||||||
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Title | H. influenzae beta-carbonic anhydrase, variant V47A | ||||||
Components | Carbonic anhydrase 2 | ||||||
Keywords | LYASE / beta carbonic anhydrase / allosteric site mutant / Metal-binding | ||||||
Function / homology | Function and homology information carbon utilization / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Haemophilus influenzae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.55 Å | ||||||
Authors | Rowlett, R.S. / Lee, J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2010 Title: Evidence for a bicarbonate "escort" site in Haemophilus influenzae beta-carbonic anhydrase . Authors: Rowlett, R.S. / Hoffmann, K.M. / Failing, H. / Mysliwiec, M.M. / Samardzic, D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3e2x.cif.gz | 87.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3e2x.ent.gz | 64.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3e2x.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3e2x_validation.pdf.gz | 450.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3e2x_full_validation.pdf.gz | 459.7 KB | Display | |
Data in XML | 3e2x_validation.xml.gz | 15.9 KB | Display | |
Data in CIF | 3e2x_validation.cif.gz | 20.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e2/3e2x | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3e31C 3e3fC 3e3gC 3e3iC 2a8dS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 26258.932 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V47A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Haemophilus influenzae (bacteria) / Gene: can, HI1301 / Plasmid: pTrc99 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): JM109 / References: UniProt: P45148, carbonic anhydrase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.2 Å3/Da / Density % sol: 44.04 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.1 M HEPES, 1.7 M ammonium sulfate, 4% PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: CHESS / Beamline: F1 / Wavelength: 0.974 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.974 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.55→38.322 Å / Num. obs: 14811 / % possible obs: 95.7 % / Redundancy: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 13.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2A8D Resolution: 2.55→33.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / WRfactor Rfree: 0.25 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.79 / SU B: 25.918 / SU ML: 0.263 / SU R Cruickshank DPI: 0.662 / SU Rfree: 0.345 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.633 / ESU R Free: 0.342 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 71.97 Å2 / Biso mean: 48.095 Å2 / Biso min: 31.13 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.55→33.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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