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- PDB-4p5j: Crystal structure of the tRNA-like structure from Turnip Yellow M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p5j
タイトルCrystal structure of the tRNA-like structure from Turnip Yellow Mosaic Virus (TYMV), a tRNA mimicking RNA
要素Turnip yellow mosaic virus mRNA for the coat protein
キーワードRNA / tRNA-mimic viral RNA Pseudoknot multifunctional
機能・相同性IRIDIUM HEXAMMINE ION / SPERMINE / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Turnip yellow mosaic virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9912 Å
データ登録者Colussi, T.M. / Costantino, D.A. / Hammond, J.A. / Ruehle, G.M. / Nix, J.C. / Kieft, J.S.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA046934 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM081346 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097333 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-AC02-05CH11231 米国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: The structural basis of transfer RNA mimicry and conformational plasticity by a viral RNA.
著者: Colussi, T.M. / Costantino, D.A. / Hammond, J.A. / Ruehle, G.M. / Nix, J.C. / Kieft, J.S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Multi-domain packing in the aminoacylatable 3' end of a plant viral RNA.
著者: Hammond, J.A. / Rambo, R.P. / Kieft, J.S.
#2: ジャーナル: Rna / 年: 2009
タイトル: Comparison and functional implications of the 3D architectures of viral tRNA-like structures.
著者: Hammond, J.A. / Rambo, R.P. / Filbin, M.E. / Kieft, J.S.
履歴
登録2014年3月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22014年7月30日Group: Database references
改定 1.32014年10月1日Group: Database references
改定 1.42017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年12月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Turnip yellow mosaic virus mRNA for the coat protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,37716
ポリマ－27,5931
非ポリマー3,78415
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4020 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area14100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.270, 101.570, 111.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-219-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 Turnip yellow mosaic virus mRNA for the coat protein


分子量: 27593.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: RNA was prepared by in vitro transcription with T7 RNA polymerase
由来: (合成) Turnip yellow mosaic virus (ウイルス) / 参照: GenBank: 62226
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#4: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.76 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: This RNA was prepared for crystallography in a solution containing 5 mg/mL RNA, 2.5 mM MgCl2, and 10 mM HEPES-KOH pH 7.5. This mixture was heated to 65?C for 3 minutes, then cooled at room ...詳細: This RNA was prepared for crystallography in a solution containing 5 mg/mL RNA, 2.5 mM MgCl2, and 10 mM HEPES-KOH pH 7.5. This mixture was heated to 65?C for 3 minutes, then cooled at room temperature. After cooling, Spermidine was added to 0.5 mM. The reaction was centrifuged for 10 minutes at 13000 x g and then used in sitting-drop vapor diffusion crystallization at 4?C. 1 ?L of RNA solution was combined with 2 ?L of 10% MPD, 40 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 12 mM Spermine, 80 mM NaCl, and 20 mM MgCl2. The well solution was 20-35% MPD. Crystals appeared and grew to full size over the course of 1-2 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0972 Å
検出器タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2013年10月21日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→66 Å / Num. obs: 41343 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.45 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 21.71
反射 シェル解像度: 1.99→2.03 Å / Rmerge(I) obs: 0.82 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9912→28.871 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2396 3790 9.17 %Random
Rwork0.2057 ---
obs0.2088 41334 99.46 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9912→28.871 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1785 100 126 2011
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7913295
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1481042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9912-2.01640.32591260.30461239X-RAY DIFFRACTION90
2.0164-2.0430.39081390.29731395X-RAY DIFFRACTION100
2.043-2.07090.30241480.28831410X-RAY DIFFRACTION100
2.0709-2.10050.3231360.2831379X-RAY DIFFRACTION100
2.1005-2.13190.27851400.27461391X-RAY DIFFRACTION100
2.1319-2.16520.29821400.25671396X-RAY DIFFRACTION100
2.1652-2.20070.24961390.2361388X-RAY DIFFRACTION100
2.2007-2.23860.28121430.23461410X-RAY DIFFRACTION100
2.2386-2.27930.29251430.22771401X-RAY DIFFRACTION100
2.2793-2.32310.26411380.22621363X-RAY DIFFRACTION100
2.3231-2.37050.28251430.23161413X-RAY DIFFRACTION100
2.3705-2.4220.2771420.22791419X-RAY DIFFRACTION100
2.422-2.47830.24891410.22951377X-RAY DIFFRACTION100
2.4783-2.54030.33121430.25011396X-RAY DIFFRACTION100
2.5403-2.60890.27521420.24971396X-RAY DIFFRACTION100
2.6089-2.68560.29891430.25211404X-RAY DIFFRACTION100
2.6856-2.77220.2851470.25571400X-RAY DIFFRACTION100
2.7722-2.87120.29941420.27411395X-RAY DIFFRACTION100
2.8712-2.98610.37211330.23731391X-RAY DIFFRACTION100
2.9861-3.12180.21241430.20531404X-RAY DIFFRACTION100
3.1218-3.28620.24121360.18251403X-RAY DIFFRACTION100
3.2862-3.49180.23821410.18041413X-RAY DIFFRACTION100
3.4918-3.76080.18961390.17431369X-RAY DIFFRACTION100
3.7608-4.13830.2051430.17641421X-RAY DIFFRACTION100
4.1383-4.73490.17141440.16951387X-RAY DIFFRACTION100
4.7349-5.95680.20571380.15561392X-RAY DIFFRACTION100
5.9568-28.87360.20581380.20291392X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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