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万見
- PDB-5z76: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase designed by full consensus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z76
タイトルArtificial L-threonine 3-dehydrogenase designed by full consensus design
要素Artificial L-threonine 3-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / L-threonine 3-dehydrogenase / full consensus design
機能・相同性NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nakano, S. / Motoyama, T. / Miyashita, Y. / Ishizuka, Y. / Matsuo, N. / Tokiwa, H. / Shinoda, S. / Asano, Y. / Ito, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS16K18688 日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Benchmark Analysis of Native and Artificial NAD+-Dependent Enzymes Generated by a Sequence-Based Design Method with or without Phylogenetic Data.
著者: Nakano, S. / Motoyama, T. / Miyashita, Y. / Ishizuka, Y. / Matsuo, N. / Tokiwa, H. / Shinoda, S. / Asano, Y. / Ito, S.
履歴
登録2018年1月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase
C: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase
B: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase
D: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,6374
ポリマ－151,6374
非ポリマー00
水00
1
A: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase
C: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8182
ポリマ－75,8182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
2
B: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase
D: Artificial L-threonine 3-dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8182
ポリマ－75,8182
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area25870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.460, 93.540, 176.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Artificial L-threonine 3-dehydrogenase


分子量: 37909.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: L-threonine 3-dehydrogenase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2M ammonium citrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→52.9 Å / Num. obs: 38858 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.417 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WMX

3wmx


解像度: 2.8→52.884 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2249 1895 4.89 %RANDOM
Rwork0.2151 ---
obs0.2156 38784 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→52.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9449 0 0 0 9449
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0079665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.12813088
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7523607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051665
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.87010.34431330.34022602X-RAY DIFFRACTION100
2.8701-2.94760.30221050.28612610X-RAY DIFFRACTION100
2.9476-3.03440.27131290.2712610X-RAY DIFFRACTION100
3.0344-3.13230.26891280.26372591X-RAY DIFFRACTION100
3.1323-3.24420.28061490.25782599X-RAY DIFFRACTION100
3.2442-3.37410.23791440.24312594X-RAY DIFFRACTION100
3.3741-3.52760.25581520.23372572X-RAY DIFFRACTION100
3.5276-3.71360.21751350.21092619X-RAY DIFFRACTION100
3.7136-3.94620.22351240.20242648X-RAY DIFFRACTION100
3.9462-4.25070.21091410.19112639X-RAY DIFFRACTION100
4.2507-4.67830.16651360.17272635X-RAY DIFFRACTION100
4.6783-5.35470.17921290.17952682X-RAY DIFFRACTION100
5.3547-6.74410.2261570.20622658X-RAY DIFFRACTION100
6.7441-52.89380.21341330.20812830X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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