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- PDB-3d9a: High Resolution Crystal Structure Structure of HyHel10 Fab Comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3d9a
タイトルHigh Resolution Crystal Structure Structure of HyHel10 Fab Complexed to Hen Egg Lysozyme
要素
  • Heavy Chain of HyHel10 Antibody Fragment (Fab)
  • Light Chain of HyHel10 Antibody Fragment (Fab)
  • Lysozyme C
キーワードHYDROLASE/IMMUNE SYSTEM / Lysozyme / HyHel10 / Fab / Antibody / Antigen / Allergen / Antimicrobial / Bacteriolytic enzyme / Glycosidase / Hydrolase / HYDROLASE-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者DeSantis, M.E. / Li, M. / Shanmuganathan, A. / Acchione, M. / Walter, R. / Wlodawer, A. / Smith-Gill, S.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2009
タイトル: Light chain somatic mutations change thermodynamics of binding and water coordination in the HyHEL-10 family of antibodies.
著者: Acchione, M. / Lipschultz, C.A. / DeSantis, M.E. / Shanmuganathan, A. / Li, M. / Wlodawer, A. / Tarasov, S. / Smith-Gill, S.J.
履歴
登録2008年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年9月25日Group: Derived calculations
改定 1.32017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / software
Item: _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 ..._pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Lysozyme C
L: Light Chain of HyHel10 Antibody Fragment (Fab)
H: Heavy Chain of HyHel10 Antibody Fragment (Fab)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5653
ポリマ－60,5653
非ポリマー00
水12,304683
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.842, 77.385, 89.115
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.660, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d 4 / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: egg white / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 抗体 Light Chain of HyHel10 Antibody Fragment (Fab)


分子量: 23449.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 抗体 Heavy Chain of HyHel10 Antibody Fragment (Fab)


分子量: 22784.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 683 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M di-Ammonium Citrate; 20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月22日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 166019 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 1.121 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.2-1.233.90.58111001.041100
1.23-1.2640.485110681.0441100
1.26-1.2940.394111231.0511100
1.29-1.334.10.32111251.0561100
1.33-1.374.10.262111081.0511100
1.37-1.424.10.205111061.0641100
1.42-1.484.10.164111051.1531100
1.48-1.554.10.127110721.2491100
1.55-1.634.20.095110721.251100
1.63-1.734.20.071112121.2261100
1.73-1.864.20.053110831.1141100
1.86-2.054.20.04111191.099199.9
2.05-2.354.20.034112121.0991100
2.35-2.964.20.029111291.031199.7
2.96-503.80.027103851.305191.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.4.0057精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NDM

1ndm


解像度: 1.2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 1.299 / SU ML: 0.029 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.043 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 5014 3 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.191 165981 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.283 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20.09 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4253 0 0 683 4936
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224377
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4561.9345975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9163.0057068
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.6075555
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03224.185184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.27515690
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0481522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2664
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8281.52755
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.211.51117
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.57524471
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.27931622
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.394.51501
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.232 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.275 352 -
Rwork0.247 11795 -
all-12147 -
obs--98.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.36580.14450.05740.6560.01971.46030.05190.12870.0021-0.0051-0.0439-0.00350.0841-0.0513-0.008-0.02940.01870.0020.00820.0037-0.03365.47528.217412.6465
20.7312-0.7102-0.12140.88990.29751.0436-0.0606-0.02260.07010.06980.0515-0.0344-0.0151-0.07260.0091-0.0156-0.0059-0.0008-0.0387-0.0088-0.00013.846819.715838.7346
31.2427-0.44031.05940.8892-0.03151.78710.0850.03890.0561-0.1104-0.1062-0.0873-0.13270.14320.0212-0.03370.05120.03970.06910.0479-0.064111.251720.772575.1895
40.593-0.46320.29750.6812-0.48071.35120.0133-0.0235-0.01370.00390.0057-0.01520.03140.0481-0.019-0.0205-0.0098-0.0089-0.04260.0081-0.00316.29431.518939.7038
50.7934-0.1398-0.93471.12710.83211.7749-0.00590.0535-0.0951-0.0618-0.09580.05050.1249-0.05030.1016-0.02230.0780.010.05160.0132-0.06157.88335.830571.9497
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CA601 - 7291 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2LB1 - 1071 - 107
3X-RAY DIFFRACTION3LB108 - 213108 - 213
4X-RAY DIFFRACTION4HC301 - 4121 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5HC413 - 509113 - 209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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