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- PDB-3cpj: Crystal structure of Ypt31 in complex with yeast Rab-GDI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3cpj
タイトルCrystal structure of Ypt31 in complex with yeast Rab-GDI
要素
  • GTP-binding protein YPT31/YPT8
  • Rab GDP-dissociation inhibitor
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / prenylation / vesicular transport / Acetylation / Golgi apparatus / GTP-binding / Lipoprotein / Membrane / Nucleotide-binding / Cytoplasm / GTPase activation / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Rab GDP-dissociation inhibitor activity / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early endosome to Golgi transport / small GTPase-mediated signal transduction / exocytosis / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / GTPase activator activity / trans-Golgi network ...Rab GDP-dissociation inhibitor activity / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / early endosome to Golgi transport / small GTPase-mediated signal transduction / exocytosis / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / GTPase activator activity / trans-Golgi network / recycling endosome / autophagy / protein transport / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / mitochondrion / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / : / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases ...Rab GDI protein / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 2 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 2 / GDP dissociation inhibitor / GDP dissociation inhibitor / : / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor, domain 1 / Guanine Nucleotide Dissociation Inhibitor; domain 1 / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GTP-binding protein YPT31/YPT8 / Rab GDP-dissociation inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kravchenko, S. / Ignatev, A. / Goody, R.S. / Rak, A. / Pylypenko, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: A structural model of the GDP dissociation inhibitor rab membrane extraction mechanism.
著者: Ignatev, A. / Kravchenko, S. / Rak, A. / Goody, R.S. / Pylypenko, O.
履歴
登録2008年3月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Rab GDP-dissociation inhibitor
B: GTP-binding protein YPT31/YPT8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,3186
ポリマ－75,7792
非ポリマー5384
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-52.1 kcal/mol
Surface area26320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.940, 61.430, 92.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 GB

#1: タンパク質 Rab GDP-dissociation inhibitor / Rab GDI / Secretory pathway GDP dissociation inhibitor


分子量: 51271.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39958
#2: タンパク質 GTP-binding protein YPT31/YPT8 / Rab GTPase YPT31


分子量: 24508.014 Da / 分子数: 1 / Mutation: D58E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: pET19 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38555

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非ポリマー , 4種, 456分子

#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→19.79 Å / Num. all: 30772 / Num. obs: 30683 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.35→2.4 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ukv, chain G

1ukv


解像度: 2.35→19.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 7.523 / SU ML: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.389 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25523 1512 5 %RANDOM
Rwork0.19875 ---
all0.20156 28714 --
obs0.20156 28714 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.168 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4749 0 31 452 5232
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1021.9736594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4145595
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.73924.398216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04115850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9341523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023625
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.190.22231
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.23325
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2420
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0290.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.237
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4721.53075
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83224807
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.07932065
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7914.51787
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 109 -
Rwork0.231 2072 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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