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- PDB-3cto: Crystal Structure of M. tuberculosis YefM antitoxin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cto
タイトルCrystal Structure of M. tuberculosis YefM antitoxin
要素Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
キーワードTOXIN INHIBITOR / Homotetramer
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #330 / YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / Arc Repressor Mutant / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular ...Arc Repressor Mutant - #170 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #330 / YefM-like domain / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / YefM-like fold / Arc Repressor Mutant / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antitoxin RelJ / Antitoxin RelJ
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kumar, P. / Issac, B. / Dodson, E.J. / Turkenberg, J.P. / Mande, S.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis YefM antitoxin reveals that it is not an intrinsically unstructured protein
著者: Kumar, P. / Issac, B. / Dodson, E.J. / Turkenburg, J.P. / Mande, S.C.
履歴
登録2008年4月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2297
ポリマ－51,0375
非ポリマー1922
水1,06359
1
A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0226
ポリマ－40,8294
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10960 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area15610 Å2
手法PISA
2
E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2071
ポリマ－10,2071
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2297
ポリマ－51,0375
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y+1/2,-z+1/21
Buried area8860 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
4
E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2297
ポリマ－51,0375
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12280 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area15950 Å2
手法PISA
5
E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2297
ポリマ－51,0375
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_454-x-1/2,-y,z-1/21
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-83 kcal/mol
Surface area19620 Å2
手法PISA
6
A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子

E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2297
ポリマ－51,0375
非ポリマー1922
水724
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
7
A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8145
ポリマ－30,6223
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area13750 Å2
手法PISA
8
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4152
ポリマ－20,4152
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8480 Å2
手法PISA
9
E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7184
ポリマ－30,6223
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
10
A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5113
ポリマ－20,4152
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2680 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area10600 Å2
手法PISA
11
E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7184
ポリマ－30,6223
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area11450 Å2
手法PISA
12
B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5113
ポリマ－20,4152
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2170 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
13
A: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子

B: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
D: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8145
ポリマ－30,6223
非ポリマー1922
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545-x,y-1/2,-z+1/21
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2890 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area16200 Å2
手法PISA
14
C: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465

E: Uncharacterized protein Rv3357/MT3465


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,4152
ポリマ－20,4152
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556x+1/2,-y+1/2,-z+11
Buried area660 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.003, 64.573, 83.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 54

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
1METMETARGARGAA1 - 54
2SERSERSERSERBB2 - 55
3METMETARGARGCC1 - 54
4SERSERSERSERDD2 - 55

-
要素

#1: タンパク質
Uncharacterized protein Rv3357/MT3465 / antitoxin


分子量: 10207.344 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P65067, UniProt: P9WF25*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.71719 Å3/Da / 溶媒含有率: 28.371336 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 10% PEG 1000, 0.1M sodium phosphate citrate, 0.5M lithium sulphate, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 12668 / Num. obs: 12447 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 44.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / Num. unique all: 1222 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→19.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 15.324 / SU ML: 0.212 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.695 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25452 605 4.9 %RANDOM
Rwork0.20528 ---
obs0.20767 11809 98.41 %-
all-12447 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.039 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.15 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2515 0 10 59 2584
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0212559
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.9563460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9685313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.18523.008133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.98515443
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.61534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.2387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.21096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.294
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.270.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7861.51631
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.29222549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.23831031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6774.5911
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.10.5
2Bmedium positional0.120.5
3Cmedium positional0.120.5
4Dmedium positional0.120.5
1Aloose positional1.275
2Bloose positional1.15
3Cloose positional1.175
4Dloose positional0.85
1Amedium thermal0.492
2Bmedium thermal0.732
3Cmedium thermal0.392
4Dmedium thermal0.552
1Aloose thermal2.1110
2Bloose thermal3.6710
3Cloose thermal0.8910
4Dloose thermal2.8710
LS精密化 シェル解像度: 2.502→2.566 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 57 -
Rwork0.216 833 -
obs--98.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8637-1.68613.45092.0549-2.87128.0163-0.0523-0.5934-0.25750.0227-0.0027-0.04220.21080.11870.055-0.2486-0.02170.0181-0.1926-0.0162-0.225210.22814.80646.443
23.11960.42083.81011.73340.380210.13620.0707-0.68760.14620.2219-0.20880.12740.0932-0.64320.1381-0.2663-0.0210.0184-0.14120.001-0.16864.213.78247.7
30.403-0.13090.62883.7497-2.7498.06080.16160.06680.0996-0.3003-0.08270.2860.2298-0.2811-0.0789-0.1578-0.04920.0176-0.35590.0169-0.1684-0.98326.75615.904
42.44480.4411-1.75382.4797-1.93325.824-0.09340.2610.0465-0.58630.1041-0.1110.63510.008-0.0107-0.15950.01320.0328-0.32030.0137-0.1958-3.21920.95614.794
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 571 - 57
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 572 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 571 - 57
4X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 572 - 58

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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