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万見
- PDB-1kv9: Structure at 1.9 A Resolution of a Quinohemoprotein Alcohol Dehyd... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1kv9
タイトルStructure at 1.9 A Resolution of a Quinohemoprotein Alcohol Dehydrogenase from Pseudomonas putida HK5
要素TYPE II QUINOHEMOPROTEIN ALCOHOL DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / Quinohemoprotein Alcohol Dehydrogenase / electron transfer
機能・相同性
機能・相同性情報


alcohol dehydrogenase (azurin) / pyrroloquinoline quinone binding / oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / outer membrane-bounded periplasmic space / electron transfer activity / oxidoreductase activity / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat ...Quinoprotein dehydrogenase, conserved site / Bacterial quinoprotein dehydrogenases signature 2. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / PQQ-dependent dehydrogenase, methanol/ethanol family / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETONE / HEME C / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / Quinohemoprotein alcohol dehydrogenase ADH IIB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換, 多重同系置換, 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chen, Z.-W. / Matsushita, K. / Yamashita, T. / Fujii, T. / Toyama, H. / Adachi, O. / Bellamy, H.D. / Mathews, F.S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure at 1.9 A resolution of a quinohemoprotein alcohol dehydrogenase from Pseudomonas putida HK5.
著者: Chen, Z.W. / Matsushita, K. / Yamashita, T. / Fujii, T.A. / Toyama, H. / Adachi, O. / Bellamy, H.D. / Mathews, F.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Determination of the Gene Sequence and the Three-dimensional Structure at 2.4 Angstroms Resolution of Methanol Dehydrogenase from Methylophilus W3A1
著者: Xia, Z. / Dai, W. / Zhang, Y. / White, S.A. / Boyd, G.D. / Mathews, F.S.
履歴
登録2002年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02021年3月3日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12023年8月16日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999sequence an appropriate sequence database reference was not available at the time of processing.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE II QUINOHEMOPROTEIN ALCOHOL DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0867
ポリマ－72,7091
非ポリマー1,3776
水13,187732
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.807, 57.437, 67.523
Angle α, β, γ (deg.)89.65, 69.34, 68.39
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 TYPE II QUINOHEMOPROTEIN ALCOHOL DEHYDROGENASE


分子量: 72709.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア)
参照: UniProt: Q8GR64, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; 他の電子受容体を用いる

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非ポリマー , 7種, 738分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PQQ / PYRROLOQUINOLINE QUINONE / ピロロキノリンキノン


分子量: 330.206 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H6N2O8
#4: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACN / ACETONE / アセトン


分子量: 58.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 732 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, sodium citrate, HEPES, 2-propanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K
結晶化
*PLUS
詳細: used microseeding
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17.5 mg/mlprotein1drop
214-22 %PEG80001reservoir
3150 mMsodium citrate1reservoir
4100 mMHEPES-NaOH1reservoirpH7.5
56 %2-propanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 48675 / Num. obs: 48672 / % possible obs: 87.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2643 / % possible all: 47.3
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 47.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE+ SHARP位相決定
CNS精密化
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換, 多波長異常分散
開始モデル: PDB ENTRY 4AAH

4aah


解像度: 1.9→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.189 4922 10 %RANDOM
Rwork0.154 ---
all-55885 --
obs-48672 87.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.6 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.21 Å0.17 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5103 0 93 732 5928
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.9-2.020.2484940.23X-RAY DIFFRACTION45426
2.02-2.170.2358200.189X-RAY DIFFRACTION74376
2.17-2.390.2118690.16X-RAY DIFFRACTION76906
2.39-2.740.1948930.157X-RAY DIFFRACTION78446
2.74-3.450.1919360.149X-RAY DIFFRACTION79966
3.45-300.1579100.133X-RAY DIFFRACTION82416
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.44
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.83
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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