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万見
- PDB-6kdf: Crystal structure of the alpha beta heterodimer of human IDH3 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kdf
タイトルCrystal structure of the alpha beta heterodimer of human IDH3 in APO form.
要素
  • Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
  • Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / NAD dependent isocitrate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase complex (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity ...isocitrate dehydrogenase complex (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / Citric acid cycle (TCA cycle) / isocitrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / Mitochondrial protein degradation / NAD binding / carbohydrate metabolic process / electron transfer activity / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial / Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Sun, P. / Ding, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Molecular basis for the function of the alpha beta heterodimer of human NAD-dependent isocitrate dehydrogenase.
著者: Sun, P. / Ma, T. / Zhang, T. / Zhu, H. / Zhang, J. / Liu, Y. / Ding, J.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
C: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
D: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
F: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
H: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
I: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
J: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
K: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
L: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
M: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
N: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial
O: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
P: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)612,24016
ポリマ－612,24016
非ポリマー00
水00
1
B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
C: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5302
ポリマ－76,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25610 Å2
手法PISA
2
A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
D: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5302
ポリマ－76,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
3
E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
F: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5302
ポリマ－76,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4080 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25730 Å2
手法PISA
4
G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
H: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5302
ポリマ－76,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25470 Å2
手法PISA
5
I: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
J: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5302
ポリマ－76,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area25290 Å2
手法PISA
6
K: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
L: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5302
ポリマ－76,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
7
M: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
N: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5302
ポリマ－76,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25480 Å2
手法PISA
8
O: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial
P: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5302
ポリマ－76,5302
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area25150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.913, 170.434, 208.094
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.430, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit alpha, mitochondrial / Isocitric dehydrogenase subunit alpha / NAD(+)-specific ICDH subunit alpha


分子量: 36826.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P50213, isocitrate dehydrogenase (NAD+)
#2: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit beta, mitochondrial / Isocitric dehydrogenase subunit beta / NAD(+)-specific ICDH subunit beta


分子量: 39703.664 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDH3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43837
配列の詳細THIS SEQUENCE OF IDH3 B CORRESPONDS TO THE A ISOFORM FOUND IN UNP O43837.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% (v/v) tacsimate (pH 6.0) and 20% (w/v) PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.05→50 Å / Num. obs: 134178 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 0.936 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.06-3.176.31.04133230.6280.4511.1360.91699.9
3.17-3.370.725134370.8130.2950.7830.894100
3.3-3.457.10.495133500.8990.1990.5340.907100
3.45-3.637.10.335133730.9480.1350.3610.939100
3.63-3.8670.217134280.9760.0880.2350.987100
3.86-4.156.50.155133480.9840.0660.1691.03599.9
4.15-4.577.10.098134250.9940.040.1061.05100
4.57-5.237.10.075134570.9950.030.0811.008100
5.23-6.596.60.07134470.9950.0290.0760.82399.8
6.59-506.80.048135900.9980.020.0520.79299.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KDE

6kde


解像度: 3.05→49.75 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2271 6593 5.02 %
Rwork0.1773 --
obs0.1798 131272 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 141.15 Å2 / Biso mean: 55.2362 Å2 / Biso min: 16.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.05→49.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数39059 0 0 0 39059
残基数----5218
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.0505-3.08510.36941480.2918303472
3.0851-3.12140.30861680.2825345581
3.1214-3.15950.3311840.2729372187
3.1595-3.19950.35012100.2677405995
3.1995-3.24160.32422130.25416898
3.2416-3.2860.28752370.2469426599
3.286-3.33290.31562500.24574138100
3.3329-3.38260.32942280.24144237100
3.3826-3.43550.30552270.23194212100
3.4355-3.49180.29072330.21474223100
3.4918-3.5520.26082040.20144291100
3.552-3.61650.24852100.19684211100
3.6165-3.68610.26082530.19174233100
3.6861-3.76130.21332090.18994273100
3.7613-3.84310.24672120.18094294100
3.8431-3.93240.23382480.17564193100
3.9324-4.03070.24932220.17314267100
4.0307-4.13960.22522100.16694274100
4.1396-4.26140.21432530.16274227100
4.2614-4.39890.19652200.14454256100
4.3989-4.5560.20512280.14554255100
4.556-4.73830.17662140.13374282100
4.7383-4.95370.16972380.13964250100
4.9537-5.21460.19672210.14924298100
5.2146-5.54090.22952110.15964261100
5.5409-5.96810.23432480.17414255100
5.9681-6.56750.21462260.16734272100
6.5675-7.5150.18592430.14934287100
7.515-9.45750.15412300.13874289100
9.4575-49.750.19081950.1669419995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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