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- PDB-4pll: Structure of the chromodaomain of MRG2 in complex with H3K36me3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pll
タイトルStructure of the chromodaomain of MRG2 in complex with H3K36me3
要素
  • At1g02740
  • H3K36me3
キーワードTRANSCRIPTION / chromodomain / H3K36me3
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of long-day photoperiodism, flowering / euchromatin binding / rDNA protrusion / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / : / epigenetic regulation of gene expression / promoter-specific chromatin binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity ...regulation of long-day photoperiodism, flowering / euchromatin binding / rDNA protrusion / regulation of timing of transition from vegetative to reproductive phase / : / epigenetic regulation of gene expression / promoter-specific chromatin binding / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / DNA binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / : / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain ...Agenet domain, plant type / Tudor-like domain present in plant sequences. / : / MSL3 chromodomain-like / MRG / MRG domain / MRG, C-terminal domain superfamily / MRG / MRG domain profile. / RNA binding activity-knot of a chromodomain / SH3 type barrels. - #140 / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Chromo-like domain superfamily / Histone H3 signature 1. / SH3 type barrels. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.3 / Protein MRG2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, Y. / Huang, Y.
引用ジャーナル: Plos Genet. / : 2014
タイトル: Regulation of arabidopsis flowering by the histone mark readers MRG1/2 via interaction with CONSTANS to modulate FT expression.
著者: Bu, Z. / Yu, Y. / Li, Z. / Liu, Y. / Jiang, W. / Huang, Y. / Dong, A.W.
履歴
登録2014年5月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月4日Group: Database references
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: At1g02740
B: At1g02740
C: H3K36me3
D: H3K36me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7554
ポリマ-20,7554
非ポリマー00
1448
1
A: At1g02740
C: H3K36me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3782
ポリマ-10,3782
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4050 Å2
手法PISA
2
B: At1g02740
D: H3K36me3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3782
ポリマ-10,3782
非ポリマー00
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.157, 109.157, 29.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 At1g02740 / MRG family protein


分子量: 9118.196 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 51-123 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g02740 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4V3E2
#2: タンパク質・ペプチド H3K36me3


分子量: 1259.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P59169*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 30% polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 0.2M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→30 Å / Num. obs: 6489 / % possible obs: 99.07 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→28.575 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 32.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 644 9.92 %
Rwork0.2399 --
obs0.2437 6489 99.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→28.575 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1020 0 0 8 1028
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.331418
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.901372
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059134
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006170
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.80050.37471180.31951139X-RAY DIFFRACTION97
2.8005-3.08210.32521290.30731138X-RAY DIFFRACTION99
3.0821-3.52730.27931300.26351166X-RAY DIFFRACTION100
3.5273-4.44140.26521310.21661174X-RAY DIFFRACTION100
4.4414-28.57640.26381360.22051228X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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