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- PDB-2bwe: The crystal structure of the complex between the UBA and UBL doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2bwe
タイトルThe crystal structure of the complex between the UBA and UBL domains of Dsk2
要素(DSK2) x 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / UBIQUITIN / UBIQUITIN-LIKE PROTEINS / PROTEIN/PROTEIN INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / spindle pole body duplication / protein localization to vacuole / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / polyubiquitin modification-dependent protein binding / ERAD pathway / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-macromolecule adaptor activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / : / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 ...Heat shock chaperonin-binding / Heat shock chaperonin-binding motif. / : / Ubiquitin-associated (UBA) domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin domain-containing protein DSK2
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Lowe, E.D. / Hasan, N. / Trempe, J.-F. / Fonso, L. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A. / Johnson, L.N. / Brown, N.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structures of the Dsk2 Ubl and Uba Domains and Their Complex.
著者: Lowe, E.D. / Hasan, N. / Trempe, J.-F. / Fonso, L. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A. / Johnson, L.N. / Brown, N.R.
履歴
登録2005年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02006年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月1日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02019年5月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: atom_site / database_PDB_rev ...atom_site / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DSK2
B: DSK2
C: DSK2
D: DSK2
E: DSK2
F: DSK2
G: DSK2
H: DSK2
I: DSK2
J: DSK2
K: DSK2
L: DSK2
M: DSK2
N: DSK2
O: DSK2
P: DSK2
Q: DSK2
R: DSK2
S: DSK2
T: DSK2
U: DSK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,68921
ポリマ－126,68921
非ポリマー00
水1,820101
1
A: DSK2
B: DSK2
C: DSK2
D: DSK2
E: DSK2
F: DSK2
G: DSK2
H: DSK2
I: DSK2
T: DSK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,02710
ポリマ－59,02710
非ポリマー00
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10150 Å2
ΔGint-16.2 kcal/mol
Surface area31750 Å2
手法PQS
2
N: DSK2
O: DSK2
P: DSK2
Q: DSK2
R: DSK2
U: DSK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6306
ポリマ－36,6306
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6200 Å2
ΔGint-21.2 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PQS
3
J: DSK2
K: DSK2
L: DSK2
M: DSK2
S: DSK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0315
ポリマ－31,0315
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-6.6 kcal/mol
Surface area17230 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.361, 88.854, 141.497
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H
91I
101J
111K
121L
131M
141N
151O
161P
171Q
181R
191S
201T
211U
12S
22T
32U

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A326 - 370
2111B326 - 370
3111C326 - 370
4111D326 - 370
5111E326 - 370
6111F326 - 370
7111G326 - 370
8111H326 - 370
9111I326 - 370
10111J326 - 370
11111K326 - 370
12111L326 - 370
13111M326 - 370
14111N326 - 370
15111O326 - 370
16111P326 - 370
17111Q326 - 370
18111R326 - 370
1121S3 - 74
2121T3 - 74
3121U3 - 74

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.74662, 0.65886, -0.09194), (-0.66414, 0.74619, -0.04593), (0.03835, 0.09536, 0.9947)15.22963, 15.85378, -16.36996
2given(0.15777, 0.9681, -0.19464), (-0.98683, 0.14747, -0.06643), (-0.0356, 0.20256, 0.97862)38.02905, 23.55966, -29.27322
3given(-0.48521, 0.82686, -0.28439), (-0.86096, -0.50857, -0.00976), (-0.1527, 0.24011, 0.95866)61.50296, 15.84473, -40.81126
4given(-0.79139, 0.34928, -0.5017), (-0.35954, -0.92969, -0.0801), (-0.4944, 0.11699, 0.86133)93.90946, 14.95492, -39.47005
5given(-0.83737, -0.29466, -0.46042), (0.32322, -0.94616, 0.01769), (-0.44084, -0.134, 0.88753)97.65797, -5.90727, -57.20253
6given(-0.44042, -0.81365, -0.37947), (0.85613, -0.50789, 0.09537), (-0.27033, -0.28287, 0.92028)88.9305, -23.17625, -77.81499
7given(0.1928, -0.93519, -0.29708), (0.98103, 0.1775, 0.07791), (-0.02012, -0.30646, 0.95167)75.42363, -24.16298, -100.36301
8given(0.7547, -0.61648, -0.22446), (0.6361, 0.77134, 0.02027), (0.16064, -0.15808, 0.97427)63.15993, -12.69641, -120.93924
9given(-0.74486, -0.66008, 0.09738), (0.66588, -0.74466, 0.04572), (0.04234, 0.0989, 0.9942)-15.87128, -22.22866, -16.36768
10given(-0.1583, -0.96758, 0.19682), (0.9868, -0.14816, 0.0653), (-0.03402, 0.20456, 0.97826)-38.27025, -29.86706, -29.2418
11given(0.48862, -0.82129, 0.29451), (0.85876, 0.51237, 0.00405), (-0.15423, 0.25094, 0.95564)-62.50208, -21.58858, -40.30556
12given(0.78787, -0.35199, 0.50534), (0.36505, 0.92779, 0.0771), (-0.49599, 0.12373, 0.85947)-94.23322, -21.22643, -39.15549
13given(-0.83472, -0.30625, -0.45767), (-0.3354, 0.94189, -0.01855), (0.43676, 0.13802, -0.88893)18.86055, -44.63328, 57.49371
14given(-0.44036, -0.81144, -0.38426), (-0.85415, 0.51049, -0.09914), (0.27661, 0.28456, -0.91789)11.03672, -27.26027, 77.49428
15given(0.18628, -0.93639, -0.29744), (-0.98234, -0.17216, -0.07326), (0.01739, 0.30584, -0.95192)-2.7884, -27.02833, 100.45814
16given(0.76698, -0.60151, -0.22343), (-0.62034, -0.78411, -0.01852), (-0.16405, 0.15281, -0.97454)-15.37999, -38.80547, 120.95715
17given(0.99999, 0.00473, 0.00011), (0.00473, -0.99998, -0.00304), (0.0001, 0.00304, -1)-39.10907, -50.61503, 136.01256
18given(-1, -0.00132, -0.00014), (0.00132, -1, 0.00084), (-0.00014, 0.00084, 1)-0.04513, -6.47015, 0.01532
19given(0.7962, 0.36572, -0.48199), (0.35176, -0.92797, -0.12305), (-0.49227, -0.07157, -0.86749)22.89502, -42.31796, 53.78956

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
DSK2


分子量: 5599.130 Da / 分子数: 18 / 断片: UBA DOMAIN, RESIDUES 324-327 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: UBA DOMAIN OF DSK2, RESIDUES 326-373 OF THE INTACT PROTEIN
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P48510
#2: タンパク質 DSK2


分子量: 8634.741 Da / 分子数: 3 / 断片: UBL DOMAIN, RESIDUES 1-75 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: UBL DOMAIN OF DSK2, RESIDUES 1-75 OF THE INTACT PROTEIN
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PGEX-KG / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: P48510
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細CHAINS A-R CONTAIN THE UBA DOMAIN OF DSK2 CONSISTING OF RESIDUES 328-373 OF THE INTACT PROTEIN ...CHAINS A-R CONTAIN THE UBA DOMAIN OF DSK2 CONSISTING OF RESIDUES 328-373 OF THE INTACT PROTEIN CHAINS S-U CONTAIN THE UBL DOMAIN OF DSK2 CONSISTING OF RESIDUES 1-77 OF THE INTACT PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 277 K / pH: 6.5
詳細: 10-15% METHOXY PEG 5K BUFFERED WITH 0.1M MES PH 6.5 AT 4C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→59.2 Å / Num. obs: 33693 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: A,B,C,D TETRAMER FROM PDB ENTRY 2BWB

2bwb


解像度: 3.1→136.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU B: 42.815 / SU ML: 0.372 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.434 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1707 5.1 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.241 31934 98.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.25 Å20 Å21.12 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----2.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→136.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8309 0 0 101 8410
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0218430
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.95211318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.03951026
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.1124.175515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.146151433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5761593
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.21169
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026714
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2420.23697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.25567
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.280.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2560.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3421.55196
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6328106
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.08133454
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8794.53212
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A339tight positional0.080.05
12B339tight positional0.060.05
13C339tight positional0.070.05
14D339tight positional0.080.05
15E339tight positional0.070.05
16F339tight positional0.040.05
17G339tight positional0.060.05
18H339tight positional0.040.05
19I339tight positional0.050.05
110J339tight positional0.070.05
111K339tight positional0.070.05
112L339tight positional0.070.05
113M339tight positional0.070.05
114N339tight positional0.050.05
115O339tight positional0.050.05
116P339tight positional0.040.05
117Q339tight positional0.060.05
118R339tight positional0.080.05
21S567tight positional0.030.05
22T567tight positional0.030.05
23U567tight positional0.040.05
11A339tight thermal0.10.5
12B339tight thermal0.110.5
13C339tight thermal0.130.5
14D339tight thermal0.120.5
15E339tight thermal0.090.5
16F339tight thermal0.070.5
17G339tight thermal0.10.5
18H339tight thermal0.070.5
19I339tight thermal0.070.5
110J339tight thermal0.10.5
111K339tight thermal0.130.5
112L339tight thermal0.110.5
113M339tight thermal0.110.5
114N339tight thermal0.080.5
115O339tight thermal0.080.5
116P339tight thermal0.080.5
117Q339tight thermal0.080.5
118R339tight thermal0.110.5
21S567tight thermal0.050.5
22T567tight thermal0.060.5
23U567tight thermal0.070.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.356 117
Rwork0.306 2343

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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