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- PDB-3kup: Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kup
タイトルCrystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain
要素Chromobox protein homolog 3
キーワードTRANSCRIPTION / chromo shadow domain / Structural Genomics Consortium / SGC / Chromatin regulator / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


senescence-associated heterochromatin focus / chromatin lock complex / histone methyltransferase binding / condensed chromosome, centromeric region / nuclear inner membrane / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / heterochromatin / pericentric heterochromatin ...senescence-associated heterochromatin focus / chromatin lock complex / histone methyltransferase binding / condensed chromosome, centromeric region / nuclear inner membrane / Transcriptional Regulation by E2F6 / site of DNA damage / chromosome, centromeric region / heterochromatin / pericentric heterochromatin / : / cellular response to dexamethasone stimulus / transcription coregulator binding / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / RNA Polymerase I Promoter Escape / euchromatin / spindle / RNA polymerase II transcription regulator complex / rhythmic process / nuclear envelope / heterochromatin formation / chromosome, telomeric region / chromatin remodeling / protein domain specific binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / enzyme binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromobox protein homologue 3 / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain ...Chromobox protein homologue 3 / Chromo shadow domain / Chromo shadow domain / Chromo Shadow Domain / : / Chromo domain subgroup / Chromo domain, conserved site / Chromo domain signature. / Chromo domain / Chromo (CHRromatin Organisation MOdifier) domain / Chromo and chromo shadow domain profile. / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromobox protein homolog 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Tempel, W. / Li, Z. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. ...Tempel, W. / Li, Z. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Ouyang, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain
著者: Tempel, W. / Li, Z. / Li, Y. / Kozieradzki, I. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Min, J. / Ouyang, H.
履歴
登録2009年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromobox protein homolog 3
B: Chromobox protein homolog 3
C: Chromobox protein homolog 3
D: Chromobox protein homolog 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,90510
ポリマ－28,9054
非ポリマー06
水2,072115
1
A: Chromobox protein homolog 3
B: Chromobox protein homolog 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4534
ポリマ－14,4532
非ポリマー02
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1020 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7120 Å2
手法PISA
2
C: Chromobox protein homolog 3
D: Chromobox protein homolog 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4536
ポリマ－14,4532
非ポリマー04
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area970 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area7010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.063, 75.936, 85.944
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Chromobox protein homolog 3 / Heterochromatin protein 1 homolog gamma / HP1 gamma / Modifier 2 protein / HECH


分子量: 7226.271 Da / 分子数: 4 / 断片: Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBX3 / プラスミド: pET28a-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)_V2R / 参照: UniProt: Q13185
#2: 化合物
ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→20 Å / Num. obs: 28867 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.663 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.77-1.86.50.99713931.487199.9
1.8-1.836.70.82214341.5631100
1.83-1.876.80.7314111.611100
1.87-1.916.80.58514281.621100
1.91-1.956.80.49214261.691100
1.95-1.996.80.41914161.7111100
1.99-2.046.90.3514281.7311100
2.04-2.16.90.31414201.8651100
2.1-2.1670.23514211.8481100
2.16-2.236.90.1914231.8411100
2.23-2.3170.16314341.8461100
2.31-2.470.1414271.8131100
2.4-2.517.10.12814511.771100
2.51-2.647.10.10814391.8161100
2.64-2.817.10.08114451.7431100
2.81-3.027.10.06114521.621100
3.02-3.337.10.04914661.611100
3.33-3.817.10.03314691.4551100
3.81-4.787.10.02515001.3071100
4.78-206.70.02515841.3521100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2fmm

2fmm


解像度: 1.77→19.546 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / WRfactor Rfree: 0.246 / WRfactor Rwork: 0.21 / SU B: 2.554 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ARP/WARP, COOT and MOLPROBITY have also been used during refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1009 3.504 %Thin shells (SFTOOLS)
Rwork0.221 ---
obs0.222 28798 99.951 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 19.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.355 Å20 Å20 Å2
2---0.734 Å20 Å2
3---0.379 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→19.546 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1821 0 6 115 1942
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221870
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4341.982518
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90233152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.845238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.61624.61578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.76815325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8761511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0731.51203
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.241.5490
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.96821904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8913667
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4034.5614
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.77-1.8160.51150.3932057207699.326
1.816-1.8650.3761060.31219292035100
1.865-1.9180.2891120.27218791991100
1.918-1.9770.256930.22118101903100
1.977-2.04100.21718651865100
2.041-2.1120.279610.20917521813100
2.112-2.1910.247770.1916791756100
2.191-2.2790.21660.18416051671100
2.279-2.3790.227540.18515641618100
2.379-2.4930.27600.19714911551100
2.493-2.6250.245650.21314221487100
2.625-2.7820.302490.20913621411100
2.782-2.9690.253370.2212821319100
2.969-3.2010.3330.22712121245100
3.201-3.4970.257680.22510921160100
3.497-3.8950.274300.21610221052100
3.895-4.4680.184310.185920951100
4.468-5.4010.259260.197784810100
5.401-7.3630.291220.309639661100
7.363-19.5460.326140.257423437100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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